生物分類法 上八個主要的分類單元 ,生物被分成三個域,並進一步被劃分成其他分類單元。本圖沒有顯示較小的中間分類單元。在生物分類學 中,域 (英語:domain、empire 、拉丁語 :regio )或總界 (superkingdom )是美國生物學家卡爾·沃斯 1990年设计的三域系統 中最高的分類單元 ,該系統中,生命之樹 ( 英语 : Tree of life (biology) ) 包含細菌 、古菌 與真核生物 等三個域,其中前兩者為原核生物 ,不具有細胞核 ;後者則具有細胞核和内膜系统 包裹的细胞器 [ 參 1] 。
基於16S 核糖體RNA 序列的系統發生樹 ,顯示了可明顯區別的三支:細菌、古菌和真核生物 古菌屬於單細胞 原核生物 ,外形類似細菌 ,但部分分子序列與代謝 途徑與真核生物 較相近,其細胞膜 為醚酯 ( 英语 : Ether lipid ) 所組成,不同於另兩域生物細胞膜主要成分為酯類 [ 參 2] 。早期發現的古菌多為嗜極生物 ,後來漸發現古菌普遍存在各種環境中[ 參 3] 。
細菌也屬於單細胞原核生物,其細胞膜為酯類組成,廣泛分布於不同環境中,外形、營養方式與生長環境都有很高的多樣性。細菌的大小一般為0.5-5微米,少數特例如纳米比亚嗜硫珠菌 [ 參 4] 與費氏刺骨魚菌 ( 英语 : Epulopiscium fishelsoni ) 可大至0.5毫米而能以肉眼觀察[ 參 5] ,而小型者如黴漿菌 僅有約0.3微米,與大型的病毒 大小相仿[ 參 6] ,甚至還有更小的超微細菌 ( 英语 : Ultramicrobacteria ) [ 參 7] 。
真核生物具有細胞核 以及多種膜結構組成的內膜系統 ,包括動物 、植物 、真菌 等[ 參 8] 。2005年,國際原生生物學家協會 ( 英语 : International Society of Protistologists ) 將真核生物分為六个超类群(supergroups),包括後鞭毛生物 、古蟲界 、變形蟲界 、囊泡藻界 、有孔蟲界 與原始色素體生物 [ 參 9] [ 參 10] ,但隨即有學者質疑囊泡藻界並非單系群 ,並有後續研究將其拆分[ 參 11] [ 參 12] 。近年來持續有許多真核生物的分類理論被提出[ 參 13] [ 參 14] 。
2002年,英國生物學家湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯 提出了新壁總域 的概念,即古菌與真核生物共同組成一演化支,為細菌中放線菌門 的姊妹群 [ 參 15] 。後續分子種系發生學的研究亦支持古菌與真核生物的親緣關係較與細菌的親緣關係近[ 參 16] 。
三域系統 (上)與泉古菌假说 ( 英语 : Eocyte hypothesis ) (下)除了三域系統 外,其他較常用的分類系統還包括:
參:
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