Die ersten 23 Ebenen zählen zur regulären Magmahöhle. Anschließend kann der Spieler das Spiel speichern und in die Magmahöhlentiefe vordringen, auf deren dritter Ebene der Bosskampf gegenGroudon stattfindet. In Retterteam DX gibt es keine Magmahöhlentiefe und alle 26 Ebenen zählen dort zusammen, wobei die letzte die Bossebene ist. Wie in allen anderen Dungeons auch, erwarten den Spieler hier später zahlreiche Aufgaben. Groudon ist nach Ende der Hauptgeschichte rekrutierbar.
Als der Protagonist auf dem Gipfel desKlirrbergs vonVulnona erfährt, nicht der Mensch aus der Vulnona-Legende zu sein, kommt es zu heftigen Erdstößen. Vulnona befürchtet Groudons Erwachen, woraufhinTeam ACTs Anführer,Simsala, entscheidet, loszuziehen, um Groudon aufzuhalten. Nachdem Simsalas Team nach einiger Zeit noch immer nicht zurückgekehrt, macht sich Sorge auf demPokémon-Platz breit. Turtok, Octillery und Geowaz schließlich formieren ein neues Team, um Team ACT zu retten. Wenig später jedoch kehren diese vernichtend geschlagen aus der Magmahöhle zurück, womit Simsalas Rettung nun am Protagonisten liegt. Team ACT findet der Protagonist am Ende der Magmahöhlentiefe auf.Glurak undDespotar sind besiegt, Simsala kämpft bis zuletzt, doch kann Groudon auch nicht standhalten.
Die Magmahöhle kommt inChapter 6 ausPokémon Mystery Dungeon: Ginji’s Rescue Team vor. Hier erreichtGengar die Höhle, umGroudon aufzuwecken. Dadurch sorgt es für sehr viel Unruhe.Team ACT,Ginji undHydropi erreichen ebenfalls die Höhle und fangen an, Groudon zu bekämpfen. Als Gengar seine Fehler realisiert, gliedert er sich unter die Helden und bekämpft Groudon mit ihnen. Auch viele Freunde von Ginji unterstützen die Pokémon bei ihrem Kampf. Mit vereinten Kräften können sie Groudon bekämpfen und die Welt retten.