تعتبر المسيحية الأرثوذكسية من أبرز الطوائف المسيحية في البلاد، وهي منتشرة بشكل رئيسي في شرق وجنوب شرق أوروبا، وقد نشأت العديد من تقاليد المسيحية الأرثوذكسية في عهد الإمبراطورية البيزنطية، وهذا يبرر كذلك مناطق الطائفة الأرثوذكسية مع مناطق نفوذ هذه الإمبراطورية. معنى اسم "الأرثوذكسية" هو "الإيمان المستقيم" أو "الصحيح"، ويأتي هذا الاسم للإشارة إلى اعتقاد المسيحيين الأرثوذكس بأن النسخة الأرثوذكسية منالمسيحية هي الوريث المباشر والأقرب إلى المسيحية المبكرة وآباء الكنيسة الأوائل، الذين كانوا في الغالب يتحدثون اللغة اليونانية.

تتجلى المسيحية الأرثوذكسية في فنها الفريد، وفي هندسة الكنائس، وخاصة في ثقافة الأيقونات - لوحات القديسين - التي تحافظ على العديد من عناصر الفن البيزنطي وتنتقل من جيل إلى جيل. وهناك العديد من الأديرة الأرثوذكسية في البلاد، وتأثير المسيحية الأرثوذكسية واضح في المناظر الطبيعية للأرض. في الماضي، كانت جميع كنائس البلاد أرثوذكسية، ولكن، مع الغزو الصليبي، قام "اللاتين" - شعوب أوروبا الغربية - بطرد المسيحية الأرثوذكسية من العديد من الكنائس، ولكن اليوم يمكنك أن تجد في جانب الكنيسة اللاتينية، سجلات الأصل البيزنطي الأرثوذكسي للكنائس. ومع ذلك، لا تزال هناك العديد من الكنائس والأديرة الأرثوذكسية النشطة في البلاد: منها أديرة صحراء يهودا، القديس جورج، دير مار سابا وكذلك أديرة القدس، دير الصليب في وادي الصليب، ودير القديس سيمون الذي نزل بالقطمون وسميت القطمون باسمه "كاتا – مون".

تعود ملكية العديد من أراضي القدس للبطريركية الأرثوذكسية اليونانية، ويؤجرهاالصندوق القومي لإسرائيل منها الكنائس في أحياء رحافيا، طالبية، ونيوت وغيرها على هذه الأراضي. وكان العديد من سكان القدس في السابق من الروم الأرثوذكس - الذين عاشوا في البلدة القديمة ثم في "المستعمرة اليونانية"، والتي لا تزال تسمى بذلك الاسم حتى يومنا هذا وتقع بجوار المستعمرة الألمانية.

تحتوي المكتبة الوطنية على العديد من المخطوطات والكتب التي تتناول المسيحية الأرثوذكسية والتي كتبها المؤمنون، إلى جانب مواد تتناول الكنائس الأرثوذكسية الأخرى مثلالكنيسة الأرمنية. وتجدر الإشارة بشكل خاص إلى صور المخطوطات الخاصةبمكتبة الدير بجبل سيناء، والتي تم رقمنتها في السنوات الأخيرة وهي متاحة الآن للجمهور على موقع المكتبة. بالإضافة إلى ذلك، تحتوي المكتبة على العديد من الكتب الصادرة عن الجالية اليونانية فيالقدس ودار نشر البطريركية اليونانية في القدس.