现在通常认为维吾尔语有中心、和田和罗布三种主要的方言，每一种方言下又可分出不同的次方言，但各地方言差异较小，彼此可以互通。[1]
历史上有多种对维吾尔语方言的分类方法，但现今较为公认的是由E. R. 特尼舍夫引入的三种方言的分类法。该体系后被其他语言学者们如M. 奥斯马诺夫加以修改，但特尼舍夫引入的原版分类依然是最受公认的。[2]
| 中心方言 | 吐鲁番话 |
|---|---|
| 龟兹话 | |
| 阿克苏地区话 | |
| 喀什话 | |
| 莎车话 | |
| 南部方言 | 和田话 |
| 东部方言 | 罗布话 |
R·F·哈恩将中心方言进一步分为北中心子类和南中心子类。北中心子类包括伊宁话（旧称塔兰奇话）、伊犁话和哈密话，南中心子类包括塔里木、多兰、阿图什和莫卧儿部落话，也包括原来特尼舍夫所定义的中心地区南部的方言。他又在南部方言中加入了且末县话和固玛镇话，也许还加入了柯坪县话（但下表未列出）。[3]
哈恩在中心方言中加入的若干方言也被奥斯马诺夫所选用，而奥斯马诺夫又进一步把南部方言分成三个子类：子类一包括固玛镇话，子类二包括埃奇话，子类三包括切里亚话、于田县话（旧称克里亞話）、尼雅话和且末县话。[4]
下面的表格载明了上述分类方法：
| 中心方言 | 北中心子类 | 乌鲁木齐话 |
|---|---|---|
| 伊犁话 | ||
| 伊宁话（旧称塔兰奇话） | ||
| 吐鲁番话 | ||
| 哈密话 | ||
| 南中心子类 | 喀什话 | |
| 刀朗人方言 | ||
| 阿图什话 | ||
| 塔里木话 | ||
| 莫卧儿部落话 | ||
| 龟兹话 | ||
| 莎车话 | ||
| 阿克苏地区话 | ||
| 南部方言 | 子类一 | 固玛镇话 |
| 子类二 | 埃奇话 | |
| 墨玉县话 | ||
| 子类三 | 切里亞話 | |
| 于田县话（旧称克里亚话） | ||
| 尼雅话 | ||
| 且末县话 | ||
| 和田话 | ||
| 东部方言 | 罗布话 | |
特尼舍夫的分类方法基于以下四项参数：音位/i/的质量、音变（metaphony）、语音同化和将来时中动词的变位。奥斯马诺夫则选用了另两个参数作为分类标准：现在-将来时中的变位和未完成时态的动词分词。[2]
中心方言涵盖了90%的维吾尔语使用者，而剩下两种方言只涵盖相对较少的使用者。[5]
维吾尔语有两种标准语：
上述第一种用于新疆的标准语基于北中心子类的乌鲁木齐话，而第二种主要用于哈萨克斯坦的方言基于北中心子类的伊犁话。请注意，虽然苏联已经不复存在，但上述第二种方言名称中的苏维埃（Soviet）一词依旧保留。
上述两种标准语的主要区别在于其正写法和词库。新疆标准语基于阿拉伯字母变体，由阿拉伯维吾尔字母作为书写载体；而苏维埃标准语是基于西里尔字母的，其子母集被称为西里尔维吾尔字母。新疆标准语的词汇极大地受到汉语普通话的影响，而苏维埃标准语则极大地受俄语影响。[1][3]