Voraussetzungen für die Berichte sind unveränderte Bewertungsmatrices sowie gleiche Bewertungsparameter und -prinzipien. Der Analyse der Veränderungen der Erhaltungszustände der Schutzgüter seit ihrer ersten Bewertung im FFH-Bericht 2007 durch die Ableitung von Entwicklungstrends und der ihnen zugrunde liegenden Ursachen kommt eine besondere Bedeutung zu. 

Für die Erstellung der Berichte erheben die Bundesländer zunächst die notwendigen Daten für die Lebensraumtypen und Arten für ihr jeweiliges Bundesland (Verbreitungsdaten, Monitoring, weitere Berichtsdaten). Dabei kommt neben den Monitoringdaten, den Biotopkartierungen und den Artenkatastern eine besondere Bedeutung zu. Basierend auf diesen Angaben arbeitet das Bundesamt für Naturschutz daraufhin einen Entwurf des Nationalen Berichts aus. Dieser Berichtsentwurf wird unter Leitung des Bundesumweltministeriums (BMU) mit den Bundesländern auf mehreren Bewertungskonferenzen (getrennt nach biogeografischen Regionen) und anschließend mit den Bundesressorts abgestimmt.

Nach Abgabe der nationalen Berichte der Mitgliedstaaten erstellt die Europäische Kommission innerhalb von zwei Jahren einen Gemeinschaftsbericht.

Bei der Umsetzung der FFH-Richtlinie spielt der naturräumliche Bezug eine wichtige Rolle. Die Berichterstattung über den Erhaltungszustand von Arten und Lebensraumtypen wird getrennt nach den biogeografischen Regionen vorgenommen, an denen der Mitgliedstaat Anteil hat. Für Deutschland sind dies die alpine, die atlantische und die kontinentale biogeografische Region.