日本島嶼列表列出所有現時日本政府主張領有權的島嶼。
日本是一个由14,125个岛屿组成的群岛國家，其中约260个岛屿有人居住。日本是东亚地區最大的岛国，也是世界第四大岛国。
据日本海岸警卫队1987年进行的一项调查，日本共有海岸线100米以上的岛屿6,852个。2023年2月28日，日本國土地理院宣布，通过使用数字地图重新統計，岛屿数量已更新为14,125个。
以下列舉除了本州（約1億4百萬人）、九州（約1250萬人）、四國（約358萬人）與北海道（約511萬人）四大島以及沖繩本島（約122萬人）以外的有人島的人口。
| 島名[1] | 都道府縣 | 市町村 | 2020年人口普查人口[2][1] | 2015年人口普查人口[3][1] |
|---|---|---|---|---|
| 礼文島 | 北海道 | 礼文町 | 2,509 | 2,773 |
| 利尻島 | 利尻町、利尻富士町 | 4,462 | 5,090 | |
| 燒尻島 | 羽幌町 | 171 | 201 | |
| 天賣島 | 259 | 313 | ||
| 奥尻島 | 奥尻町 | 2,410 | 2,690 | |
| 厚岸小島（日语：厚岸小島） | 厚岸町 | 8 | 12 | |
| 大島 | 宮城縣 | 氣仙沼市 | 2,207 | 2,522 |
| 出島（日语：出島 (宮城県)） | 女川町 | 69 | 77 | |
| 江島（日语：江島 (宮城県)） | 33 | 38 | ||
| 網地島（日语：網地島） | 石卷市 | 247 | 304 | |
| 田代島 | 43 | 62 | ||
| 金華山（日语：金華山 (宮城県)） | 17 | 15 | ||
| 寒風澤島（日语：寒風沢島） | 鹽竈市 | 82 | 96 | |
| 野野島（日语：野々島 (宮城県)） | 55 | 66 | ||
| 桂島（日语：桂島 (宮城県)） | 124 | 160 | ||
| 朴島（日语：朴島） | 10 | 12 | ||
| 宮戶島（日语：宮戸島） | 東松島市 | 453 | 536 | |
| 飛島 | 山形縣 | 酒田市 | 158 | 204 |
| 大島 | 東京都 | 大島町 | 7,102 | 7,884 |
| 利島 | 利島村 | 327 | 337 | |
| 新島 | 新島村 | 1,967 | 2,230 | |
| 式根島 | 474 | 519 | ||
| 神津島 | 神津島村 | 1,855 | 1,891 | |
| 三宅島 | 三宅村 | 2,273 | 2,482 | |
| 御藏島 | 御藏島村 | 323 | 335 | |
| 八丈島 | 八丈町 | 7,042 | 7,613 | |
| 青島 | 青島村 | 169 | 178 | |
| 父島 | 小笠原村 | 2,114 | 2,089 | |
| 母島 | 477 | 461 | ||
| 硫磺島 | 359 | 401 | ||
| 南鳥島 | 9 | 71 | ||
| 仁右衛門島（日语：仁右衛門島） | 千葉縣 | 鴨川市 | 1 | 2 |
| 城島（日语：城ヶ島） | 神奈川縣 | 三浦市 | 449 | 484 |
| 江之島 | 藤澤市 | 312 | 368 | |
| 粟島 | 新潟縣 | 粟島浦村 | 353 | 370 |
| 佐渡島 | 佐渡市 | 51,492 | 57,255 | |
| 舳倉島 | 石川縣 | 輪島市 | 66 | 105 |
| 能登島 | 七尾市 | 2,471 | 2,725 | |
| 初島 | 静岡縣 | 熱海市 | 268 | 333 |
| 佐久島（日语：佐久島） | 愛知縣 | 西尾市 | 196 | 234 |
| 日間賀島（日语：日間賀島） | 南知多町 | 1,716 | 1,896 | |
| 篠島（日语：篠島） | 1,518 | 1,653 | ||
| 神島（日语：神島 (三重県)） | 三重縣 | 鳥羽市 | 290 | 348 |
| 答志島（日语：答志島） | 1,657 | 1,975 | ||
| 菅島 | 455 | 550 | ||
| 坂手島（日语：坂手島） | 243 | 315 | ||
| 渡鹿野島（日语：渡鹿野島） | 志摩市 | 160 | 219 | |
| 間崎島（日语：間崎島） | 56 | 69 | ||
| 賢島（日语：賢島） | 95 | 107 | ||
| 横山島（日语：横山島） | - | - | ||
| 沖島 | 滋賀縣 | 近江八幡市 | 264 | 287 |
| 淡路島 | 兵庫縣 | 淡路市、洲本市、南淡路市 | 126,980 | 134,717 |
| 沼島 | 南淡路市 | 360 | 430 | |
| 男鹿島（日语：男鹿島） | 姬路市 | 27 | 38 | |
| 家島（日语：家島） | 2,137 | 2,693 | ||
| 坊勢島（日语：坊勢島） | 1,911 | 2,165 | ||
| 西島（日语：西島 (兵庫県)） | 4 | 2 | ||
| 中之島（日语：中ノ島 (和歌山県)） | 和歌山縣 | 那智勝浦町 | 0 | 20 |
| 紀伊大島 | 串本町 | 891 | 1,123 | |
| 島後 | 島根縣 | 隱岐之島町 | 13,433 | 14,608 |
| 中之島 | 海士町 | 2,267 | 2,353 | |
| 西之島 | 西之島町 | 2,788 | 3,027 | |
| 知夫里島 | 知夫村 | 634 | 615 | |
| 大根島 | 松江市 | 3,123 | 3,241 | |
| 江島（日语：江島 (島根県)） | 670 | 601 | ||
| 鹿久居島（日语：鹿久居島） | 岡山縣 | 備前市 | 11 | 9 |
| 大多府島（日语：大多府島） | 47 | 71 | ||
| 頭島（日语：頭島） | 362 | 319 | ||
| 鴻島（日语：鴻島） | 50 | 39 | ||
| 長島（日语：長島 (岡山県)） | 瀨戶内市 | 364 | 486 | |
| 前島（日语：前島 (岡山県)） | 118 | 140 | ||
| 黄島（日语：黄島 (岡山県)） | 0 | - | ||
| 黑島（日语：黒島 (岡山県)） | - | - | ||
| 犬島（日语：犬島） | 岡山市 | 36 | 44 | |
| 石島 | 玉野市 | 54 | 76 | |
| 松島（日语：松島 (岡山県)） | 倉敷市 | 4 | 3 | |
| 六口島（日语：六口島） | 6 | 7 | ||
| 高島（日语：高島 (岡山県笠岡市)） | 笠岡市 | 58 | 70 | |
| 白石島（日语：白石島） | 346 | 450 | ||
| 北木島（日语：北木島） | 580 | 772 | ||
| 真鍋島（日语：真鍋島） | 147 | 201 | ||
| 小飛島（日语：小飛島） | 17 | 17 | ||
| 大飛島（日语：大飛島） | 42 | 45 | ||
| 六島（日语：六島 (岡山県)） | 48 | 70 | ||
| 走島（日语：走島） | 廣島縣 | 福山市 | 343 | 410 |
| 田島（日语：田島 (広島県)） | 1,327 | 1,480 | ||
| 横島（日语：横島 (広島県福山市)） | 921 | 1,063 | ||
| 百島（日语：百島 (広島県)） | 尾道市 | 380 | 477 | |
| 向島（日语：向島 (広島県)） | 21,805 | 22,311 | ||
| 岩子島（日语：岩子島） | 483 | 566 | ||
| 細島（日语：細島 (広島県)） | 27 | 47 | ||
| 因島（日语：因島） | 20,435 | 21,947 | ||
| 生口島（日语：生口島） | 8,407 | 8,902 | ||
| 高根島（日语：高根島） | 432 | 481 | ||
| 佐木島（日语：佐木島） | 三原市 | 585 | 681 | |
| 小佐木島（日语：小佐木島） | 5 | 6 | ||
| 大久野島 | 竹原市 | 21 | 15 | |
| 契島 | 大崎上島町 | 33 | 32 | |
| 生野島（日语：生野島） | 11 | 17 | ||
| 大崎上島（日语：大崎上島） | 7,084 | 7,915 | ||
| 長島（日语：長島 (広島県)） | 30 | 28 | ||
| 大崎下島（日语：大崎下島） | 吳市 | 1,748 | 2,169 | |
| 三角島（日语：三角島 (広島県)） | 16 | 34 | ||
| 豐島（日语：豊島 (広島県)） | 921 | 1,179 | ||
| 齋島（日语：斎島） | 12 | 15 | ||
| 上蒲刈島（日语：上蒲刈島） | 1,423 | 1,662 | ||
| 下蒲刈島（日语：下蒲刈島） | 1,288 | 1,463 | ||
| 情島（日语：情島 (広島県)） | 4 | 6 | ||
| 倉橋島（日语：倉橋島） | 15,106 | 16,776 | ||
| 鹿島（日语：鹿島 (広島県)） | 186 | 258 | ||
| 大芝島（日语：大芝島） | 東廣島市 | 128 | 150 | |
| 似島（日语：似島） | 廣島市 | 694 | 790 | |
| 金輪島（日语：金輪島） | 72 | 81 | ||
| 江田島·能美島（日语：能美島） | 江田島市 | 21,924 | 24,330 | |
| 沖野島（日语：沖野島） | 9 | 6 | ||
| 嚴島 | 廿日市市 | 1,453 | 1,674 | |
| 阿多田島（日语：阿多田島） | 大竹市 | 207 | 252 | |
| 端島（日语：端島 (山口県)） | 山口縣 | 岩国市 | 18 | 21 |
| 柱島（日语：柱島） | 93 | 145 | ||
| 黑島（日语：黒島 (山口県)） | 9 | 24 | ||
| 屋代島 | 周防大島町 | 14,477 | 16,766 | |
| 情島（日语：情島 (山口県)） | 33 | 62 | ||
| 浮島（日语：浮島 (山口県)） | 180 | 214 | ||
| 前島（日语：前島 (山口県)） | 5 | 7 | ||
| 笠佐島（日语：笠佐島） | 7 | 13 | ||
| 沖家室島（日语：沖家室島） | 96 | 137 | ||
| 平郡島（日语：平郡島） | 柳井市 | 247 | 348 | |
| 馬島（日语：馬島 (山口県)） | 田布施町 | 24 | 26 | |
| 佐合島（日语：佐合島） | 平生町 | 9 | 17 | |
| 長島（日语：長島 (山口県)） | 上關町 | 1,249 | 1,489 | |
| 祝島（日语：祝島） | 281 | 380 | ||
| 八島（日语：八島 (山口県)） | 14 | 25 | ||
| 牛島（日语：牛島 (山口県)） | 光市 | 26 | 46 | |
| 笠戶島（日语：笠戸島） | 下松市 | 1,027 | 1,109 | |
| 粭島（日语：粭島） | 周南市 | 240 | 269 | |
| 大津島（日语：大津島） | 182 | 244 | ||
| 野島（日语：野島 (山口県)） | 防府市 | 71 | 94 | |
| 向島（日语：向島 (山口県)） | 1,091 | 1,297 | ||
| 竹之子島（日语：竹ノ子島） | 下關市 | 159 | 162 | |
| 彦島（日语：彦島） | 23,606 | 26,386 | ||
| 角島（日语：角島） | 650 | 726 | ||
| 蓋井島（日语：蓋井島） | 84 | 90 | ||
| 六連島（日语：六連島） | 72 | 87 | ||
| 見島（日语：見島） | 萩市 | 689 | 864 | |
| 大島（日语：大島 (山口県萩市)） | 585 | 677 | ||
| 櫃島（日语：櫃島） | 2 | 2 | ||
| 相島（日语：相島 (山口県)） | 124 | 154 | ||
| 青海島 | 長門市 | 1,578 | 1,901 | |
| 大毛島（日语：大毛島） | 德島縣 | 鳴門市 | 3,007 | 3,325 |
| 島田島（日语：島田島） | 373 | 430 | ||
| 伊島（日语：伊島 (阿南市)） | 阿南市 | 125 | 165 | |
| 出羽島（日语：出羽島） | 牟岐町 | 68 | 72 | |
| 竹島（日语：竹ヶ島 (徳島県)） | 海陽町 | - | - | |
| 小豆島 | 香川縣 | 小豆島町、土庄町 | 25,881 | 27,927 |
| 沖之島（日语：沖之島 (香川県)） | 土庄町 | 58 | 60 | |
| 小豐島（日语：小豊島） | 9 | 10 | ||
| 豐島（日语：豊島 (香川県)） | 768 | 867 | ||
| 直島 | 直島町 | 3,071 | 3,105 | |
| 屏風島（日语：屏風島） | 20 | 19 | ||
| 向島（日语：向島 (香川県)） | 12 | 15 | ||
| 男木島 | 高松市 | 132 | 148 | |
| 女木島 | 125 | 136 | ||
| 大島（日语：大島 (香川県高松市)） | 53 | 75 | ||
| 櫃石島（日语：櫃石島） | 坂出市 | 151 | 172 | |
| 岩黑島（日语：岩黒島） | 55 | 75 | ||
| 与島（日语：与島） | 65 | 81 | ||
| 小与島（日语：小与島） | 2 | 2 | ||
| 本島（日语：本島 (香川県)） | 丸龜市 | 292 | 396 | |
| 牛島（日语：牛島 (香川県)） | 8 | 10 | ||
| 廣島（日语：広島 (香川県)） | 170 | 226 | ||
| 手島（日语：手島 (香川県)） | 22 | 30 | ||
| 小手島（日语：小手島） | 38 | 36 | ||
| 佐柳島（日语：佐柳島） | 多度津町 | 57 | 72 | |
| 高見島（日语：高見島） | 25 | 27 | ||
| 粟島（日语：粟島 (香川県)） | 三豐市 | 154 | 216 | |
| 志志島（日语：志々島） | 19 | 18 | ||
| 伊吹島（日语：伊吹島） | 觀音寺市 | 323 | 400 | |
| 高井神島（日语：高井神島） | 愛媛縣 | 上島町 | 11 | 26 |
| 魚島（日语：魚島） | 138 | 168 | ||
| 弓削島（日语：弓削島） | 2,599 | 2,835 | ||
| 佐島（日语：佐島 (上島諸島)） | 428 | 489 | ||
| 生名島（日语：生名島） | 1,389 | 1,582 | ||
| 岩城島（日语：岩城島） | 1,942 | 2,033 | ||
| 赤穗根島（日语：赤穂根島） | 2 | 2 | ||
| 大三島 | 今治市 | 4,963 | 5,675 | |
| 伯方島（日语：伯方島） | 5,715 | 6,359 | ||
| 鵜島（日语：鵜島 (今治市)） | 19 | 23 | ||
| 大島 | 5,355 | 6,031 | ||
| 津島（日语：津島 (今治市)） | 7 | 13 | ||
| 岡村島（日语：岡村島） | 278 | 311 | ||
| 大下島（日语：大下島） | 46 | 69 | ||
| 小大下島（日语：小大下島） | 26 | 23 | ||
| 小島（日语：小島 (愛媛県)） | 7 | 11 | ||
| 来島（日语：来島） | 14 | 15 | ||
| 馬島（日语：馬島 (愛媛県)） | 9 | 20 | ||
| 比岐島（日语：比岐島） | 2 | 3 | ||
| 新居大島（日语：新居大島） | 新居濱市 | 131 | 190 | |
| 安居島（日语：安居島） | 松山市 | 15 | 20 | |
| 興居島（日语：興居島） | 913 | 1,118 | ||
| 野忽那島（日语：野忽那島） | 83 | 106 | ||
| 睦月島（日语：睦月島） | 182 | 222 | ||
| 中島（日语：中島 (愛媛県)） | 2,355 | 2,781 | ||
| 怒和島（日语：怒和島） | 278 | 354 | ||
| 津和地島（日语：津和地島） | 225 | 291 | ||
| 二神島（日语：二神島） | 85 | 127 | ||
| 釣島（日语：釣島） | 33 | 37 | ||
| 青島 | 大洲市 | 5 | 17 | |
| 大島（日语：大島 (愛媛県八幡浜市)） | 八幡濱市 | 190 | 244 | |
| 九島（日语：九島） | 宇和島市 | 729 | 861 | |
| 嘉島（日语：嘉島 (宇和島市)） | 63 | 80 | ||
| 戶島（日语：戸島 (愛媛県)） | 216 | 307 | ||
| 日振島（日语：日振島） | 246 | 289 | ||
| 竹島（日语：竹ヶ島 (宇和島市津島町)） | 12 | 23 | ||
| 中之島（日语：中ノ島 (高知県)） | 高知縣 | 須崎市 | 57 | 67（包括四國島一部分地區） |
| 戶島（日语：戸島 (高知県)） | - | - | ||
| 柏島（日语：柏島） | 大月町 | 225 | 284 | |
| 大島（日语：大島 (高知県)） | 宿毛市 | 429 | 488 | |
| 沖之島（日语：沖の島 (高知県)） | 119 | 149 | ||
| 鵜来島（日语：鵜来島） | 23 | 23 | ||
| 馬島（日语：馬島 (福岡県)） | 福岡縣 | 北九州市 | 28 | 31 |
| 藍島（日语：藍島） | 188 | 243 | ||
| 地島（日语：地島） | 宗像市 | 122 | 148 | |
| 大島（日语：大島 (福岡県)） | 540 | 609 | ||
| 相島（日语：相島 (福岡県)） | 新宮町 | 215 | 267 | |
| 志賀島 | 福岡市 | 1,438 | 1,639 | |
| 能古島（日语：能古島） | 661 | 717 | ||
| 玄界島（日语：玄界島） | 353 | 458 | ||
| 小呂島（日语：小呂島） | 158 | 192 | ||
| 姬島（日语：姫島 (福岡県)） | 糸島市 | 134 | 147 | |
| 高島（日语：高島 (佐賀県)） | 佐賀縣 | 唐津市 | 187 | 241 |
| 神集島（日语：神集島） | 261 | 321 | ||
| 加部島（日语：加部島） | 458 | 533 | ||
| 小川島（日语：小川島） | 263 | 348 | ||
| 加唐島（日语：加唐島） | 117 | 131 | ||
| 松島（日语：松島 (佐賀県)） | 45 | 40 | ||
| 馬渡島（日语：馬渡島） | 280 | 347 | ||
| 向島（日语：向島 (佐賀県)） | 50 | 56 | ||
| 對馬島 | 長崎縣 | 對馬市 | 28,374 | 31,301 |
| 海栗島 | 51 | 64 | ||
| 泊島（日语：泊島） | 9 | 9 | ||
| 赤島（日语：赤島 (長崎県対馬市)） | 25 | 13 | ||
| 沖之島（日语：沖ノ島 (長崎県対馬市)） | 18 | 39 | ||
| 島山島（日语：島山島 (長崎県対馬市)） | 25 | 31 | ||
| 壹岐島 | 壹岐市 | 24,678 | 26,750 | |
| 若宮島（日语：若宮島） | 15 | 14 | ||
| 原島（日语：原島） | 71 | 100 | ||
| 長島（日语：長島 (長崎県)） | 91 | 116 | ||
| 大島（日语：大島 (長崎県壱岐市)） | 93 | 123 | ||
| 福島（日语：福島 (長崎県)） | 松浦市 | 2,379 | 2,635 | |
| 鷹島 | 1,669 | 1,974 | ||
| 黑島（日语：黒島 (長崎県松浦市)） | 32 | 63 | ||
| 青島（日语：青島 (長崎県)） | 182 | 205 | ||
| 飛島（日语：飛島 (長崎県松浦市)） | 33 | 44 | ||
| 的山大島（日语：的山大島） | 平戶市 | 933 | 1,077 | |
| 度島（日语：度島） | 620 | 701 | ||
| 平戶島 | 16,240 | 17,698 | ||
| 高島（日语：高島 (長崎県平戸市)） | 21 | 22 | ||
| 生月島 | 4,852 | 5,458 | ||
| 前島（日语：前島 (長崎県佐世保市)） | 佐世保市 | - | 72 | |
| 鼕泊島（日语：鼕泊島） | - | 64 | ||
| 黑島（日语：黒島 (長崎県佐世保市)） | 384 | 446 | ||
| 高島（日语：高島 (長崎県佐世保市)） | 162 | 181 | ||
| 針尾島（日语：針尾島） | 9,017 | 9,365 | ||
| 大島（日语：大島 (長崎県佐世保市)） | 387 | 399 | ||
| 宇久島 | 1,879 | 2,179 | ||
| 寺島（日语：寺島 (長崎県佐世保市)） | 9 | 8 | ||
| 竹之島（日语：竹ノ島） | 西海市 | - | 2 | |
| 大島（日语：大島 (長崎県西海市)） | 4,754 | 5,185 | ||
| 寺島（日语：寺島 (長崎県西海市)） | 202 | 203 | ||
| 蛎浦島（日语：蛎浦島） | 871 | 993 | ||
| 崎戶島（日语：崎戸島） | 106 | 131 | ||
| 江島（日语：江島 (長崎県)） | 100 | 124 | ||
| 平島（日语：平島 (長崎県)） | 143 | 201 | ||
| 南串島（日语：南串島） | - | - | ||
| 松島（日语：松島 (長崎県)） | 496 | 534 | ||
| 鵜瀨島（日语：鵜瀬島） | 長崎市 | 18 | 20 | |
| 池島 | 106 | 130 | ||
| 伊王島（日语：伊王島） | 196 | 269 | ||
| 沖之島（日语：沖之島 (長崎県)） | 421 | 420 | ||
| 高島（日语：高島 (長崎県長崎市)） | 324 | 382 | ||
| 樺島（日语：樺島） | 422 | 528 | ||
| 牧島（日语：牧島 (長崎県)） | 759 | 810 | ||
| 前島（日语：前島 (長崎県時津町)） | 時津町 | 5 | 5 | |
| 鹿島（日语：鹿島 (長崎県)） | 諫早市 | 7 | 7 | |
| 六島（日语：六島 (長崎県)） | 小值賀町 | 1 | 3 | |
| 野崎島（日语：野崎島） | 1 | 1 | ||
| 納島（日语：納島） | 21 | 26 | ||
| 小值賀島（日语：小値賀島） | 2,015 | 2,229 | ||
| 黑島（日语：黒島 (長崎県小値賀町)） | 38 | 54 | ||
| 大島（日语：大島 (長崎県小値賀町)） | 61 | 65 | ||
| 斑島（日语：斑島） | 151 | 182 | ||
| 中通島 | 新上五島町 | 16,112 | 18,113 | |
| 頭島（日语：頭ヶ島） | 14 | 15 | ||
| 桐之小島（日语：桐ノ小島） | 6 | 8 | ||
| 若松島 | 1,218 | 1,402 | ||
| 日島（日语：日島） | 27 | 38 | ||
| 有福島（日语：有福島） | 100 | 112 | ||
| 漁生浦島（日语：漁生浦島） | 26 | 30 | ||
| 奈留島 | 五島市 | 1,927 | 2,246 | |
| 前島（日语：前島 (長崎県五島市)） | 23 | 23 | ||
| 久賀島 | 255 | 294 | ||
| 蕨小島 | 9 | 8 | ||
| 椛島（日语：椛島） | 95 | 129 | ||
| 福江島 | 31,945 | 34,419 | ||
| 赤島（日语：赤島 (長崎県五島市)） | 10 | 14 | ||
| 黄島（日语：黄島 (長崎県)） | 32 | 41 | ||
| 黑島（日语：黒島 (長崎県五島市)） | 1 | 2 | ||
| 島山島（日语：島山島 (長崎県五島市)） | 15 | 17 | ||
| 嵯峨島（日语：嵯峨島） | 79 | 134 | ||
| 戶馳島（日语：戸馳島） | 熊本縣 | 宇城市 | 1,103 | 1,224 |
| 大矢野島（日语：大矢野島） | 上天草市 | 11,090 | 12,179 | |
| 維和島（日语：維和島） | 1,083 | 1,236 | ||
| 野牛島（日语：野牛島） | - | - | ||
| 湯島（日语：湯島 (天草諸島)） | 261 | 293 | ||
| 野釜島（日语：野釜島） | 252 | 145 | ||
| 永浦島（日语：永浦島） | 143 | 151 | ||
| 樋合島（日语：樋合島） | 179 | 222 | ||
| 前島（日语：前島 (熊本県)） | 102 | 140 | ||
| 中島（日语：中島 (熊本県)） | 4 | 4 | ||
| 樋島（日语：樋島） | 973 | 1,140 | ||
| 天草上島 | 上天草市、天草市 | 23,772 | 26,317 | |
| 横浦島（日语：横浦島） | 天草市 | 512 | 627 | |
| 牧島（日语：牧島 (熊本県)） | 267 | 322 | ||
| 御所浦島（日语：御所浦島） | 1,539 | 1,786 | ||
| 通詞島（日语：通詞島） | 495 | 518 | ||
| 横島（日语：横島 (熊本県)） | 1 | 1 | ||
| 下須島（日语：下須島） | 850 | 1,025 | ||
| 天草下島 | 天草市、苓北町 | 65,937 | 71,523 | |
| 姬島（日语：姫島 (大分県)） | 大分縣 | 姬島村 | 1,725 | 1,991 |
| 黑島（日语：黒島 (大分県臼杵市)） | 臼杵市 | - | 4 | |
| 地無垢島（日语：地無垢島） | 津久見市 | 28 | 35 | |
| 保戶島（日语：保戸島） | 536 | 700 | ||
| 大入島（日语：大入島） | 佐伯市 | 542 | 712 | |
| 大島（日语：大島 (大分県佐伯市)） | 87 | 114 | ||
| 屋形島（日语：屋形島） | 15 | 18 | ||
| 深島（日语：深島） | 17 | 19 | ||
| 島野浦島（日语：島野浦島） | 宮崎縣 | 延岡市 | 710 | 837 |
| 大島（日语：大島 (宮崎県)） | 日南市 | 2 | 1 | |
| 築島（日语：築島） | 串間市 | 9 | 9 | |
| 獅子島（日语：獅子島） | 鹿兒島縣 | 長島町 | 647 | 689 |
| 伊唐島（日语：伊唐島） | 247 | 263 | ||
| 諸浦島（日语：諸浦島） | 369 | 412 | ||
| 長島 | 8,442 | 9,067 | ||
| 桂島（日语：桂島 (鹿児島県)） | 出水市 | 12 | 8 | |
| 上甑島（日语：上甑島） | 薩摩川内市 | 1,862 | 2,174 | |
| 中甑島（日语：中甑島） | 186 | 224 | ||
| 下甑島（日语：下甑島） | 1,935 | 2,321 | ||
| 新島（日语：新島 (鹿児島県)） | 鹿兒島市 | 2 | 0 | |
| 種子島 | 西之表市、中種子町、南種子町 | 27,690 | 29,847 | |
| 馬毛島 | 西之表市 | 2 | 0 | |
| 屋久島 | 屋久島町 | 11,765 | 12,913 | |
| 口永良部島 | 93 | - | ||
| 竹島 | 三島村 | 72 | 87 | |
| 硫磺島 | 139 | 130 | ||
| 黑島 | 194 | 190 | ||
| 口之島 | 十島村 | 103 | 159 | |
| 中之島 | 146 | 171 | ||
| 諏訪之瀨島 | 78 | 73 | ||
| 平島 | 107 | 71 | ||
| 惡石島 | 90 | 79 | ||
| 小宝島 | 69 | 55 | ||
| 宝島 | 147 | 148 | ||
| 奄美大島 | 奄美市、大和村、宇檢村、龍鄉町、瀨戶内町 | 57,511 | 59,828 | |
| 加計呂麻島 | 瀨戶内町 | 1,080 | 1,262 | |
| 請島 | 77 | 82 | ||
| 与路島 | 70 | 84 | ||
| 喜界島 | 喜界町 | 6,629 | 7,212 | |
| 德之島 | 德之島町、伊仙町、天城町 | 21,803 | 23,497 | |
| 沖永良部島 | 和泊町、知名町 | 11,996 | 12,996 | |
| 与論島 | 与論町 | 5,115 | 5,186 | |
| 伊平屋島 | 沖繩縣 | 伊平屋村 | 1,040 | 1,144 |
| 野甫島 | 86 | 94 | ||
| 伊是名島 | 伊是名村 | 1,322 | 1,517 | |
| 宮城島 | 大宜味村 | 94 | 113 | |
| 伊江島 | 伊江村 | 4,118 | 4,260 | |
| 屋我地島 | 名護市 | 1,256 | 1,543 | |
| 古宇利島 | 今歸仁村 | 299 | 346 | |
| 瀨底島 | 本部町 | 843 | 784 | |
| 水納島 | 19 | 41 | ||
| 平安座島 | 宇流麻市 | 1,129 | 1,164 | |
| 宮城島 | 657 | 626 | ||
| 伊計島 | 253 | 230 | ||
| 濱比嘉島 | 373 | 385 | ||
| 津堅島 | 377 | 391 | ||
| 久高島 | 南城市 | 191 | 206 | |
| 奥武島 | 740 | 748 | ||
| 瀨長島 | 豐見城市 | 0 | 4 | |
| 前島 | 渡嘉敷村 | - | - | |
| 渡嘉敷島 | 718 | 728 | ||
| 座間味島 | 座間味村 | 581 | 564 | |
| 阿嘉島 | 247 | 248 | ||
| 慶留間島 | 64 | 58 | ||
| 粟国島 | 粟国村 | 683 | 759 | |
| 渡名喜島 | 渡名喜村 | 346 | 430 | |
| 久米島 | 久米島町 | 7,155 | 7,733 | |
| 奥武島 | 29 | 22 | ||
| 歐哈島 | 8 | 0 | ||
| 北大東島 | 北大東村 | 590 | 629 | |
| 南大東島 | 南大東村 | 1,285 | 1,329 | |
| 宮古島 | 宮古島市 | 47,676 | 45,625 | |
| 池間島 | 511 | 603 | ||
| 大神島 | 23 | 28 | ||
| 来間島 | 139 | 161 | ||
| 伊良部島 | 4,494 | 4,693 | ||
| 下地島 | 88 | 76 | ||
| 多良間島 | 多良間村 | 1,054 | 1,189 | |
| 水納島 | 4 | 5 | ||
| 石垣島 | 石垣市 | 47,637 | 47,564 | |
| 竹富島 | 竹富町 | 341 | 348 | |
| 西表島 | 2,253 | 2,314 | ||
| 鳩間島 | 54 | 46 | ||
| 由布島 | - | - | ||
| 小濱島 | 621 | 631 | ||
| 黑島 | 193 | 156 | ||
| 新城島上地 | 10 | 10 | ||
| 新城島下地 | - | - | ||
| 波照間島 | 470 | 493 | ||
| 嘉弥真島 | - | - | ||
| 外離島 | - | - | ||
| 与那国島 | 与那国町 | 1,676 | 1,843 |
以下列出在日本政府主張領有權的範圍內，面積達50平方公里以上的44座島嶼。
| 順位 | 名稱 | 都道府縣別 | 位置 | 面積（km²）[4] |
| 1 | 本州本島 | - | - | 227,952.27 |
| 2 | 北海道本島 | 北海道 | - | 77,982.74 |
| 3 | 九州本島 | - | - | 36,735.85 |
| 4 | 四國本島 | - | - | 18,298.46 |
| - | 擇捉島 | 北海道 | 南千島群島（俄控） | 3,182.65 |
| - | 國後島 | 北海道 | 南千島群島（俄控） | 1,498.56 |
| 5 | 沖繩本島 | 沖繩縣 | 沖繩群島 | 1,206.49 |
| 6 | 佐渡島 | 新潟縣 | 日本海 | 854.29 |
| 7 | 奄美大島 | 鹿兒島縣 | 奄美群島 | 712.35 |
| 8 | 對馬島 | 長崎縣 | 朝鮮海峽 | 696.29 |
| 9 | 淡路島 | 兵庫縣 | 瀨戶內海 | 592.17 |
| 10 | 下島 | 熊本縣 | 天草群島 | 574.01 |
| 11 | 屋久島 | 鹿兒島縣 | 大隅群島 | 504.88 |
| 12 | 種子島 | 鹿兒島縣 | 大隅群島 | 444.99 |
| 13 | 福江島 | 長崎縣 | 五島群島 | 326.29 |
| 14 | 西表島 | 沖繩縣 | 先島群島 | 289.27 |
| - | 色丹島 | 北海道 | 南千島群島（俄控） | 250.16 |
| 15 | 德之島 | 鹿兒島縣 | 奄美群島 | 247.76 |
| 16 | 島後島 | 島根縣 | 隱岐群島 | 241.64 |
| 17 | 上島 | 熊本縣 | 天草群島 | 225.26 |
| 18 | 石垣島 | 沖繩縣 | 先島群島 | 222.57 |
| 19 | 利尻島 | 北海道 | 日本海 | 182.15 |
| 20 | 中通島 | 長崎縣 | 五島群島 | 168.33 |
| 21 | 平戶島 | 長崎縣 | 朝鮮海峽 | 163.68 |
| 22 | 宮古島 | 沖繩縣 | 先島群島 | 159.21 |
| 23 | 小豆島 | 香川縣 | 瀨戶內海 | 153.33 |
| 24 | 奥尻島 | 北海道 | 日本海 | 142.74 |
| 25 | 壹岐島 | 長崎縣 | 朝鮮海峽 | 133.81 |
| 26 | 周防大島 | 山口縣 | 瀨戶內海 | 128.37 |
| 27 | 沖永良部島 | 鹿兒島縣 | 奄美群島 | 93.65 |
| 28 | 江田島・能美島 | 廣島縣 | 瀨戶內海 | 91.44 |
| 29 | 伊豆大島 | 東京都 | 伊豆群島 | 91.05 |
| 30 | 長島 | 鹿兒島縣 | 天草群島 | 90.60 |
| 31 | 礼文島 | 北海道 | 日本海 | 80.95 |
| 32 | 加計呂麻島 | 鹿兒島縣 | 奄美群島 | 77.39 |
| 33 | 倉橋島 | 廣島縣 | 瀨戶內海 | 69.56 |
| 34 | 八丈島 | 東京都 | 伊豆群島 | 69.48 |
| 35 | 下甑島 | 鹿兒島縣 | 甑島群島 | 66.12 |
| 36 | 大三島 | 愛媛縣 | 瀨戶內海 | 64.56 |
| 37 | 久米島 | 沖繩縣 | 沖繩群島 | 59.53 |
| - | 志發島 | 北海道 | 南千島群島（俄控） | 58.3 |
| 38 | 喜界島 | 鹿兒島縣 | 奄美群島 | 56.93 |
| 39 | 西之島 | 島根縣 | 隱岐群島 | 55.97 |
| 40 | 三宅島 | 東京都 | 伊豆群島 | 55.44 |
