古菌 （拉丁語 ：Archaea ，来自古希臘語 ：ἀρχαῖα ，意为“古代的东西” ）又稱古核生物 [ 4] 古細菌 [ 5] 古生菌 、太古生物 ，是单细胞 微生物 ，构成生物分类的一个域 ，或一个界 。这些微生物1970年前的分類属于原核生物 ，它們與细菌 有很多相似之處，即它们没有细胞核 与任何其他膜狀胞器，同時另一些特徵相似於真核生物 ，比如存在重复序列与核小体 。
过去曾经将古菌和细菌一同归为原核生物 ，并将其命名为“古细菌”，但这种分类方式已过时[ 6] 生化 差异，所以现在将其列为三域系统 中的一个域。在这个系统中，古菌、细菌与真核生物各为一个域，并进一步划分为界 与门 。到目前为止，古菌已被划分为公认的四个门，随着进一步研究，还可能建立更多的门类。在这些类群中，研究最深入的是泉古菌门 与广古菌门 。但对古菌进行分类仍然是困难的，因为绝大多数的古菌都无法在实验室中纯化培养，只能通过环境宏基因组检测来分析。
古菌和细菌的大小和形状非常相似，但少数古菌有不寻常的形状，如嗜鹽古菌窩氏鹽方扁平古菌 （ 英语 ： Haloquadratum walsbyi ） [ 7] [ 8] 代谢途径 （如转录 和转译 ）有关酶 的相似性上。古菌还有一些性状是独一无二的，比如由依赖醚键构成的细胞膜 。与真核生物相比，古菌有更多的能量来源，从熟悉的有机物糖类 到氨 到金属离子 直到氢气 。嗜盐菌 （ 英语 ： Halophile ） 嗜滷鹽菌 （ 英语 ： Haloarchaea ） 固碳反應 ；没有一种古菌能像蓝藻 与植物 进行光合作用 。古菌通过分裂 、出芽 、断裂 来进行无性生殖 ，但没有发现能产生孢子 的种类。
一开始，古菌被认为都是一些生活在温泉 、盐湖 之类极端环境的嗜极生物 ，但近来发现它们的栖息地 其实十分广泛，从土壤 、海洋 、到河流湿地 。它们也被发现在人类的大肠 、口腔、与皮肤 [ 9] 浮游生物 中的古菌可能是这个星球上数量最大的生物群体。现在，古菌被认为是地球生命的一个重要组成部分，在碳循环 和氮循环 中可能扮演重要的角色。目前没有已知的作为病原体 或寄生虫 的古菌，他们往往是偏利共生 或互利共生 。一个例子是产甲烷菌 ，生活在人和反刍 动物的肠道中帮助消化，产甲烷菌 还被用于沼气 生产和污水处理 。嗜极生物古菌中的酶能承受高温和有机溶剂 ，常被生物技术 所利用。
古菌最早是在一些极端环境，如火山温泉 中发现的。图为黄石国家公园 的大棱镜温泉 。 在20世纪的大部分时间里，原核生物因其生化 、形态 和代谢 上的一致性被视为分类上的单组生物。在这一时期，微生物学家试图根据其形状、细胞壁 结构以及所消耗的物质来对微生物进行分类[ 10] [ 11] 基因 序列来搞清这些生物是如何相关联的。这种方法称为系统发育 ，是今天生物分类所使用的主要方法。
古菌賦予溫泉（例如牽牛花溫泉）顏色。 「古细菌」这个概念第一次出现是在1977年，由卡尔·乌斯 和乔治·福克斯 提出的，原因是它們在16S 核糖体RNA 的系統發生樹 上和其牠原核生物的區別[ 12] 界 或亞界 （当时乌斯与福克斯更倾向于用「总界」一词）。后来乌斯 認為它們是兩支根本不同的生物，於是在1990年重新命名其為古菌和細菌[ 1] 域 这一新建立的分类阶元 ，一起構成了生物的三域系統 。
起初只有一些产甲烷菌 属于这个新域，这些古菌以一些极端环境为栖息地，比如温泉 和盐湖 。到20世纪末，微生物学家意识到古菌是一个庞大而多元化的群体，不只局限于极端环境，而是广泛存在于自然界中，如土壤和海洋里[ 13] 聚合酶链式反应 （PCR）被大量用于探测采样土壤或水中的原核生物 的核酸 ，古菌的重要性和独特性得到新的重视。PCR方法可以不经细菌培养 （ 英语 ： microbiological culture ） [ 14] [ 15]
ARMAN （ 英语 ： archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms ） 廷托河 的矿渣酸性废水 （ 英语 ： acid mine drainage ） 古菌和原核生物的分类一般是一个快速发展并充满争议的领域。现行的分类体系旨在将古菌组织成具有共同结构特征和共同祖先的生物群[ 16] 核糖体RNA 基因序列来揭示生物之间的关系（分子系统发生学 ）[ 17] 门 ：泉古菌门 和廣古菌门 。其它的门类还在初步创立阶段，比如2002年由卡尔·施泰特尔 發現的奇特的物種骑行纳古菌 （ 英语 ： Nanoarchaeum equitans ） 納古菌门 [ 18] 初古菌门 包括一小群不寻常的嗜热品种，但这个门与泉古菌门演化关系密切[ 19] [ 20] ARMAN （ 英语 ： Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms ） [ 21] [ 22] ARMAN （ 英语 ： Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms ） [ 22]
一个超门（superphylum）分类-TACK（又稱變形古菌界 ），已经被提出，包括奇古菌门 （ 英语 ： Thaumarchaeota ） 曙古菌門 （ 英语 ： Aigarchaeota ） 泉古菌門 和初古菌門 [ 23] 阿斯加德古菌超门 被命名，并被提议与真核生物的起源和一个TACK姊妹组织更紧密相关[ 24]
在細胞 結構和代謝 上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因轉錄 和轉译 這兩個分子生物學 的中心過程上，它們並不明顯表現出細菌的特徵，反而非常接近真核生物 。比如，古菌的轉译 使用真核生物 的啓動和延伸因子，且轉譯過程需要真核生物中的TATA框結合蛋白和TFIIB。许多这些特征也被讨论如下。
古菌還具有一些其它特徵。與大多數細菌不同，它們只有一層細胞膜 而缺少肽聚糖 細胞壁。而且，絕大多數細菌和真核生物的細胞膜中的脂類 主要由甘油酯 組成，而古菌的膜脂由甘油醚 構成。這些區別也許是對超高溫環境 的適應。古菌鞭毛 的成分和形成過程也與細菌不同。
基於rRNA 序列的系統發生樹 ，顯示了可明顯區別的三支：細菌、古菌和真核生物 古菌和真核生物的關係仍然是個重要問題。除掉上面所提到的相似性，很多其他遺傳樹也將二者併在一起。在一些樹中真核生物離廣古菌比離泉古菌更近，但生物膜化學的結論相反。然而，在一些細菌，（如棲熱袍菌 ）中發現了和古菌類似的基因，使這些關係變得複雜起來。一些人認爲真核生物起源於一個古菌和細菌的融合，二者分別成爲細胞核和細胞質。這解釋了很多基因上的相似性，但在解釋細胞結構上存在困難。
原核细胞的大小，相对于其他细胞和生物分子（对数刻度 ） 單個古菌細胞直徑在0.1到15微米之間，有一些種類形成細胞團簇或者纖維，長度可達200微米。它們可有各種形狀，一般是球形、桿形、螺旋形、葉狀或方形。这些不寻常的形状可能是由它们的细胞壁和原核生物细胞骨架 两者维持的。其他生物的细胞骨架成分蛋白在古菌内存在[ 32] [ 33] [ 34]
古菌和细菌的细胞结构大体类似。古菌和细菌一样没有内膜系统和细胞器[ 35] 鞭毛 结构[ 36]
古菌膜由从那些在其它生命形式的强烈不同的分子组成，显示出古菌与细菌和真核生物关系都比较遥远。
大部分古菌种类（非Thermoplasma属和Ferroplasma属）都有细胞壁。[ 37] S层 。一个S层 是蛋白质分子的刚性阵列覆盖了细胞的外侧（如同鎖子甲 ）。[ 38] 大分子 接触细胞膜。[ 39] 肽聚糖 。[ 40]
古菌鞭毛操作类似细菌鞭毛，它们的长梗是由在座部的旋转马达驱动。然而，古菌鞭毛在组成和发育上有着明显的不同。[ 36] III型分泌系统 共享一个共同的祖先，[ 41] [ 42] 性菌毛 进化而来。[ 43] [ 44]
古菌通常拥有单个环状的染色体 [ 45] Methanosarcina acetivorans （ 英语 ： Methanosarcina acetivorans ） 碱基对 [ 46] 里奇蒙德矿井嗜酸纳米古生物 （ 英语 ： Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms ） 骑行纳古菌 （ 英语 ： Nanoarchaeum equitans ） [ 47] 质粒 也存在于古菌中，可能通过细胞之间的直接接触传递，其过程可能与细菌之间的接合 类似[ 48] [ 49]
DNA病毒STSV1感染的硫化叶菌 [ 50] 微米 古菌可被双链DNA病毒 感染，这些双链DNA病毒形态各异，包括瓶状、杆状、雨滴状等[ 51] 硫化叶菌目 热变形菌目 的古菌中[ 52] 嗜盐菌多形病毒 （ 英语 ： Pleolipoviridae ） [ 53] 圈形病毒 （ 英语 ： Spiraviridae ） 嗜超热菌 （这些古菌生长在90到95°C的温度下）[ 54] DNA 基因组。古菌可以利用针对病毒基因的RNA干扰 和DNA重复 影响病毒在寄主内的繁殖。[ 55] [ 56]
古菌在基因上与细菌真核生物有许多不同，大约有15%古菌基因是古菌中独有的。这些古菌独有蛋白质的功能大部分还未知[ 57] 转录 、翻译 和核苷酸代谢 。古菌基因组别的特点还有基因的组织常与功能相关（如催化相同代谢途径 的酶会组成一个独有的操纵子 ），以及不同的tRNA 基因之间差异很大，其氨酰-tRNA合成酶 之间也是如此[ 58]
较之细菌的转录与翻译，古菌中的这些过程更接近于真核生物，特别是古菌中的RNA聚合酶 与核糖体 ，可以说非常接近于真核生物中的对应物[ 45] RNA聚合酶Ⅱ 非常相似，且其结合到基因启动子 上所需的蛋白质组件（通用转录因子 ）也非常相似[ 59] 转录因子 却与细菌中的相似[ 60] 转录后修饰 也比真核生物中的简单（大部分古菌基因缺少内含子 ，其内含子主要集中在tRNA 和rRNA 基因中[ 61] [ 62] [ 63]
目前已有一百五十余个古菌基因組已經完成了測序 ，另外许多測序工作正在進行中。[ 64]
沃氏富盐菌 一种极端嗜盐古菌，可在两个细胞的细胞质之间形成桥梁，可能用于DNA的任意方向的转移[ 65]
当嗜热的古菌硫化叶菌 （ 英语 ： Sulfolobus solfataricus ） [ 66] 嗜酸热硫化叶菌 （ 英语 ： Sulfolobus acidocaldarius ） [ 67] 紫外线 、博来霉素 和丝裂霉素 的暴露下，不同种类的古菌会出现不同的变化。硫化叶菌的基因变化 不会因为其他物理突变源，如酸碱值 和温度 ，[ 66] [ 67] 染色体 在硫化叶菌之间交换。重组的几率级别比没有经过紫外线照射的古菌多出三级。[ 66] [ 67] [ 68] 硫化叶菌 为了维修它们自己损坏的DNA而与有类似基因的硫化叶菌交换质粒。这反应可能是原始的性交流，这与被经常研究的细菌 固定的DNA交换以维修受损DNA类似。[ 69]
古菌利用二分裂 、分裂 和出芽 进行无性繁殖；古菌不会进行减数分裂 ，所以拥有同样的基因 的一个种 的古菌可能拥有不同的形态[ 70] 细胞分裂 被它们的细胞周期 所控制；在细胞的染色体 复制并分离后，细胞开始一分为二[ 71] 硫化叶菌 的复制周期被阐明，但是这样的细胞周期大体上类似于在细菌 和真核生物 的周期。和真核生物一样，古菌的染色体也可以在多个位点（复制起点 ）开始用DNA聚合酶 复制[ 72] FtsZ ，制造逐渐缩小的“Z环”以帮助细胞质 分裂）和分离两个子细胞的隔膜 部分，这些与细菌的二分裂相似[ 71]
但与细菌、真核生物不同，目前未发现有古菌进行孢子 生殖[ 73] 盐杆菌纲 的种类可以进行表型转换 （ 英语 ： Phenotypic switching ） 渗透压休克 （ 英语 ： Osmotic shock ） 细胞壁 ，这使嗜卤盐菌可以在盐度低的水中存活。这些古菌特征不是生殖结构，但是它们可以帮助古菌在新的环境下生存[ 74]
古菌可以在各种各样的栖息地 中出现并且是全球生态 重要的一部分[ 13] 生物量 。[ 75] 極端環境 （ 英语 ： extreme environment ） 嗜极生物 。[ 76] 間歇泉 、石油井或者海底深海熱泉 中。還有的生存在很冷的環境或者高鹽、強酸或強鹼性的水中。然而也有些古菌是嗜中性 的，能夠在沼澤 、廢水 、海洋 和土壤 中被發現。[ 13] 甲烷 的古菌生存在動物的消化道中，如反芻動物 、白蟻 或者人類。古菌通常對其它生物無害，且未知有致病古菌。
海洋中浮游生物 （淺綠色）的圖，古菌是海洋浮游生物中重要的一部份 極端環境下的古菌主要可以分為四種生理 群：嗜鹽生物 （ 英语 ： halophile ） 嗜熱生物 、嗜鹼生物 （ 英语 ： alkaliphile ） 嗜酸生物 [ 77]
嗜鹽類的古菌，生活在高含鹽量的環境中，例如鹽湖 ，鹽度比嗜鹽細菌可以生活的20-25%要高[ 76] 超嗜熱古菌 在溫度超過80 °C（176 °F）時生長的最好[ 78] [ 79]
有些古菌可以生長在極酸性或極鹼性的環境中[ 77] M 硫酸 [ 80]
古菌可以抵抗極端環境的能力也讓科學家推測外星生命 具有的可能的特質[ 81] 火星 的環境有些相近。[ 82] 隕石 上，在各行星 之間移動[ 83]
近來許多研究發現古菌不只可在高溫及中溫的環境下生存，也可以在極低溫的環境下生存，例如在極地的海洋中就有許多的古菌[ 84] 浮游生物 中的微微型浮游生物[ 85] 純培養 （ 英语 ： pure culture ） [ 86] 生物地球化学 循環的影響大部份都還不清楚。[ 87] 硝化作用 ，因此推測對海洋的氮循环 應該有影響[ 88] [ 89] 海床 上的沉積物 中可以找到大量的古菌，這也是在海底深度超過一米的區域中，在數量上佔大多數的生物體[ 90]
古菌参与了地球上碳 、氮 、硫 的循环。虽说这些细胞活动对生态系统 来说是十分重要的，但是古菌也可能制造与人为变化类似的环境影响，甚至可能造成环境污染 。
古菌也可以进行大部分氮循环 中的化学反应。有一些古菌可以从一个生态系统 中移除有机氮，这些化学反应 包括一些硝酸盐代谢和反硝化反应 ；其它古菌可以把氮气 加入生态形成有机氮，这些反应包括氮吸收和固氮作用 。[ 91] [ 92] 氨 的氧化。这些反应在海洋 里是特别重要的。[ 93] [ 94] 土壤 里面的氨氧化。这些古菌会制造硝酸盐 ，而其它微生物 则进一步氧化硝酸盐。最后，植物和其它生物会吸收并利用氧化的硝酸盐。[ 95]
在硫循环 中，利用硫化物 氧化代谢的古菌可以把硫 从岩石中释放出来，并提供给其它生物。但是这些古菌，例如硫化叶菌 ，会利用硫代谢并最终产出硫酸 ，所以这种古菌在废弃的矿场 中的生长会导致矿渣酸性废水 （ 英语 ： acid mine drainage ） [ 96]
在碳循环 中，制造甲烷的古菌可以移除多余的氢 并且在有机化合物 的缺氧分解中扮演着分解者 的角色。这些古菌可以在沉积物 和沼泽 等缺氧环境中生活，它们也可以被用于污水处理 [ 97]
产甲烷菌是大气甲烷 的主要来源，它们每年释放的甲烷占了世界上大部分的甲烷排放。[ 98] 温室气体 排放和全球变暖 。
全球甲烷数值于前工业化时期的722PPB（10亿吨大气内有722吨甲烷）增加到2011年的1800PPB，这期间甲烷数值上升到了之前的2.5倍，2011年是在80万年内全球甲烷数值最高的一年。[ 99] 全球变暖潜能值 是29，这说明了甲烷可以在100年内吸收比二氧化碳 多29倍的热量。[ 100]
制造甲烷 的古菌与白蚁 拥有互利共生 关系 古菌与其它生物之间的关系主要都是互利共生 或者偏利共生 。至今还没有发现古菌是任何其它生物的病原体 或寄生虫 。[ 101] [ 102] 牙周疾病 有关。[ 103] [ 104] 骑行纳古菌 （ 英语 ： Nanoarchaeum equitans ） Nanoarchaeum equitans 可能是泉古菌 適宜火球古菌 （ 英语 ： Ignicoccus hospitalis ） [ 105] 寄主 没有任何好处。[ 106] 里奇蒙德矿井嗜酸纳米古生物 （ 英语 ： Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms ） 生物薄膜 的其它古菌偶尔接触。[ 107] 纳古菌门 燃球菌属 （ 英语 ： Ignicoccus ） 嗜酸热菌 （ 英语 ： Thermoplasmatales ）
所有反刍动物 和白蚁 的消化道 中有其中一种在产甲烷菌 和原生动物 之间的互利共生 ，它们帮助寄主 消化纤维素 。[ 108] 氢气 。大量的氢气会影响原生动物获得能量的效率。当产甲烷菌把氢气经过化学反应 变成甲烷后，原生动物会因为能获得更多能量而获益。[ 109]
一些古菌生活在厌氧 原生动物里面并利用寄主造氢体 （ 英语 ： hydrogenosome ） 纤毛虫 Plagiopyla frontata （ 英语 ： Plagiopyla frontata ） [ 110] [ 111] Cenarchaeum symbiosum （ 英语 ： Cenarchaeum symbiosum ） 海绵 Axinella mexicana （ 英语 ： Axinella mexicana ） [ 112]
古菌也可以是偏利共生 中的获益者，同时寄主既没有获益也没有受害。例如史密斯甲烷菌 （ 英语 ： Methanobrevibacter smithii ） 人体正常肠道菌群 中最常见的古菌，这种古菌占了肠道 中原核生物 的十分之一[ 113] 白蚁 和人体 内，这些产甲烷菌甚至可能是有益的，这些古菌会与其它菌群互相影响并协助消化[ 114] 生物 表面或附近生活，例如在珊瑚 的表面[ 115] 根冠 的根际 。[ 116] [ 117]
一些耐热或耐酸碱的嗜极古菌 可以作为一些在极端环境下活跃的酶 的来源。[ 118] [ 119] DNA聚合酶 ，例如从焦酚火球菌 （ 英语 ： Pyrococcus furiosus ） 火球菌DNA聚合酶 （ 英语 ： Pfu DNA polymerase ） 聚合酶链式反应 时简单并快速地复制DNA，这彻底改变了对分子生物学 地研究。在工业中，来自其它焦酚菌 （ 英语 ： Pyrococcus ） 淀粉酶 、半乳糖苷酶 （ 英语 ： galactosidases ） 普鲁兰酶 （ 英语 ： pullulanase ） 食品加工 可以在高温下进行，这些酶可以被用来加工低乳糖 牛奶和乳清 。[ 120] 有机溶剂 内仍然保持稳定，这些酶可以在保持环保的前提下用来合成有机化合物。[ 119] 结构生物学 中研究。这就是为什么与细菌和真核生物对应的嗜极古菌生产的酶经常被用于分子结构的研究。[ 121]
相較於酵素領域的應用，古菌本身在生物科技上的應用就比較少了。產甲烷的古菌是進行厭氧消化 ，產生生物氣體 的微生物 群體的一部份，是污水處理 中重要的一環[ 122] 礦石處理 中，嗜酸古菌可以用來從礦物 中萃取包括金 、鈷 及銅 等金屬[ 123]
古菌也是一些潛在有效抗細菌藥 的來源，已經分析了其中幾種的古菌素 ，一般認為有幾百種，特別是由嗜鹽细菌 及硫化葉菌 所產生的。這些古菌素的結構和從細菌產生的抗細菌藥不同，所以可能有新的作用方式。此外它們可以創建新的选择标记 （ 英语 ： selectable marker ） [ 124]
“Miscellaneous Crenarchaeota Group” (MCG)古菌是迄今为止发现分布最为广泛的一类未培养古菌，不仅分布广泛，而且数量庞大，被认为是海 底深部生物圈 中最丰富，并且最活跃的类群之一，很可能在全球物质 和能量 循环过程中发挥了重要的作用。然而到目前为止，尚未获得此类古菌的纯培养，其生理和功能特征以及在环境中发挥的作用都不得而知，并且其分类地位也不明确，暂时归类于泉古菌门 。研究者们发现MCG古菌 在深部生物圈沉积物中广泛并大量存在，代表了一类自然界较古老的古菌，在系统发育上处于一个深的分支，显著不同于目前分类已确定的所有古菌门 类，包括新近确立的奇古菌门 和曙古菌门 。因此，提议将MCG古菌归类于一个全新的门类，命名为深古菌門（Bathyarchaeota）。是古菌和生命起源 和演化 研究的重要进展之一，也将为本领域的科学 研究起到积极推动作用。
本域包括以下门：[ 125]
^1.0 1.1 Woese, C R; Kandler, O; Wheelis, M L.Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. . Proceedings of the National Academy of Sciences. 1990-06,87 (12) [2022-10-13 ] .Bibcode:1990PNAS...87.4576W ISSN 0027-8424 PMC 54159 PMID 2112744 doi:10.1073/pnas.87.12.4576 存档 于2023-09-16）（英语） . ^ Petitjean, Céline; Deschamps, Philippe; López-García, Purificación; Moreira, David.Rooting the Domain Archaea by Phylogenomic Analysis Supports the Foundation of the New Kingdom Proteoarchaeota . Genome Biology and Evolution. 2015-01,7 (1) [2022-10-13 ] .ISSN 1759-6653 PMC 4316627 PMID 25527841 doi:10.1093/gbe/evu274 存档 于2022-10-13）（英语） . ^ NCBI taxonomy page on Archaea . [2017-04-27 ] . （原始内容存档 于2020-12-01）. ^ 存档副本 . [2023-07-24 ] . （原始内容存档 于2023-07-24）. ^ 存档副本 . [2023-07-24 ] . （原始内容存档 于2023-07-24）. ^ Pace, Norman R.Time for a change . Nature. 2006-05,441 (7091) [2022-10-13 ] .Bibcode:2006Natur.441..289P ISSN 0028-0836 PMID 16710401 doi:10.1038/441289a 存档 于2019-04-11）（英语） . ^ 鹽方扁平古菌：生活在鹽田裡的天然小方塊光電板 . PanSci 泛科學. [2022-10-13 ] . （原始内容存档 于2022-10-17）（中文（臺灣）） . ^ Stoeckenius, W.Walsby's square bacterium: fine structure of an orthogonal procaryote . Journal of Bacteriology. 1981-10,148 (1) [2022-10-13 ] .ISSN 0021-9193 PMC 216199 PMID 7287626 doi:10.1128/jb.148.1.352-360.1981 存档 于2022-10-17）（英语） . ^ Bang, Corinna; Schmitz, Ruth A. Narberhaus, Franz , 编.Archaea associated with human surfaces: not to be underestimated . FEMS Microbiology Reviews. 2015-09,39 (5) [2022-10-13 ] .ISSN 1574-6976 PMID 2590711 doi:10.1093/femsre/fuv010 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Staley, James T.The bacterial species dilemma and the genomic–phylogenetic species concept . Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 2006-11-29,361 (1475) [2022-10-13 ] .ISSN 0962-8436 PMC 1857736 PMID 17062409 doi:10.1098/rstb.2006.1914 存档 于2022-09-30）（英语） . ^ Zuckerkandl, Emile; Pauling, Linus.Molecules as documents of evolutionary history . Journal of Theoretical Biology. 1965-03-01,8 (2) [2022-10-13 ] .ISSN 0022-5193 PMID 5876245 doi:10.1016/0022-5193(65)90083-4 存档 于2018-12-08）（英语） . ^ Woese, Carl R.; Fox, George E.Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms . Proceedings of the National Academy of Sciences. 1977-11,74 (11) [2022-10-13 ] .Bibcode:1977PNAS...74.5088W ISSN 0027-8424 doi:10.1073/pnas.74.11.5088 存档 于2022-10-13）（英语） . ^13.0 13.1 13.2 DeLong, Edward F.Everything in moderation: Archaea as ‘non-extremophiles’ . Current Opinion in Genetics & Development. 1998-12-01,8 (6).ISSN 0959-437X PMID 9914204 doi:10.1016/S0959-437X(98)80032-4 （英语） . ^ Theron, J.; Cloete, T. E.Molecular Techniques for Determining Microbial Diversity and Community Structure in Natural Environments . Critical Reviews in Microbiology. 2000-01,26 (1).ISSN 1040-841X PMID 10782339 doi:10.1080/10408410091154174 （英语） . ^ Schmidt, Thomas M.The maturing of microbial ecology . International Microbiology: The Official Journal of the Spanish Society for Microbiology. 2006-09,9 (3) [2022-10-13 ] .ISSN 1139-6709 PMID 17061212 存档 于2022-10-14）. ^ Gevers, Dirk; Dawyndt, Peter; Vandamme, Peter; Willems, Anne; Vancanneyt, Marc; Swings, Jean; De Vos, Paul.Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy . Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 2006-11-29,361 (1475) [2022-10-13 ] .ISSN 0962-8436 PMC 1764938 PMID 17062410 doi:10.1098/rstb.2006.1915 存档 于2022-10-17）. ^ Robertson, Charles E; Harris, J Kirk; Spear, John R; Pace, Norman R.Phylogenetic diversity and ecology of environmental Archaea . Current Opinion in Microbiology. Growth development / edited by John N Reeve and Ruth A Schmitz. 2005-12-01,8 (6).ISSN 1369-5274 PMID 16236543 doi:10.1016/j.mib.2005.10.003 （英语） . ^ Huber, Harald; Hohn, Michael J.; Rachel, Reinhard; Fuchs, Tanja; Wimmer, Verena C.; Stetter, Karl O.A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont . Nature. 2002-05-02,417 (6884) [2022-10-13 ] .Bibcode:2002Natur.417...63H ISSN 0028-0836 PMID 11986665 doi:10.1038/417063a 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Barns, S M; Delwiche, C F; Palmer, J D; Pace, N R.Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences. . Proceedings of the National Academy of Sciences. 1996-08-20,93 (17).Bibcode:1996PNAS...93.9188B ISSN 0027-8424 PMC 38617 PMID 8799176 doi:10.1073/pnas.93.17.9188 （英语） . ^ Elkins, James G.; Podar, Mircea; Graham, David E.; Makarova, Kira S.; Wolf, Yuri; Randau, Lennart; Hedlund, Brian P.; Brochier-Armanet, Céline; Kunin, Victor; Anderson, Iain; Lapidus, Alla.A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2008-06-10,105 (23) [2022-10-13 ] .Bibcode:2008PNAS..105.8102E ISSN 0027-8424 PMC 2430366 PMID 18535141 doi:10.1073/pnas.0801980105 存档 于2022-11-08）（英语） . ^ Baker, Brett J.; Tyson, Gene W.; Webb, Richard I.; Flanagan, Judith; Hugenholtz, Philip; Allen, Eric E.; Banfield, Jillian F.Lineages of Acidophilic Archaea Revealed by Community Genomic Analysis . Science. 2006-12-22,314 (5807) [2022-10-13 ] .Bibcode:2006Sci...314.1933B ISSN 0036-8075 PMID 17185602 doi:10.1126/science.1132690 存档 于2022-10-14）（英语） . ^22.0 22.1 Baker BJ; Comolli LR; Dick GJ; et al.Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May 2010,107 (19): 8806–11.Bibcode:2010PNAS..107.8806B PMC 2889320 PMID 20421484 doi:10.1073/pnas.0914470107 ^ Guy, Lionel; Ettema, Thijs J. G.The archaeal ‘TACK’ superphylum and the origin of eukaryotes . Trends in Microbiology. 2011-12-01,19 (12) [2022-10-13 ] .ISSN 0966-842X PMID 22018741 doi:10.1016/j.tim.2011.09.002 存档 于2013-10-16）（英语） . ^ Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Caceres, Eva F.; Saw, Jimmy H.; Bäckström, Disa; Juzokaite, Lina; Vancaester, Emmelien; Seitz, Kiley W.; Anantharaman, Karthik; Starnawski, Piotr; Kjeldsen, Kasper U.; Stott, Matthew B.Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity . Nature. 2017-01-19,541 (7637) [2022-10-13 ] .ISSN 0028-0836 doi:10.1038/nature21031 存档 于2022-12-03）（英语） . ^ Talbert, Paul B.; Henikoff, Steven.Histone variants — ancient wrap artists of the epigenome . Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2010-04,11 (4) [2022-10-13 ] .ISSN 1471-0080 doi:10.1038/nrm2861 存档 于2022-10-17）（英语） . ^ Sandman, Kathleen; Reeve, John N.Archaeal histones and the origin of the histone fold . Current Opinion in Microbiology. Antimicrobials/Genomics. 2006-10-01,9 (5).ISSN 1369-5274 doi:10.1016/j.mib.2006.08.003 （英语） . ^27.0 27.1 27.2 Zillig, Wolfram.Comparative biochemistry of Archaea and Bacteria . Current Opinion in Genetics & Development. 1991-12-01,1 (4) [2022-10-13 ] .ISSN 0959-437X doi:10.1016/S0959-437X(05)80206-0 存档 于2020-07-01）（英语） . ^ Bell, Stephen D; Jackson, Stephen P.Mechanism and regulation of transcription in archaea . Current Opinion in Microbiology. 2001-04-01,4 (2).ISSN 1369-5274 PMID 11282478 doi:10.1016/S1369-5274(00)00190-9 （英语） . ^ Reeve, John N.Archaeal chromatin and transcription . Molecular Microbiology. 2003-05,48 (3) [2022-10-13 ] .ISSN 0950-382X PMID 12694606 doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03439.x 存档 于2022-10-01）. ^ Kelman, Lori M.; Kelman, Zvi.Archaea: an archetype for replication initiation studies? . Molecular Microbiology. 2003-05,48 (3) [2022-10-13 ] .ISSN 0950-382X PMID 12694608 doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03369.x 存档 于2022-10-18）. ^ Phillips, Gabriela; Chikwana, Vimbai M.; Maxwell, Adrienne; El-Yacoubi, Basma; Swairjo, Manal A.; Iwata-Reuyl, Dirk; Crécy-Lagard, Valérie de.Discovery and Characterization of an Amidinotransferase Involved in the Modification of Archaeal tRNA *♦ . Journal of Biological Chemistry. 2010-04-23,285 (17).ISSN 0021-9258 PMC 2857094 PMID 20129918 doi:10.1074/jbc.M110.102236 （英语） . ^ Hara, Futoshi; Yamashiro, Kan; Nemoto, Naoki; Ohta, Yoshinori; Yokobori, Shin-ichi; Yasunaga, Takuo; Hisanaga, Shin-ichi; Yamagishi, Akihiko.An Actin Homolog of the Archaeon Thermoplasma acidophilum That Retains the Ancient Characteristics of Eukaryotic Actin . Journal of Bacteriology. 2007-03,189 (5) [2022-10-13 ] .ISSN 0021-9193 PMC 1855749 PMID 17189356 doi:10.1128/JB.01454-06 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Trent, Jonathan D.; Kagawa, Hiromi K.; Yaoi, Takuro; Olle, Eric; Zaluzec, Nestor J.Chaperonin filaments: The archaeal cytoskeleton? . Proceedings of the National Academy of Sciences. 1997-05-13,94 (10) [2022-10-13 ] .Bibcode:1997PNAS...94.5383T ISSN 0027-8424 PMC 24687 PMID 9144246 doi:10.1073/pnas.94.10.5383 存档 于2022-10-16）（英语） . ^ Hixon, William G.; Searcy, Dennis G.Cytoskeleton in the archaebacterium Thermoplasma acidophilum? Viscosity increase in soluble extracts . Biosystems. 1993-01-01,29 (2).ISSN 0303-2647 PMID 8374067 doi:10.1016/0303-2647(93)90091-P （英语） . ^ Woese, C R.There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself . Microbiological Reviews. 1994-03,58 (1) [2022-10-13 ] .ISSN 0146-0749 PMC 372949 PMID 8177167 doi:10.1128/mr.58.1.1-9.1994 存档 于2022-10-18）（英语） . ^36.0 36.1 Thomas, Nikhil A.; Bardy, Sonia L.; Jarrell, Ken F.The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure . FEMS Microbiology Reviews. 2001-04,25 (2) [2022-10-13 ] .ISSN 1574-6976 PMID 11250034 doi:10.1111/j.1574-6976.2001.tb00575.x 存档 于2022-11-21）（英语） . ^ Golyshina, O V; Pivovarova, T A; Karavaiko, G I; Kondratéva, T F; Moore, E R; Abraham, W R; Lünsdorf, H; Timmis, K N; Yakimov, M M; Golyshin, P N.Ferroplasma acidiphilum gen. nov., sp. nov., an acidophilic, autotrophic, ferrous-iron-oxidizing, cell-wall-lacking, mesophilic member of the Ferroplasmaceae fam. nov., comprising a distinct lineage of the Archaea. . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2000-05-01,50 (3) [2022-10-13 ] .ISSN 1466-5026 PMID 10843038 doi:10.1099/00207713-50-3-997 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Engelhardt, Harald; Peters, Jürgen.Structural Research on Surface Layers: A Focus on Stability, Surface Layer Homology Domains, and Surface Layer–Cell Wall Interactions . Journal of Structural Biology. 1998-12-15,124 (2) [2022-10-13 ] .ISSN 1047-8477 PMID 10049812 doi:10.1006/jsbi.1998.4070 存档 于2020-10-02）（英语） . ^ Kandler, O.; König, H.Cell wall polymers in Archaea (Archaebacteria) . Cellular and Molecular Life Sciences CMLS. 1998-04,54 (4).ISSN 1420-682X doi:10.1007/s000180050156 （英语） . ^ Howland, John L.The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life . Oxford: Oxford University Press. 2000:32 .ISBN 0-19-511183-4 ^ Gophna, Uri; Ron, Eliora Z.; Graur, Dan.Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events . Gene. 2003-07-17,312 [2022-10-13 ] .ISSN 0378-1119 PMID 12909351 doi:10.1016/S0378-1119(03)00612-7 存档 于2018-11-06）（英语） . ^ Nguyen L, Paulsen IT, Tchieu J, Hueck CJ, Saier MH. Phylogenetic analyses of the constituents of Type III protein secretion systems. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. April 2000,2 (2): 125–44.PMID 10939240 ^ Ng, Sandy Y.M.; Chaban, Bonnie; Jarrell, Ken F.Archaeal Flagella, Bacterial Flagella and Type IV Pili: A Comparison of Genes and Posttranslational Modifications . Microbial Physiology. 2006,11 (3-5) [2022-10-13 ] .ISSN 2673-1665 PMID 16983194 doi:10.1159/000094053 存档 于2014-04-21）（英语） . ^ Bardy, Sonia L.; Ng, Sandy Y. M.; Jarrell, Ken F.Prokaryotic motility structures . Microbiology. 2003-02-01,149 (2) [2022-10-13 ] .ISSN 1350-0872 PMID 12624192 doi:10.1099/mic.0.25948-0 存档 于2022-10-15）（英语） . ^45.0 45.1 Allers, Thorsten; Mevarech, Moshe.Archaeal genetics — the third way . Nature Reviews Genetics. 2005-01,6 (1) [2022-10-14 ] .ISSN 1471-0056 PMID 15630422 doi:10.1038/nrg1504 存档 于2022-10-16）（英语） . ^ Galagan, James E.; Nusbaum, Chad; Roy, Alice; Endrizzi, Matthew G.; Macdonald, Pendexter; FitzHugh, Will; Calvo, Sarah; Engels, Reinhard; Smirnov, Serge; Atnoor, Deven; Brown, Adam.The Genome of M. acetivorans Reveals Extensive Metabolic and Physiological Diversity . Genome Research. 2002-04-01,12 (4).ISSN 1088-9051 PMC 187521 PMID 11932238 doi:10.1101/gr.223902 （英语） . ^ Waters, Elizabeth; Hohn, Michael J.; Ahel, Ivan; Graham, David E.; Adams, Mark D.; Barnstead, Mary; Beeson, Karen Y.; Bibbs, Lisa; Bolanos, Randall; Keller, Martin; Kretz, Keith.The genome of Nanoarchaeum equitans: Insights into early archaeal evolution and derived parasitism . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2003-10-28,100 (22) [2022-10-14 ] .Bibcode:2003PNAS..10012984W ISSN 0027-8424 PMC 240731 PMID 14566062 doi:10.1073/pnas.1735403100 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Schleper, C; Holz, I; Janekovic, D; Murphy, J; Zillig, W.A multicopy plasmid of the extremely thermophilic archaeon Sulfolobus effects its transfer to recipients by mating . Journal of Bacteriology. 1995-08,177 (15) [2022-10-14 ] .ISSN 0021-9193 PMC 177192 PMID 7635827 doi:10.1128/jb.177.15.4417-4426.1995 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Sota M; Top EM.Horizontal Gene Transfer Mediated by Plasmids . Plasmids: Current Research and Future Trends. Caister Academic Press. 2008 [2014-01-15 ] .ISBN 978-1-904455-35-6存档 于2008-04-11）. ^ Xiang, Xiaoyu; Chen, Lanming; Huang, Xiaoxing; Luo, Yuanmin; She, Qunxin; Huang, Li.Sulfolobus tengchongensis Spindle-Shaped Virus STSV1: Virus-Host Interactions and Genomic Features . Journal of Virology. 2005-07,79 (14).ISSN 0022-538X PMC 1168784 PMID 15994761 doi:10.1128/JVI.79.14.8677-8686.2005 （英语） . ^ Prangishvili, David; Forterre, Patrick; Garrett, Roger A.Viruses of the Archaea: a unifying view . Nature Reviews Microbiology. 2006-11-01,4 (11) [2022-10-14 ] .ISSN 1740-1526 PMID 17041631 doi:10.1038/nrmicro1527 存档 于2022-10-17）（英语） . ^ Prangishvili, D.; Garrett, R.A.Exceptionally diverse morphotypes and genomes of crenarchaeal hyperthermophilic viruses . Biochemical Society Transactions. 2004-04-01,32 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 0300-5127 PMID 15046572 doi:10.1042/bst0320204 存档 于2023-01-19）（英语） . ^ Pietilä MK, Roine E, Paulin L, Kalkkinen N, Bamford DH. An ssDNA virus infecting archaea; A new lineage of viruses with a membrane envelope. Mol. Microbiol. March 2009,72 (2): 307–19.PMID 19298373 doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06642.x ^ Mochizuki, Tomohiro; Krupovic, Mart; Pehau-Arnaudet, Gérard; Sako, Yoshihiko; Forterre, Patrick; Prangishvili, David.Archaeal virus with exceptional virion architecture and the largest single-stranded DNA genome . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2012-08-14,109 (33) [2022-10-14 ] .Bibcode:2012PNAS..10913386M ISSN 0027-8424 PMC 3421227 PMID 22826255 doi:10.1073/pnas.1203668109 存档 于2022-10-21）（英语） . ^ Mojica, Francisco J.M.; Díez-Villaseñor, Chc)sar; García-Martínez, Jesús; Soria, Elena.Intervening Sequences of Regularly Spaced Prokaryotic Repeats Derive from Foreign Genetic Elements . Journal of Molecular Evolution. 2005-02,60 (2).ISSN 0022-2844 PMID 15791728 doi:10.1007/s00239-004-0046-3 （英语） . ^ Makarova, Kira S; Grishin, Nick V; Shabalina, Svetlana A; Wolf, Yuri I; Koonin, Eugene V.A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action . Biology Direct. 2006-12,1 (1) [2022-10-14 ] .ISSN 1745-6150 PMC 1462988 PMID 16545108 doi:10.1186/1745-6150-1-7 存档 于2022-11-09）（英语） . ^ Graham, David E.; Overbeek, Ross; Olsen, Gary J.; Woese, Carl R.An archaeal genomic signature . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2000-03-28,97 (7) [2022-10-14 ] .Bibcode:2000PNAS...97.3304G ISSN 0027-8424 PMC 16234 PMID 10716711 doi:10.1073/pnas.97.7.3304 存档 于2022-10-14）（英语） . ^ Gaasterland, Terry.Archaeal genomics . Current Opinion in Microbiology. 1999-10-01,2 (5) [2022-10-14 ] .ISSN 1369-5274 PMID 10508726 doi:10.1016/S1369-5274(99)00014-4 存档 于2019-03-22）（英语） . ^ Werner, Finn.Structure and function of archaeal RNA polymerases . Molecular Microbiology. 2007-09,65 (6) [2022-10-14 ] .ISSN 0950-382X PMID 17697097 doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05876.x 存档 于2022-10-17）（英语） . ^ Aravind, L.DNA-binding proteins and evolution of transcription regulation in the archaea . Nucleic Acids Research. 1999-12-01,27 (23) [2022-10-14 ] .PMC 148756 PMID 10556324 doi:10.1093/nar/27.23.4658 存档 于2022-08-08）. ^ Lykke-Andersen J, Aagaard C, Semionenkov M, Garrett RA. Archaeal introns: splicing, intercellular mobility and evolution. Trends Biochem. Sci. September 1997,22 (9): 326–31.PMID 9301331 doi:10.1016/S0968-0004(97)01113-4 ^ Watanabe, Yoh-ichi; Yokobori, Shin-ichi; Inaba, Toshiro; Yamagishi, Akihiko; Oshima, Tairo; Kawarabayasi, Yutaka; Kikuchi, Hisasi; Kita, Kiyoshi.Introns in protein-coding genes in Archaea . FEBS Letters. 2002-01-02,510 (1-2).PMID 11755525 doi:10.1016/S0014-5793(01)03219-7 （英语） . ^ Yoshinari, Shigeo; Itoh, Takashi; Hallam, Steven J.; DeLong, Edward F.; Yokobori, Shin-ichi; Yamagishi, Akihiko; Oshima, Tairo; Kita, Kiyoshi; Watanabe, Yoh-ichi.Archaeal pre-mRNA splicing: A connection to hetero-oligomeric splicing endonuclease . Biochemical and Biophysical Research Communications. 2006-08-04,346 (3) [2022-10-14 ] .ISSN 0006-291X PMID 16781672 doi:10.1016/j.bbrc.2006.06.011 存档 于2019-03-22）（英语） . ^ Genome List - Genome . NCBI. [2005-07-13 ] . （原始内容存档 于2021-02-10）. ^ Rosenshine, Ilan; Tchelet, Ronen; Mevarech, Moshe.The Mechanism of DNA Transfer in the Mating System of an Archaebacterium . Science. 1989-09-22,245 (4924) [2022-10-14 ] .ISSN 0036-8075 PMID 2818746 doi:10.1126/science.2818746 存档 于2022-10-14）（英语） . ^66.0 66.1 66.2 Fröls, Sabrina; Ajon, Malgorzata; Wagner, Michaela; Teichmann, Daniela; Zolghadr, Behnam; Folea, Mihaela; Boekema, Egbert J.; Driessen, Arnold J. M.; Schleper, Christa; Albers, Sonja-Verena.UV-inducible cellular aggregation of the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus is mediated by pili formation: UV-inducible cellular aggregation . Molecular Microbiology. 2008-10-09,70 (4) [2022-10-14 ] .PMID 2818746 doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06459.x 存档 于2022-10-14）（英语） . ^67.0 67.1 67.2 Ajon, Małgorzata; Fröls, Sabrina; van Wolferen, Marleen; Stoecker, Kilian; Teichmann, Daniela; Driessen, Arnold J. M.; Grogan, Dennis W.; Albers, Sonja-Verena; Schleper, Christa.UV-inducible DNA exchange in hyperthermophilic archaea mediated by type IV pili: UV-inducible DNA exchange in hyperthermophilic archaea . Molecular Microbiology. 2011-11,82 (4) [2022-10-14 ] .PMID 21999488 doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07861.x 存档 于2022-10-14）（英语） . ^ Fröls, Sabrina; White, Malcolm F.; Schleper, Christa.Reactions to UV damage in the model archaeon Sulfolobus solfataricus . Biochemical Society Transactions. 2009-02-01,37 (1) [2022-10-14 ] .ISSN 0300-5127 PMID 19143598 doi:10.1042/BST0370036 存档 于2022-10-17）（英语） . ^ Bernstein, Harris; Bernstein, Carol.Evolutionary Origin and Adaptive Function of Meiosis . IntechOpen. 2013-09-11.ISBN 978-953-51-1197-9（英语） . [失效連結 ^ Krieg, Noel.Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . US: Springer. 2005:21 –6.ISBN 978-0-387-24143-2 ^71.0 71.1 Bernander, Rolf.Archaea and the cell cycle . Molecular Microbiology. 1998-08,29 (4).PMID 9767564 doi:10.1046/j.1365-2958.1998.00956.x （英语） . ^ Kelman, Lori M.; Kelman, Zvi.Multiple origins of replication in archaea . Trends in Microbiology. 2004-09-01,12 (9) [2022-10-14 ] .ISSN 0966-842X PMID 15337158 doi:10.1016/j.tim.2004.07.001 存档 于2013-10-16）（英语） . ^ Onyenwoke, RobU.; Brill, JuliaA.; Farahi, Kamyar; Wiegel, Juergen.Sporulation genes in members of the low G+C Gram-type-positive phylogenetic branch (Firmicutes) . Archives of Microbiology. 2004-10,182 (2-3).ISSN 0302-8933 PMID 15340788 doi:10.1007/s00203-004-0696-y （英语） . ^ Kostrikina, N. A.; Zvyagintseva, I. S.; Duda, V. I.Cytological peculiarities of some extremely halophilic soil archaeobacteria . Archives of Microbiology. 1991-10,156 (5).ISSN 0302-8933 doi:10.1007/BF00248708 （英语） . ^ DeLong, Edward F.; Pace, Norman R.Environmental Diversity of Bacteria and Archaea . Systematic Biology. 2001-08-01,50 (4).PMID 12116647 doi:10.1080/106351501750435040 [失效連結 ^76.0 76.1 Valentine DL. Adaptations to energy stress dictate the ecology and evolution of the Archaea. Nature Reviews Microbiology. 2007,5 (4): 316–23.PMID 17334387 doi:10.1038/nrmicro1619 ^77.0 77.1 Pikuta, Elena V.; Hoover, Richard B.; Tang, Jane.Microbial Extremophiles at the Limits of Life . Critical Reviews in Microbiology. 2007-01,33 (3) [2022-10-14 ] .ISSN 1040-841X PMID 17653987 doi:10.1080/10408410701451948 存档 于2022-06-19）（英语） . ^ Madigan MT, Martino JM. Brock Biology of Microorganisms 11th. Pearson. 2006: 136.ISBN 0-13-196893-9 ^ Takai, Ken; Nakamura, Kentaro; Toki, Tomohiro; Tsunogai, Urumu; Miyazaki, Masayuki; Miyazaki, Junichi; Hirayama, Hisako; Nakagawa, Satoshi; Nunoura, Takuro; Horikoshi, Koki.Cell proliferation at 122°C and isotopically heavy CH 4 production by a hyperthermophilic methanogen under high-pressure cultivation . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2008-08-05,105 (31) [2022-10-14 ] .Bibcode:2008PNAS..10510949T ISSN 0027-8424 PMC 2490668 PMID 18664583 doi:10.1073/pnas.0712334105 存档 于2022-10-21）（英语） . ^ Ciaramella, Maria; Napoli, Alessandra; Rossi, Mosè.Another extreme genome: how to live at pH 0 . Trends in Microbiology. 2005-02-01,13 (2).ISSN 0966-842X PMID 15680761 doi:10.1016/j.tim.2004.12.001 （英语） . ^ Javaux, Emmanuelle J.Extreme life on Earth—past, present and possibly beyond . Research in Microbiology. Space Microbiology. 2006-01-01,157 (1) [2022-10-14 ] .ISSN 0923-2508 PMID 16376523 doi:10.1016/j.resmic.2005.07.008 存档 于2020-10-31）（英语） . ^ Nealson, K. H.Post-Viking microbiology: new approaches, new data, new insights . Origins of Life and Evolution of the Biosphere: The Journal of the International Society for the Study of the Origin of Life. 1999-01,29 (1) [2022-10-14 ] .ISSN 0169-6149 PMID 11536899 doi:10.1023/a:1006515817767 存档 于2022-10-05）. ^ Davies, P. C. W. The Transfer of Viable Microorganisms Between Planets. Bock, Gregoy R. (编).Novartis Foundation Symposia . Chichester, UK: John Wiley & Sons, Ltd. 2007-09-28: 304–317 [2022-10-14 ] .ISBN 978-0-470-51498-6PMID 9243022 doi:10.1002/9780470514986.ch16 存档 于2022-10-16）. ^ López-García, P.Diversity of free-living prokaryotes from a deep-sea site at the Antarctic Polar Front . FEMS Microbiology Ecology. 2001-07,36 (2-3).PMID 11451524 doi:10.1016/S0168-6496(01)00133-7 ^ Karner, Markus B.; DeLong, Edward F.; Karl, David M.Archaeal dominance in the mesopelagic zone of the Pacific Ocean . Nature. 2001-01,409 (6819) [2022-10-14 ] .ISSN 0028-0836 PMID 11206545 doi:10.1038/35054051 存档 于2022-12-09）（英语） . ^ Giovannoni, Stephen J.; Stingl, Ulrich.Molecular diversity and ecology of microbial plankton . Nature. 2005-09,437 (7057) [2022-10-14 ] .Bibcode:2005Natur.437..343G ISSN 0028-0836 PMID 16163344 doi:10.1038/nature04158 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ DeLong, Edward F.; Karl, David M.Genomic perspectives in microbial oceanography . Nature. 2005-09-15,437 (7057) [2022-10-14 ] .Bibcode:2005Natur.437..336D ISSN 0028-0836 PMID 16163343 doi:10.1038/nature04157 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Könneke, Martin; Bernhard, Anne E.; de la Torre, José R.; Walker, Christopher B.; Waterbury, John B.; Stahl, David A.Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon . Nature. 2005-09,437 (7058) [2022-10-14 ] .Bibcode:2005Natur.437..543K ISSN 0028-0836 PMID 16177789 doi:10.1038/nature03911 存档 于2022-10-20）（英语） . ^ Agogué, Hélène; Brink, Maaike; Dinasquet, Julie; Herndl, Gerhard J.Major gradients in putatively nitrifying and non-nitrifying Archaea in the deep North Atlantic . Nature. 2008-12-11,456 (7223) [2022-10-14 ] .Bibcode:2008Natur.456..788A ISSN 0028-0836 PMID 19037244 doi:10.1038/nature07535 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Lipp, Julius S.; Morono, Yuki; Inagaki, Fumio; Hinrichs, Kai-Uwe.Significant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments . Nature. 2008-08,454 (7207) [2022-10-14 ] .Bibcode:2008Natur.454..991L ISSN 0028-0836 PMID 18641632 doi:10.1038/nature07174 存档 于2022-11-02）（英语） . ^ Cabello, Purificación; Roldán, M. Dolores; Moreno-Vivián, Conrado.Nitrate reduction and the nitrogen cycle in archaea . Microbiology. 2004-11-01,150 (11) [2022-10-14 ] .ISSN 1350-0872 PMID 15528644 doi:10.1099/mic.0.27303-0 存档 于2022-10-15）（英语） . ^ Mehta MP, Baross JA.Nitrogen fixation at 92 degrees C by a hydrothermal vent archaeon . Science. December 2006,314 (5806): 1783–6.Bibcode:2006Sci...314.1783M PMID 17170307 doi:10.1126/science.1134772 ^ Francis CA, Beman JM, Kuypers MM. New processes and players in the nitrogen cycle: the microbial ecology of anaerobic and archaeal ammonia oxidation. ISME J. May 2007,1 (1): 19–27.PMID 18043610 doi:10.1038/ismej.2007.8 ^ Coolen, Marco J. L.; Abbas, Ben; van Bleijswijk, Judith; Hopmans, Ellen C.; Kuypers, Marcel M. M.; Wakeham, Stuart G.; Sinninghe Damsté, Jaap S.Putative ammonia-oxidizing Crenarchaeota in suboxic waters of the Black Sea: a basin-wide ecological study using 16S ribosomal and functional genes and membrane lipids . Environmental Microbiology. 2007-04,9 (4).ISSN 1462-2912 PMID 17359272 doi:10.1111/j.1462-2920.2006.01227.x （英语） . ^ Leininger, S.; Urich, T.; Schloter, M.; Schwark, L.; Qi, J.; Nicol, G. W.; Prosser, J. I.; Schuster, S. C.; Schleper, C.Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils . Nature. 2006-08,442 (7104) [2022-10-14 ] .Bibcode:2006Natur.442..806L ISSN 0028-0836 PMID 16915287 doi:10.1038/nature04983 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Baker, Brett J.; Banfield, Jillian F.Microbial communities in acid mine drainage . FEMS microbiology ecology. 2003-05-01,44 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 1574-6941 PMID 19719632 doi:10.1016/S0168-6496(03)00028-X 存档 于2022-10-16）. ^ Schimel, Joshua.Playing scales in the methane cycle: From microbial ecology to the globe . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2004-08-24,101 (34) [2022-10-14 ] .Bibcode:2004PNAS..10112400S ISSN 0027-8424 PMC 515073 PMID 15314221 doi:10.1073/pnas.0405075101 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Trace Gases: Current Observations, Trends, and Budgets . Climate Change 2001. United Nations Environment Programme. [2014-09-08 ] . （原始内容 存档于2011-12-10）. ^ IPCC AR5 WG1 .Climate Change 2013: The Physical Science Basis - Summary for Policymakers (PDF) . Cambridge University Press. 2013 [2014-09-08 ] . （原始内容存档 (PDF) 于2014-02-26）. ^ IPCC AR5 WG1 .Climate Change 2013: The Physical Science Basis - Anthropogenic and Natural Radiative Forcing Supplementary Material (PDF) . Cambridge University Press. 2013 [2014-09-08 ] . （原始内容存档 (PDF) 于2016-03-04）. ^ Eckburg, Paul B.; Lepp, Paul W.; Relman, David A.Archaea and Their Potential Role in Human Disease . Infection and Immunity. 2003-02,71 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 0019-9567 PMC 145348 PMID 12540534 doi:10.1128/IAI.71.2.591-596.2003 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Cavicchioli R, Curmi P, Saunders N, Thomas T. Pathogenic archaea: do they exist?. BioEssays. 2003,25 (11): 1119–28.PMID 14579252 doi:10.1002/bies.10354 ^ Lepp, Paul W.; Brinig, Mary M.; Ouverney, Cleber C.; Palm, Katherine; Armitage, Gary C.; Relman, David A.Methanogenic Archaea and human periodontal disease . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2004-04-20,101 (16) [2022-10-14 ] .Bibcode:2004PNAS..101.6176L ISSN 0027-8424 PMC 395942 PMID 15067114 doi:10.1073/pnas.0308766101 存档 于2022-10-14）（英语） . ^ Vianna, M. E.; Conrads, G.; Gomes, B. P. F. A.; Horz, H. P.Identification and Quantification of Archaea Involved in Primary Endodontic Infections . Journal of Clinical Microbiology. 2006-04,44 (4) [2022-10-14 ] .ISSN 0095-1137 PMC 1448633 PMID 16597851 doi:10.1128/JCM.44.4.1274-1282.2006 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Waters, Elizabeth; Hohn, Michael J.; Ahel, Ivan; Graham, David E.; Adams, Mark D.; Barnstead, Mary; Beeson, Karen Y.; Bibbs, Lisa; Bolanos, Randall; Keller, Martin; Kretz, Keith.The genome of Nanoarchaeum equitans: Insights into early archaeal evolution and derived parasitism . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2003-10-28,100 (22) [2022-10-14 ] .ISSN 0027-8424 PMC 240731 PMID 14566062 doi:10.1073/pnas.1735403100 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Jahn, Ulrike; Gallenberger, Martin; Paper, Walter; Junglas, Benjamin; Eisenreich, Wolfgang; Stetter, Karl O.; Rachel, Reinhard; Huber, Harald.Nanoarchaeum equitans and Ignicoccus hospitalis : New Insights into a Unique, Intimate Association of Two Archaea . Journal of Bacteriology. 2008-03,190 (5) [2022-10-14 ] .ISSN 0021-9193 PMC 2258681 PMID 18165302 doi:10.1128/JB.01731-07 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Baker, Brett J.; Comolli, Luis R.; Dick, Gregory J.; Hauser, Loren J.; Hyatt, Doug; Dill, Brian D.; Land, Miriam L.; VerBerkmoes, Nathan C.; Hettich, Robert L.; Banfield, Jillian F.Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2010-05-11,107 (19) [2022-10-14 ] .Bibcode:2010PNAS..107.8806B ISSN 0027-8424 PMC 2889320 PMID 20421484 doi:10.1073/pnas.0914470107 存档 于2022-10-21）（英语） . ^ Chaban, Bonnie; Ng, Sandy Y.M; Jarrell, Ken F.Archaeal habitats — from the extreme to the ordinary . Canadian Journal of Microbiology. 2006-02-01,52 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 0008-4166 PMID 16541146 doi:10.1139/w05-147 存档 于2019-05-18）（英语） . ^ Schink, B.Energetics of syntrophic cooperation in methanogenic degradation . Microbiology and Molecular Biology Reviews. 1997-06,61 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 1092-2172 PMC 232610 PMID 9184013 doi:10.1128/mmbr.61.2.262-280.1997 存档 于2022-10-14）（英语） . ^ Lange, Marianne; Westermann, Peter; Ahring, Birgitte Kiær.Archaea in protozoa and metazoa . Applied Microbiology and Biotechnology. 2005-02,66 (5).ISSN 0175-7598 PMID 15630514 doi:10.1007/s00253-004-1790-4 （英语） . ^ van Hoek, Angela H. A. M.; van Alen, Theo A.; Sprakel, Vera S. I.; Leunissen, Jack A. M.; Brigge, Theo; Vogels, Godfried D.; Hackstein, Johannes H. P.Multiple Acquisition of Methanogenic Archaeal Symbionts by Anaerobic Ciliates . Molecular Biology and Evolution. 2000-02-01,17 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 0737-4038 PMID 10677847 doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026304 存档 于2023-01-23）（英语） . ^ Preston, C M; Wu, K Y; Molinski, T F; DeLong, E F.A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov. . Proceedings of the National Academy of Sciences. 1996-06-25,93 (13).Bibcode:1996PNAS...93.6241P ISSN 0027-8424 PMC 39006 PMID 8692799 doi:10.1073/pnas.93.13.6241 （英语） . ^ Eckburg, Paul B.; Bik, Elisabeth M.; Bernstein, Charles N.; Purdom, Elizabeth; Dethlefsen, Les; Sargent, Michael; Gill, Steven R.; Nelson, Karen E.; Relman, David A.Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora . Science. 2005-06-10,308 (5728) [2022-10-14 ] .Bibcode:2005Sci...308.1635E ISSN 0036-8075 PMC 1395357 PMID 15831718 doi:10.1126/science.1110591 存档 于2023-03-11）（英语） . ^ Samuel, Buck S.; Gordon, Jeffrey I.A humanized gnotobiotic mouse model of host–archaeal–bacterial mutualism . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2006-06-27,103 (26) [2022-10-14 ] .Bibcode:2006PNAS..10310011S ISSN 0027-8424 PMC 1479766 PMID 16782812 doi:10.1073/pnas.0602187103 存档 于2022-10-20）（英语） . ^ Wegley, L; Yu, Y; Breitbart, M; Casas, V; Kline, Di; Rohwer, F.Coral-associated Archaea . Marine Ecology Progress Series. 2004,273 [2022-10-14 ] .ISSN 0171-8630 doi:10.3354/meps273089 存档 于2022-10-18）（英语） . ^ Chelius, M.K.; Triplett, E.W.The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L. . Microbial Ecology. 2001-04,41 (3).ISSN 0095-3628 PMID 11391463 doi:10.1007/s002480000087 （英语） . ^ Simon, Holly M.; Dodsworth, Jeremy A.; Goodman, Robert M.Crenarchaeota colonize terrestrial plant roots . Environmental Microbiology. 2000-10,2 (5).PMID 11233158 doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00131.x （英语） . ^ Breithaupt, Holger.The hunt for living gold: The search for organisms in extreme environments yields useful enzymes for industry . EMBO reports. 2001-11,2 (11).ISSN 1469-221X PMC 1084137 PMID 11713183 doi:10.1093/embo-reports/kve238 （英语） . ^119.0 119.1 Egorova, Ksenia; Antranikian, Garabed.Industrial relevance of thermophilic Archaea . Current Opinion in Microbiology. Growth development / edited by John N Reeve and Ruth A Schmitz. 2005-12-01,8 (6) [2022-10-14 ] .ISSN 1369-5274 PMID 16257257 doi:10.1016/j.mib.2005.10.015 存档 于2011-12-16）（英语） . ^ Synowiecki, Józef; Grzybowska, Beata; Zdziebło, Anna.Sources, Properties and Suitability of New Thermostable Enzymes in Food Processing . Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 2006-04,46 (3) [2022-10-14 ] .ISSN 1040-8398 PMID 16527752 doi:10.1080/10408690590957296 存档 于2022-08-08）（英语） . ^ Jenney Jr, Francis E.; Adams, Michael W. W.The impact of extremophiles on structural genomics (and vice versa) . Extremophiles. 2008-01,12 (1).ISSN 1431-0651 PMID 17563834 doi:10.1007/s00792-007-0087-9 （英语） . ^ Schiraldi, Chiara; Giuliano, Mariateresa; De Rosa, Mario.Perspectives on biotechnological applications of archaea . Archaea. 2002,1 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 1472-3646 PMC 2685559 PMID 15803645 doi:10.1155/2002/436561 存档 于2019-05-18）（英语） . ^ Norris, P. R.; Burton, N. P.; Foulis, N. A.Acidophiles in bioreactor mineral processing . Extremophiles: Life Under Extreme Conditions. 2000-04,4 (2) [2022-10-14 ] .ISSN 1431-0651 PMID 10805560 doi:10.1007/s007920050139 存档 于2022-10-14）. ^ Shand RF; Leyva KJ. Archaeal Antimicrobials: An Undiscovered Country. Blum P (ed.) (编). Archaea: New Models for Prokaryotic Biology. Caister Academic Press. 2008.ISBN 978-1-904455-27-1 ^ Domain Archaea . LPSN. [2024-05-17 ] . （原始内容存档 于2020-04-20）. ^ Kato S, Ogasawara A, Itoh T, Sakai HD, Shimizu M, Yuki M, Kaneko M, Takashina T, Ohkuma M. Nanobdella aerobiophila gen. nov., sp. nov., a thermoacidophilic, obligate ectosymbiotic archaeon, and proposal of Nanobdellaceae fam. nov., Nanobdellales ord. nov. and Nanobdellia class. nov. Int J Syst Evol Microbiol 2022; 72:5489.
.jpg)
