Der überwiegende Teil der Waldfläche Deutschlands stellt eine durch den Menschen geprägte Kulturlandschaft dar und wird für wirtschaftliche Interessen genutzt. Dennoch sind Wälder komplexe Ökosysteme und bieten Lebensräume für viele verschiedene, teilweise geschützte und gefährdete Arten.

Zum Schutz ihrer Lebensstätten und Vermeidung von erheblichen Störungen oder Tötung und Verletzung sind die betroffenen Arten und Artengruppen vor der Errichtung von Windenergieanlagen (WEA) besonders sorgfältig zu untersuchen.

Hierbei ist zu klären, ob und inwieweit mit der Errichtung und dem Betrieb von Windenergieanlagen im Wald gegen das Tötungsverbot (§ 44 Abs. 1 Nr.1 BNatSchG), das Störungsverbot (§ 44 Abs. 1 Nr. 2 BNatSchG) sowie das Verbot der Beschädigung oder Zerstörung von Fortpflanzungs- oder Ruhestätten (§ 44 Abs. 1. Nr. 3 BNatSchG) verstoßen werden könnte. Von besonderer Bedeutung sind hier Schutz- und Vermeidungsmaßnahmen, die dazu dienen, Verbotstatbestände abzuwenden. Synergien mit forstwirtschaftlichen Aufforstungsverpflichtungen sollten hinsichtlich naturnaher Gestaltung und Nutzung genutzt werden.

Für den Bau und die Erschließung der Windparks sind Rodungsarbeiten notwendig. Dabei könnten wichtige Quartiere unter anderem von Spechten, Eulen, Fledermäusen zerstört oder die Tiere während ihrer Ruhe- und Aufzuchtphase getötet werden. Beim Betrieb der Anlagen besteht die Gefahr, dass Arten, die den Luftraum über den Baumkronen nutzen, von den Rotoren tödlich erfasst oder verletzt werden. Eine temporäre Abschaltung kann hierbei das Kollisionsrisiko minimieren. Das sogenannte ProBat Tool zum Schutz von Fledermäusen ist auch für WEA im Wald ein geeignetes System.    

In den letzten Jahren konnten mit Hilfe von diversen Forschungsvorhaben Kenntnislücken zur Bedeutung und vielfältigen Nutzung des Waldes als Fortpflanzungs- und Lebensraum zum Beispiel für Vögel und Fledermäuse geschlossen werden. Dies ist wichtig, um die Empfindlichkeit eines Eingriffes in das Ökosystem bewerten und geeignete artspezifische Maßnahmen ableiten zu können.