太空站的成员们一开始是在对抗人类的反抗组织马奇游击队。在《下一代》的一集“Journey's End”中,来自美洲的殖民者因为联邦同卡达西条约中割让星球的条款而失去了自己的殖民地家乡。马奇游击队的出现也是《深空九号》试着转入黑暗主题的探索之一:这些人都是昔日的联邦公民,为了保护自己家乡的领土开始了反抗卡达西人压迫的运动——其中有西斯科的老朋友卡尔文·赫德森(Calvin Hudson),以及深太空九號上的星际舰队军官迈克尔·埃丁顿(Michael Eddington)。这部剧集明显地打破了很多传统的《星际旅行》主题,例如在“For the Cause”中,埃丁顿对西斯科说:“你们认为每个人都应该想要加入联邦,没有人会离开天堂。从这点看你们甚至连博格人都不如,他们起码会告诉你他们要同化你,而你们同化了别人甚至不让他们知道。”[9]
在第二季的一集“獲取法則(英语:Rules of Acquisition (DS9 episode))”(Rules of Acquisition)裡,首次提到了自治同盟,由“造物者”领导的自治同盟是第三象限中的一個殘暴的帝國。所谓“造物者”,一种可改变自身形状的变形人——正是深太空九號上安全官欧多的族人。他們曾經遭受非變形人(他们稱之為「固態人」)的迫害,因此他們试着去统治那些会给他们带来威胁的種族,给他们带来“秩序”,其中包括几近所有的固态人。造物者还利用基因改造技术創造了兩個種族來为他们服務:沃塔人,奸詐狡猾的外交分子;詹哈达人,凶狠残暴的战士。這兩個種族崇拜造物者,視他們為神。
卡達西人和貝久人之間的關係,本質上可以看成一種殖民關係。就像鲁德亚德·吉卜林(Rudyard Kipling)的《白人的重擔》(The White Man's Burden)這首詩裡所提到的一樣,卡達西人認為他們自己在科技上與文化上都比較優越。根據一位卡達西指揮官杜卡特(Dukat)的記載,在第一次接觸的那個時候,卡達西人在各方面至少比貝久人先進四百年。卡達西人假借開化貝久人(文明)的名義,強迫設立勞動營,意圖掏空貝久星的各種資源。貝久戰士所採取的游擊戰術終於解除了加諸在他們身上的殖民枷鎖,就像1960年代與1970年代許多殖民地爭取獨立所採取的方法一樣。
第六季中的“Profit and Lace”(賺錢與蕾絲)试图使用异装癖为剧集带来一种喜剧效果,就像很多喜剧电影做的那样。在佛瑞吉主星争取女权的运动当中,夸克的母亲需要与一位有影响力的商人进行一次重要的会面以获取他的支持,但她不幸在之前突发心脏病病倒。这个时候需要一个女性来顶替心脏病发作的夸克的母亲,于是夸克被迫接受暂时性的变性,假扮成一名叫做伦芭(Lumba)的女性。他给那个商人留下了深刻的印象,以至于最后商人竟然爱上了“她”。
除了性方面的禁忌外,还有一些不太雅观的语言出现在了剧集中,这是《星际旅行》系列中空前的举动(尽管在《星际旅行:进取号》中走得更远,在它的首集中甚至出现了“狗娘养的”(you son of a bitch)这句脏话)。在“Far Beyond the Stars”(星辰之外)这一集中,有個角色使用了「黑鬼」(nigger)這個詞。在里面奇罗克·洛夫顿飾演的杰克·西斯科扮演一位1950年代的美国黑人,他對於只有跟鞋子一樣「白得發亮」的白人才能去太空这件事這件事感到悲觀,因此他觉得黑人“永远都只能做黑鬼”,虽然这在美国电视上并不是第一次出现这个词(在1970年代的电视剧《一家子》中第一次并还屡次使用这个词)。到了1990年代后期,该词几乎在主流媒体的所有文章中销声匿迹。同样在“Far Beyond the Stars”裡,一個角色说了句「以耶稣之名!」(For Christ's sake!),在美国的商业电视上很少会允许这句话的出现。在“You are Cordially Invited...”(誠摯地邀請您……)一集中,第一次也是唯一一次出現了「娼妓」(slut)這個罵人的詞。希瑞拉(Sirella)作为审核戴克斯加入马托克家族的女主人,在在看到戴克斯辦了一個如此疯狂的派對之後,罵她是理沙星(Risa著名的度假行星,以开放的性文化出名)來的娼妓。还有一个例子是第六季的“Time's Orphan”(時間的孤兒),爱尔兰裔的奥布赖恩大骂一句英格兰脏话“Bollocks”(有睪丸、胡說八道、屁話的意思)。雖然這個字在美國不大可能會激怒許多人,不過當影集在英國白天時段播映時,這句話被消音了。除此之外,剧集中还产生并使用了一些种族绰号来称呼剧中出现的外星人:譬如用“勺子头”(spoonhead)和“小卡达”(Cardies)来称呼卡达西人。
口袋书店自从1993年《深空九号》首播后,就陆续出版了许多书籍。其中大部分是将已经播放的,有特殊意义的剧情改编为小说,例如“Emissary”、“The Search”以及“What You Leave Behind”,通常在该集首播后几天内,这些书便已在美国出版。有一部分小说是与其他的《星际旅行》系列交叉联系的。还有一部分则是其他系列的一部分,但其中的事件却发生在《深空九号》的设定中;例如,在《The Battle of Betazed》裡,讲述了迪安娜·特洛伊是如何抵抗自治同盟对自己母星的占领(贝塔索母星的沦陷在《深空九号》一集“In the Pale Moonlight”提及)。大部分的这些小说都将焦点放在了太空站及驻扎的成员上,而有一个比较著名的例外是艾拉·史蒂文·贝尔和罗伯特·休伊特·沃尔夫所写的《Legends of the Ferengi》。
还有很多小说是在《深空九号》连载结束后以续集的形式出版的,其中很多对剧情起到了重要的延续作用。如2001年5月1日出版的《Avatar》,延续《深空九号》的故事,并作为了“第八季”的起点。还有安德鲁·鲁宾逊所作的《A Stitch in Time》,以传记的形式叙述了葛拉克的一生。《深空九号》的最后一集“What You Leave Behind”导致了其虚构“第八季”故事的发生。当本杰明·西斯科进入了天庭后,奇拉上校接管了深太空九號的指挥权,一个新的中校埃利亚斯·沃恩(Elias Vaughn)接替了她的大副身份,葛拉克成为了战后卡达西新的领导者,欧多帮助着他的族人进行重建,而罗姆则成了佛瑞吉联盟的新领袖,还有很多类似的人事变动和故事的发生。
曾有一些基于《深空九号》主题的电视游戏发售。第一个是《时间的十字路口》(Crossroads of Time),它是运行在超级任天堂和世嘉MD上的横版过关游戏。游戏发生在系列早期的一段时间,它从一些早期剧情(如Past Prologue)中借用了一些故事,同时也创造了一些。据称,一系列的问题阻止了该游戏的继续发展。[21]
^1.01.11.21.31.4来源:“A Bold New Beginning”,第一集DVD完全版。在其中,赖克·伯曼与另外一些人详细地描述了该系列的早期设定过程,以及在创作它时他们的目标。
^原文是“just seemed ridiculous to have two shows—two casts of characters—that were off going where no man has gone before.”
^3.03.1来源:“New Frontiers”,第二季DVD完全版。其中有一段2002年10月17日的采访录像,皮勒在描述第二季时说,“我会将它与《星际旅行》历史上的任何一季视作同等。”(I would put that on a par with any season in the history ofStar Trek.)
^原文是“people who come from different places—honorable, noble people—will naturally have conflicts.”
^来源:“Charting New Territory”,第四季DVD完全版。有关沃尔夫,编剧/制片人罗伯特·休伊特·沃尔夫在2002年10月20日的一次采访中说,制片方感觉到《深空九号》的收视率在第三季末尾开始滑落,便要求他与其他的编剧给观众提供一个新的观看理由。他们的意见便是将沃尔夫加入角色阵营。
^原文是“Everybody should want to be in the Federation. Nobody leaves paradise. In some ways you’re even worse than the Borg. At least they tell you about their plans for assimilation. You assimilate people and they don’t even know it.”
^18.018.1爱好者网站Gay League (页面存档备份,存于互联网档案馆) 主张一个同性恋的《星际旅行》时间线互联网档案馆的存檔,存档日期2009-01-12.,其中详细描绘了同性恋者应享有的权利与待遇。对于剧中出现的第一个“女同性之吻”,该文写道:“对该集的反应可谓强烈:一些地方台拒绝播映这一集,一个南方的电视台则将该镜头剪掉。反对的信件与电话络绎不绝地到来,尽管也收到了一些正面的反馈。”(原文为:Reaction to the episode was strong: some stations refused to air the episode, a Southern affiliate edited the kissing scene out. Mail and phone calls ran very negative, although some positive feedback emerged.)(而握有该片重播权的Spike TV,除非因为时间关系,否则均会未经删节地播映全片)