京都基因与基因组百科全书(英語:KyotoEncyclopedia ofGenes andGenomes,缩写:KEGG;日語:京都遺伝子ゲノム百科事典)是一套日本於1995年制定的人類基因組計劃,此為關於基因、基因组、蛋白质、酶促反应以及生物化学物质的网络数据库。其途径数据库PATHWAY之中记录的是细胞之中的分子相互作用、代谢途径以及具体生物所特有的变化形式。但是它有一個缺點『無法由網頁介面作進一步的計算,例如建立複雜的調控網,或是找出反應之間可能的交互作用』。
KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授金久实(英语:Minoru Kanehisa)在1995年於日本人類基因組計劃首次提出。[1][2]鑒於電算資源可用以輔助基因組序列數據的生物學詮釋,金久實開始研發KEGG PATHWAY數據庫。KEGG PATHWAY數據庫由一系列經人手繪製而成KEGG代謝路徑圖的構成,以代表關於代謝以及其他細胞與生物機能的實驗成果。每一張路徑圖俱包括了一個分子互動與反應的網絡圖,為連繫基因組內之基因及路徑所示過程生成的基因產物(以蛋白質為主)而設。此數據庫衍生了KEGG路徑作圖的分析步驟,將基因組內的基因內容與KEGG PATHWAY數據庫比對,以調查可能在基因組中有相關紀錄的路徑及其相關功能。
開發者表示,KEGG是生物系統的「電腦表達形式」(computer representation)。[3]KEGG將生物系統的零件與線路綜合為一,具體而言,其所整合的是基因與蛋白質的遺傳部件、小分子及化學反應的化學部件、以及分子互動與反應網絡的線路圖。此概念於KEGG的數據庫之下,系統、基因組學、化學、健康資訊的分類下得以實現。[4]
- 系统信息
- PATHWAY — 細胞與生物機能的路徑圖
- MODULE — 基因模組與功能單位
- BRITE — 生物實體的階層分類
- 基因组信息
- GENOME —基因組全體
- GENES — 基因組全域的基因與蛋白质列表
- ORTHOLOGY — 基因組全域的基因直系同源組別
- 化学信息
- COMPOUND, GLYCAN —化合物與聚糖
- REACTION, RPAIR, RCLASS —化學反應
- ENZYME —酶命名法
- 健康信息
- DISEASE — 人類疾病
- DRUG —已批准藥物
- ENVIRON —生药及与健康相关的物质
- ^Kanehisa M, Goto S.KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 2000,28 (1): 27–30.PMC 102409
.PMID 10592173.doi:10.1093/nar/28.1.27. - ^Kanehisa M.A database for post-genome analysis. Trends Genet. 1997,13 (9): 375–6.PMID 9287494.doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7.
- ^Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M.From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006,34 (Database issue): D354–7.PMC 1347464
.PMID 16381885.doi:10.1093/nar/gkj102. - ^Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M.Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG. Nucleic Acids Res. 2014,42 (Database issue): D199–205.PMC 3965122
.PMID 24214961.doi:10.1093/nar/gkt1076.