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猪丁型冠状病毒

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猪丁型冠状病毒
病毒分類编辑
（未分级）：病毒 Virus
域：核糖病毒域Riboviria
界：正核糖病毒界Orthornavirae
门：小核糖病毒门Pisuviricota
纲：小南嵌套病毒纲Pisoniviricetes
目：套式病毒目Nidovirales
科：冠状病毒科Coronaviridae
属：丁型冠狀病毒屬Deltacoronavirus
种：
猪丁型冠状病毒Porcine coronavirus HKU15
異名
  • Swine deltacoronavirus

猪丁型冠状病毒（學名：Porcine coronavirus HKU15、PorCoV、PdCV），又稱冠狀病毒HKU15（Coronavirus HKU15），是丁型冠狀病毒屬的一種病毒，可感染豬，造成痢疾與嘔吐等腸胃症狀，與猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪流行性腹泻病毒（PEDV）等冠狀病毒感染的症狀相似[1]。

此病毒與麻雀冠狀病毒HKU17（SpCoV HKU17）和鵪鶉冠狀病毒HKU30（QuaCoV UAE-HKU30）的複製酶保守區域的胺基酸序列相似度高於90%，顯示三種病毒應為同一物種的不同亞種[2]。

研究歷史

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豬丁型冠狀病毒最早於2012年在香港的一次動物冠狀病毒檢測中在豬的糞便樣本中被發現[3]，當時尚不知其感染所造成的症狀[4]。2014年2月，美國俄亥俄州的一處養豬場爆發豬隻痢疾的疫情，於糞便樣本中又發現了猪丁型冠状病毒[5][4]，同年此病毒的基因組定序完成[6]。隨後豬丁型冠狀病毒又多次在亞洲與北美洲的豬隻痢疾疫情中被發現。除了感染腸道外，此病毒可能也可感染豬隻的呼吸道[7]。

2021年發表的研究在海地三名發燒的病童樣本中發現了豬丁型冠狀病毒，感染毒株的非結構蛋白nsp15與刺突蛋白皆發生突變[8]。

基因組

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豬丁型冠狀病毒的基因組約長25400nt，編碼冠狀病毒皆有的複製酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）與衣殼蛋白（N）等四種結構蛋白，另外還有兩個開放閱讀框NS6與NS7編碼兩種輔助蛋白，其基因排列順序為1ab-S-E-M-NS6-N-NS7，其中NS7的開放閱讀框位於衣殼蛋白的開放閱讀框之內[3]。

參見

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以下為其他感染豬的冠狀病毒：

參考文獻

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  1. ^Ma, Yuanmei; Zhang, Yu; Liang, Xueya; Lou, Fangfei; Oglesbee, Michael; Krakowka, Steven; Li, Jianrong; Parker, John; Griffin, Diane E. Origin, Evolution, and Virulence of Porcine Deltacoronaviruses in the United States. mBio. 2015,6 (2).ISSN 2150-7511.doi:10.1128/mBio.00064-15. 
  2. ^Lau, Susanna K. P.; Wong, Emily Y. M.; Tsang, Chi-Ching; Ahmed, Syed Shakeel; Au-Yeung, Rex K. H.; Yuen, Kwok-Yung; Wernery, Ulrich; Woo, Patrick C. Y.; Gallagher, Tom. Discovery and Sequence Analysis of Four Deltacoronaviruses from Birds in the Middle East Reveal Interspecies Jumping with Recombination as a Potential Mechanism for Avian-to-Avian and Avian-to-Mammalian Transmission. Journal of Virology. 2018,92 (15).ISSN 0022-538X.doi:10.1128/JVI.00265-18. 
  3. ^3.03.1Woo, P. C. Y.; Lau, S. K. P.; Lam, C. S. F.; Lau, C. C. Y.; Tsang, A. K. L.; Lau, J. H. N.; Bai, R.; Teng, J. L. L.; Tsang, C. C. C.; Wang, M.; Zheng, B.-J.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y.Discovery of Seven Novel Mammalian and Avian Coronaviruses in the Genus Deltacoronavirus Supports Bat Coronaviruses as the Gene Source of Alphacoronavirus and Betacoronavirus and Avian Coronaviruses as the Gene Source of Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Journal of Virology. 2012,86 (7): 3995–4008.ISSN 0022-538X.doi:10.1128/JVI.06540-11. 
  4. ^4.04.1Wang, Leyi; Byrum, Beverly; Zhang, Yan. Porcine Coronavirus HKU15 Detected in 9 US States, 2014. Emerging Infectious Diseases. 2014,20 (9): 1594–1595.ISSN 1080-6040.doi:10.3201/eid2009.140756. 
  5. ^Ohio Department of Agriculture finds new pig virus. Reuters. 2014-02-12 [2020-02-17]. （原始内容存档于2020-01-31）. 
  6. ^Wang, L.; Zhang, Y.; Byrum, B. Complete Genome Sequence of Porcine Coronavirus HKU15 Strain IN2847 from the United States. Genome Announcements. 2014,2 (2).ISSN 2169-8287.doi:10.1128/genomeA.00291-14. 
  7. ^Woo, Patrick CY; Lau, Susanna KP; Tsang, Chi-Ching; Lau, Candy CY; Wong, Po-Chun; Chow, Franklin WN; Fong, Jordan YH; Yuen, Kwok-Yung. Coronavirus HKU15 in respiratory tract of pigs and first discovery of coronavirus quasispecies in 5′-untranslated region. Emerging Microbes & Infections. 2019,6 (1): 1–7.ISSN 2222-1751.doi:10.1038/emi.2017.37. 
  8. ^Lednicky JA, Tagliamonte MS, White SK, Elbadry MA, Alam MM, Stephenson CJ; et al.Independent infections of porcine deltacoronavirus among Haitian children.. Nature. 2021,600 (7887): 133–137.PMC 8636265 可免费查阅.PMID 34789872.doi:10.1038/s41586-021-04111-z. 
甲型冠狀病毒屬
（α-CoV）
甲型冠狀病毒1型
甲型冠狀病毒2型
雪貂冠狀病毒（FRECV · FRSCV） ·水鼬冠狀病毒（MCoV）
229E病毒
人類冠狀病毒229E（HCoV-229E） ·羊駝冠狀病毒（ACoV） · 單峰駱駝229E樣冠狀病毒 · 蝙蝠229E樣冠狀病毒
NL63病毒
長翼蝠冠狀病毒HKU8（Bat-CoV HKU8） ·長翼蝠冠狀病毒1型（Bat-CoV 1A/1B） ·褐扁顱蝠冠狀病毒HKU33（Tr-BatCoV HKU33）
其他
鼩鼱冠狀病毒T14（Sa-CoV T14） ·文成鼩鼱病毒（WESV） ·鹿城褐家鼠冠状病毒（LRNV）
乙型冠狀病毒屬
（β-CoV）
Embecovirus（英语：Embecovirus）
（支系A）
乙型冠狀病毒1型（β1CoV）
牛冠狀病毒（BCoV） ·人類冠狀病毒OC43（HCoV-OC43） ·馬冠狀病毒（ECoV） ·豬凝血性腦脊髓炎病毒（PHEV） ·犬呼吸道冠狀病毒（CRCoV）
兔冠狀病毒HKU14（RbCoV HKU14） ·黃鼠冠狀病毒HKU24（ChRCoV HKU24） · 龍泉黑線姬鼠冠狀病毒（LAMV）
鼠冠狀病毒（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV） · 大鼠冠狀病毒（RCoV）（大鼠涎淚腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV）
人類冠狀病毒HKU1（HCoV-HKU1） · 龍泉羅賽鼠冠狀病毒（LRLV）
Merbecovirus（英语：Merbecovirus）
（支系C）
刺蝟冠狀病毒（EriCoV） ·東北刺蝟冠狀病毒HKU31（Ea-HedCoV HKU31） ·扁颅蝠冠状病毒HKU4（Bat-CoV HKU4） ·伏翼蝠冠状病毒HKU5（Bat-CoV HKU5） ·中東呼吸綜合症冠狀病毒（MERS-CoV） ·祖魯棕蝠冠狀病毒（NeoCoV） ·灰伏翼冠狀病毒HKU25（Hp-BatCoV HKU25）
Nobecovirus（英语：Nobecovirus）（支系D）
果蝠冠状病毒GCCDC1（Ro-BatCoV GCCDC1） ·果蝠冠状病毒HKU9（Ro-BatCoV HKU9）
Hibecovirus（英语：Hibecovirus）                            
普氏蹄蝠冠狀病毒ZJ013（BtHp-BetaCoV/ZJ2013）
Sarbecovirus（支系B）                            
SARS-CoV-1 ·SARS-CoV-2 ·变种 · 蝙蝠SARSr-CoV（詳见Template:SARSr-CoV）
丙型冠状病毒属
（γ-CoV）
Cegacovirus
鯨豚冠狀病毒（白鯨冠狀病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠狀病毒HKU22）
Brangacovirus（英语：Brangacovirus）
Igacovirus（英语：Igacovirus）
禽冠狀病毒（傳染性支氣管炎病毒） ·禽冠狀病毒9203（火雞冠狀病毒）
丁型冠狀病毒屬
（δ-CoV）
鵯冠狀病毒HKU11（BuCoV HKU11） · 鶇冠狀病毒HKU12（ThCoV HKU12） ·文鳥冠狀病毒HKU13（英语：Munia coronavirus HKU13）（MuCoV HKU13） ·猪丁型冠状病毒（PdCV） ·繡眼冠狀病毒HKU16（英语：White-eye coronavirus HKU16）（WeCoV HKU16） ·麻雀冠狀病毒HKU17（SpCoV HKU17） · 鵲鴝冠狀病毒HKU18（MRCoV HKU18） · 夜鷺冠狀病毒HKU19 · 鴨冠狀病毒HKU20（WiCoV HKU20） ·紅冠水雞冠狀病毒HKU21（英语：Common moorhen coronavirus HKU21）（CMCoV HKU21） ·隼冠狀病毒HKU27（FalCoV UAE-HKU27） · 翎頜鴇冠狀病毒HKU28（HouCoV UAE-HKU28） · 鴿冠狀病毒HKU29（PiCoV UAE-HKU29） ·鵪鶉冠狀病毒HKU30（QuaCoV UAE-HKU30）
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