波拿巴向包括美国特勤局在内的其他联邦机构寻求人员方面的支持，特别是对调查员方面的需求。1908年5月27日，国会禁止司法部使用财政部雇员，理由是担心这个新机构会成为秘密警察部门[16]。而在罗斯福总统的再次督促下，波拿巴终于组织起一个正式的调查部门——调查局（Bureau of Investigation），这个部门将拥有自己的特别探员[14]。
联邦调查局的前身调查局（Bureau of Investigation）成立于1908年7月26日[17]。司法部长波拿巴利用司法部的开支雇佣了34人[14]，其中包括特勤局的一些资深人士[18][19]。斯坦利·芬奇是调查局的首任主管（现称局长）。波拿巴于1908年12月将这些事宜通知美国国会[14]。
调查局的第一个官方任务是走访和调查卖淫场所，以准备执行1910年6月25日通过的《曼恩法（英语：Mann Act）》（又称“白奴贩运法”）。1932年，调查局改名为美国调查局（United States Bureau of Investigation）。
九一一事件的專門委員會（英语：9/11 Commission）於2004年7月22日發布了最終的事件調查報告，當中做出結論，指聯調局與中情局兩方在事前皆輕放可能的情報來源，而這些情報本有機會阻止事件的發生。報告指出，兩機構「未為國家盡責」（"the country had not been well served"），並列出針對聯調局的改善建議[21]。聯調局接納了委員會報告大部分的建議，包括接受國家情報總監的監管[註 2]。不過，部分的委員會成員批評聯調局實際上對大程度的變革仍有抗拒[22]。學者則指出，除了聯調局、中情局為首的情報體系各部門之間因門第之見而缺少溝通之外，聯調局本身去中心化的結構，各地聯調局分處的合作效率低下等問題，皆使得該單位在九一一事件前未能發揮最大職能[23][24]。
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