Bisher existieren zwei Protokolle als eigenständige internationale Abkommen unter der CBD. Diese Protokolle wurden zu ausgewählten Themen verfasst und besitzen weder ein eigenes Sekretariat, noch ein eigenes Budget, sondern werden unter dem Dach der CBD koordiniert. Somit können die Protokolle ausschließlich von CBD-Vertragsstaaten gezeichnet und ratifiziert werden. Der rechtsverbindliche Rahmen für die Umsetzung der Protokollinhalte ist allerdings stärker, als der für die Umsetzung der COP-Beschlüsse.
Nagoya Protokoll
"Protokoll von Nagoya über den Zugang zu genetischen Ressourcen und die ausgewogene und gerechte Aufteilung der sich aus ihrer Nutzung ergebenden Vorteile zum Übereinkommen über die biologische Vielfalt"
Die Umsetzung des Nagoya Protokolls soll den Zugang zu genetischen Ressourcen und die ausgewogene und gerechte Aufteilung der aus ihrer Nutzung resultierenden Vorteile sichern. Von besonderer Bedeutung ist dies für die industrielle Pharmazie und Landwirtschaft und vor allem für Entwicklungs- und Schwellenländer, die in ihrer hoch diversen Flora und Fauna zahlreiche genetische Ressourcen besitzen.
Cartagena Protokoll
"Protokoll von Cartagena über die biologische Sicherheit zum Übereinkommen über die biologische Vielfalt"
Das Cartagena Protokoll entstand in Anbetracht des raschen Aufschwungs der modernen Biotechnologie und der zunehmenden öffentlichen Besorgnis über ihre möglichen nachteiligen Auswirkungen auf die biologische Vielfalt und die menschliche Gesundheit.
Das Protokoll befasst sich mit der grenzüberschreitenden Verbringung von durch moderne Biotechnologie hervorgebrachten lebenden veränderten Organismen, die nachteilige Auswirkungen auf die Erhaltung und nachhaltige Nutzung der biologischen Vielfalt haben können.