原城跡は、戦国時代の有馬氏の重要な城であり1637（寛永14）年に勃発した島原・天草一揆の舞台となった城です。1938（昭和13）年5月30日に国指定史跡となり、2018（平成30）年7月4日に世界文化遺産「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」に登録されました。　本丸から多くの遺構や十字架、ロザリオなどの一揆に関連する遺物が出土しています。

日野江城跡は、有馬氏の居城であり、南北朝時代に築かれたと伝えられています。南北に細長い丘陵先端部の標高78ｍ付近に本丸が築かれ、東に二の丸と大手口、西に三の丸で構成されています。本丸の北方背後には堀をめぐらせて守り、西側には浦口川、東側には大手川が流れています。　発掘調査では段階遺構が発見され、墓石などの石塔を多く使った階段が出土し、有馬氏が権力と仏教を排してキリスト教を保護した歴史がうかがえます。

世界文化遺産「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の構成遺産である「原城跡」を中心とした南島原におけるキリシタン史を展示したガイダンス施設です。