Yukawa sinh tạiTokyo,Nhật Bản. Năm 1929, sau khi nhận bằng tốt nghiệp trườngĐại học Kyoto, ông trở thành giảng viên đại học trong 4 năm. Sau khi tốt nghiệp, Yakawa trở nên đam mê với vật lý lý thuyết, đặc biệt là lý thuyết vềhạt sơ cấp. Năm 1932, ông kết hôn với Sumi (スミ, Sumi?) và có hai người con, Harumi và Takaaki. Năm 1933, ở tuổi 26, ông trở thành giảng viên tạiĐại học Osaka.
Năm 1935, ông cho xuất bản lý thuyết về hạtmeson, trong đó giải thích về sự tương tác giữa các hạtproton vàneutron tạiĐại học Osaka[5], đây là một phát hiện có tầm ảnh hưởng to lớn về hạt sơ cấp.
Năm 1938, ông nhận bằng Tiến sĩ tạiĐại học Osaka cho những dự đoán của ông về sự tồn tại củameson và công trình lý thuyết của ông về bản chất của lực hạt nhân.[6][7] Những thành tựu nghiên cứu này là lý do sau này ông được traoGiải Nobel Vật lý.
Ông là người biên tập cuốnProgress of Theoretical Physics và cho xuất bản các bài báoIntroduction to Quantum Mechanics (1946) vàIntroduction to the Theory of Elementary Particles (1948).