| フェーズ | 日程 |
|---|---|
| 1回戦 | 5月24日、25日 ※J2（3・2024年15～17位）、J3（3・1～3位）、 アマチュアシード（1・東洋大）、都道府県代表（47）出場 |
| 2回戦 | 6月11日 ※J1（19）、J2（14）出場 |
| 3回戦 | 7月16日 |
| ラウンド16(4回戦) | 8月6日 ※浦和出場 |
| 準々決勝 | 8月27日 |
| 準決勝 | 11月16日 |
| 決勝 | 11月22日 |
| 北海道 | BTOP北海道 | 2年ぶり2回目 |
|---|---|---|
| 青森 | ラインメール青森 | 5大会ぶり4回目 |
| 岩手 | いわてグルージャ盛岡 | 5年連続18回目 |
| 秋田 | ノースアジア大 | 2年ぶり3回目 |
| 山形 | 大山SC | 2年連続4回目 |
| 宮城 | 仙台大 | 6大会ぶり4回目 |
| 福島 | 福島（J3） | 4年連続13回目 |
| 茨城 | 筑波大 | 4年連続35回目 |
|---|---|---|
| 栃木 | 栃木SC（J3） | 5年連続25回目 |
| 群馬 | 群馬（J3） | 5年連続22回目 |
| 埼玉 | 東京国際大 | 5大会ぶり8回目 |
| 千葉 | 順大 | 4大会ぶり17回目 |
| 東京 | 法大 | 6大会ぶり14回目 |
| 神奈川 | 相模原（J3） | 3年連続4回目 |
| 山梨 | 山梨学院大ペガサス | 4年連続7回目 |
| 新潟 | 新潟医療福祉大 | 2年ぶり8回目 |
|---|---|---|
| 長野 | 松本（J3） | 3大会ぶり17回目 |
| 富山 | 富山新庄クラブ | 5大会ぶり8回目 |
| 石川 | 金沢（J3） | 5年連続21回目 |
| 福井 | 福井ユナイテッド | 14年連続17回目 |
| 静岡 | ホンダFC | 10年連続45回目 |
|---|---|---|
| 愛知 | 中京大 | 2年連続9回目 |
| 岐阜 | 岐阜（J3） | 5年連続19回目 |
| 三重 | ヴィアティン三重 | 3年連続5回目 |
| 滋賀 | 守山侍２０００ | 初出場 |
|---|---|---|
| 京都 | 京産大 | 2年連続7回目 |
| 大阪 | ＦＣ大阪 | 4大会ぶり7回目 |
| 兵庫 | FC BASARA HYOGO | 初出場 |
| 奈良 | 奈良（J3） | 4年連続16回目 |
| 和歌山 | アルテリーヴォ和歌山 | 17年連続17回目 |
| 岡山 | 環太平洋大FC | 初出場 |
|---|---|---|
| 広島 | 福山シティFC | 2年連続5回目 |
| 鳥取 | 鳥取（J3） | 5年連続27回目 |
| 島根 | ベルガロッソいわみ | 3年連続4回目 |
| 山口 | ＦＣバレイン下関 | 3年連続5回目 |
| 香川 | 讃岐（J3） | 3年連続25回目 |
|---|---|---|
| 徳島 | FC徳島 | 10年連続10回目 |
| 愛媛 | レベニロッソNC | 初出場 |
| 高知 | 高知（J3） | 10年連続10回目 |
| 福岡 | 北九州（J3） | 5年連続16回目 |
|---|---|---|
| 佐賀 | Brew SAGA | 2年ぶり12回目 |
| 長崎 | 三菱重工長崎SC | 3年連続12回目 |
| 熊本 | イロンデル熊本FC | 初出場 |
| 大分 | ヴェルスパ大分 | 2年ぶり14回目 |
| 宮崎 | ヴェロスクロノス都農 | 10大会ぶり2回目 |
| 鹿児島 | 鹿児島（J3） | 5年連続11回目 |
| 沖縄 | 沖縄SV | 2年連続6回目 |
| アマチュアシード | 東洋大 |
| 鹿島、浦和、柏、東京、東京V、町田、川崎F、横浜、横浜FC、湘南、新潟、清水、名古屋、京都、G大阪、C大阪、神戸、岡山、広島、福岡 |
| 札幌、仙台、秋田、山形、いわき、水戸、大宮、千葉、富山、甲府、磐田、藤枝、山口、徳島、愛媛、今治、鳥栖、長崎、熊本、大分 |
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