Neben der staatlichen Förderung von Naturschutzprojekten auf der Grundlage von Anträgen privater und öffentlicher Träger haben in Deutschland insbesondere Agrarumwelt- und Vertragsnaturschutzprogramme eine hohe Bedeutung für den Naturschutz. Innerhalb dieser Programme erhalten Landwirte bei naturverträglicher Bewirtschaftungsweise Ausgleichzahlungen, die die Einkommensverluste gegenüber konventioneller Bewirtschaftung decken sollen. Agrarumweltprogramme sind seit 1992 ein wichtiger Bestandteil der EU-Agrarpolitik. Um Effektivität und Effizienz dieser Maßnahmen zu erhöhen, wurde zusätzlich zur handlungsorientierten Honorierung die ergebnisorientierte Honorierung eingeführt, bei der Landwirte (zusätzliches) Geld erhalten, wenn sie die Existenz bestimmter Arten auf ihren Flächen nachweisen können. Die BfN-Skripte 161 "Kurzfassungen der Agrarumwelt- und Naturschutzprogramme" und  179 "Anreiz - Ökonomie der Honorierung ökologischer Leistungen" bieten weitere Informationen.

Zahlungen für Ökosystemleistungen beziehen sich insbesondere auf wirtschaftlich relevante Leistungen von Ökosystemen. Ein für Deutschland relevantes Beispiel sind Zahlungen von Wasserversorgungsunternehmen an Landwirte, um den Einsatz grundwassergefährdender Stoffe zu verringern. Von entsprechend extensiv bewirtschafteten Agrarökosystemen kann auch der Naturschutz profitieren.

Auch im Bereich der staatlichen Körperschaften können Anreize vermehrt für ein effizientes und naturverträgliches Handeln sorgen, z. B. über eine verstärkte Einbeziehung ökologischer Kriterien in den kommunalen Finanzausgleich. Weitere Informationen bietet die Publikation "Naturschutz im kommunalen Finanzausgleich - Anreize für eine nachhaltige Flächennutzung" (BfN-Schriften, 192).

Im Bereich Steuern und Abgaben profitieren Naturschutz und Biodiversität in verschiedenen Fällen von Instrumenten, die zur Verringerung anderer Umweltbelastungen eingeführt wurden, wie z. B. der Abwasserabgabe sowie den kommunalen Versiegelungsabgaben. Weiterhin gibt es Ermäßigungen und Befreiungen von der Grundsteuer, wenn Flächen Naturschutzzwecken dienen. Wie andere gemeinnützige Aktivitäten wird der Naturschutz außerdem durch Steuerbefreiungen für Beiträge und Spenden an gemeinnützige Institutionen gefördert.

Bei Baumaßnahmen im Rahmen von Bebauungsplänen sind für die dort vorkommenden Eingriffe in Natur und Landschaft üblicherweise Abgaben für Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen fällig, die von der Gemeinde umgesetzt werden. Solche standardisierten Abgaben für Kompensationsmaßnahmen können vom Instrumententyp her als Übergang zwischen ordnungsrechtlicher Vorschrift (Kompensationsgebot) und finanziellem Anreiz (Abgabe) interpretiert werden.