毛黴的成熟孢子囊
苔蘚孢子囊（筴）
蕨葉上的孢子囊堆
問荊毬花切開後露出的孢子囊孢子囊是植物或真菌製造並容納孢子的組織。孢子囊會出現在被子植物門、裸子植物門、蕨類植物門、蕨類相關、苔蘚植物、藻類和真菌等生物上頭。
小孢子囊是花朵雄蕊上被稱做花葯，以及雄毬果小孢子葉上產生花粉的部份。
大孢子囊是此類植物相對的「雌性」部份，分別為花朵的心皮及大孢子囊毬果。
在蕨類植物上，成熟的植物是孢子體，並會在所以或只有某些葉子（稱之為繁殖葉）上產生帶有有性孢子的孢子囊。這此孢子會在葉子的下端。
在苔蘚上，其孢子囊則是長在細莖上，並如蕨類植物一般會產生有性孢子。此一孢子體（雙倍體）的孢子囊是從卵受精後的配子體（單倍體）頸卵器長成出來的。孢子囊起初會有一些葉綠素，但之後便會轉變為棕色，並改由依靠配子體提供其養分。孢子囊會從莖部基部，依附著頸卵器組織的地方吸收養分。
因其發育的不同，孢子囊在維管植物中可分成厚孢子囊和薄孢子囊兩種。薄孢子囊只出現在蕨類植物中，一開始只有一個細胞，並由此細胞發展成莖、壁和孢子囊內的孢子。每個薄孢子囊內有64個左右的孢子。厚孢子囊出現在所有的其他維管植物和一些原始蕨類中，一開始是一層細胞（多於一個細胞）。厚孢子囊較大（因此有較多孢子），且有多層的壁。雖然這些壁可能會伸展及損傷，導致最後只剩一層壁還殘留著。
一群孢子囊可能在發展中聚合在一起，稱之為聚合囊。此一結構在松葉蕨屬和如天星蕨屬、單蕨屬及合囊蕨屬等合囊蕨綱中是很顯著的特徵。
