Xã Khánh Thiện được chia thành 51 xóm: 1, 1 Đông Cường, 1 Nam Cường, 2, 2 Đông Cường, 2 Nam Cường, 3, 3 Đông Cường, 3 Nam Cường, 4, 4 Đông Cường, 4 Nam Cường, 5, 5 Đông Cường, 5 Nam Cường, 6, 6 Đông Cường, 6 Nam Cường, 7, 7 Đông Cường, 7 Nam Cường, 8, 8 Đông Cường, 8 Nam Cường, 9, 9 Đông Cường, 9 Nam Cường, 10, 10 Đông Cường, 10 Nam Cường, 11, 11 Đông Cường, 12, Ba Hàng, Bắc, Bến Xanh, Cầu, Chợ Xanh, Cổng, Đồng, Nội, Tân 1, Tân 2, Thượng 1, Thượng 2, Tiên Yên 1, Tiên Yên 2, Trung.
- Hiện nay Xã Khánh Thiện có 12 trường học bao gồm Mầm Non, Tiểu Học Và THCS. Trong đó các trường THCS được chú tâm nhất trong Toàn Xã. Cả xã có 4 trường Mầm Non bao gồm Trường Mầm Non Khánh Thiện, Trường Mầm Non Khánh Tiên, Trường Mầm Non Khánh Lợi, Trường Mầm Non Khánh Cường. 4 Trường Tiểu Học bao gồm Trường Tiểu Học Khánh Thiện, Trường Tiểu Học Khánh Tiên, Trường Tiểu học Khánh Lợi, Trường Tiểu Học Khánh Cường. 4 Trường THCS bao gồm Trường THCS Khánh Thiện, Trường THCS Khánh Tiên, Trường THCS Khánh Lợi, Trường THCS Khánh Cường
Tổng Bồng Hải xưa (xã Khánh Thiện) có Độ Tổng binh sứ Phạm Xuân chỉ huy quân đội triều định ở đạo Trường Yên đã cùng Phạm Đình Trọng dẹp loạn, được phong là "Oanh liệt Đại tướng quân, Hải Lượng hầu".
Ngày 21 tháng 4 năm 1965, Ủy ban thường vụ Quốc hội ban hành Quyết định số 103-NQ-TVQH[2] về việc phê chuẩn việc thành lập tỉnhNam Hà trên cơ sở tỉnhHà Nam và tỉnhNam Định.
Ngày 27 tháng 12 năm 1975, Quốc hội ban hành Nghị quyết[3] về việc thành lập tỉnhHà Nam Ninh trên cơ sở tỉnhNam Hà và tỉnhNinh Bình.
Ngày 18 tháng 12 năm 1976, Bộ trưởng Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Thủ tướng ban hành Quyết định số 1506/QĐ-TCCP[4] về việc:
Sáp nhập xóm Minh Tân của xã Khánh Thiện thuộc huyệnYên Khánh vào xã Khánh Công.
Sáp nhập xã Khánh Tiên thuộc huyệnYên Khánh vào xã Khánh Thiện.
Ngày 27 tháng 4 năm 1977, Hội đồng chính phủ ban hành Quyết định số 125-CP[5] về việc:
Chuyển các xã Khánh Lợi, Khánh Thiện, Khánh Tiên thuộc huyệnTam Điệp về huyệnYên Khánh mới thành lập quản lý.
Chuyển xã Khánh Cường thuộc huyệnKim Sơn về huyệnYên Khánh mới thành lập quản lý.
Ngày 6 tháng 11 năm 1996, Quốc hội ban hành Nghị quyết[7] về việc chia tỉnhNam Hà thành tỉnhHà Nam và tỉnhNam Định.
Tính đến ngày 31/12/2023:
Xã Khánh Thiện có 8 xóm: 1, 2, Bến Xanh, Cầu, Chợ Xanh, Phong An, Phú Hậu.
Xã Khánh Tiên 10 xóm: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
Ngày 10 tháng 12 năm 2024, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 1318/NQ-UBTVQH15[8] về việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã của tỉnh Ninh Bình giai đoạn 2023 – 2025 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2025). Theo đó sáp nhập toàn bộ 6,37 km² diện tích tự nhiên, quy mô dân số là 3.930 người của xã Khánh Tiên vào xã Khánh Thiện.
Xã Khánh Thiện có 9,29 km² diện tích tự nhiên và quy mô dân số là 9.571 người.
Xã Khánh Cường có 21 xóm: 1 Đông Cường, 2 Đông Cường, 3 Đông Cường, 4 Đông Cường, 4 Đông Cường, 6 Đông Cường, 7 Đông Cường, 8 Đông Cường, 9 Đông Cường, 10 Đông Cường, 11 Đông Cường, 1 Nam Cường, 2 Nam Cường, 3 Nam Cường, 4 Nam Cường, 5 Nam Cường, 6 Nam Cường, 7 Nam Cường, 8 Nam Cường, 9 Nam Cường, 10 Nam Cường.
Xã Khánh Lợi có 12 xóm: Bắc, Ba Hàng, Cổng, Đồng, Nội, Tân 1, Tân 2, Thượng 1, Thượng 2, Tiên Yên 1, Tiên Yên 2, Trung.
Ngày 12 tháng 6 năm 2025, Quốc hội ban hành Nghị quyết số 202/2025/QH15[11] về việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp tỉnh (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 12 tháng 6 năm 2025). Theo đó, sáp nhập tỉnhHà Nam và tỉnhNam Định vào tỉnhNinh Bình.
Ngày 16 tháng 6 năm 2025:
Quốc hội ban hành Nghị quyết số 203/2025/QH15[12] về việc Sửa đổi, bổ sung một số điều của Hiến pháp nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Theo đó, kết thúc hoạt động của đơn vị hành chính cấp huyện trong cả nước từ ngày 1 tháng 7 năm 2025.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15[13] về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 16 tháng 6 năm 2025). Theo đó, thành lập xã Khánh Thiện thuộc tỉnhNinh Bình trên cơ sở toàn bộ 8,58 km² diện tích tự nhiên, quy mô dân số là 7.860 người của xã Khánh Cường; toàn bộ 6,64 km² diện tích tự nhiên, quy mô dân số là 8.245 người của xã Khánh Lợi và toàn bộ 9,29 km² diện tích tự nhiên, quy mô dân số là 9.588 người của xã Khánh Thiện và thuộc huyện Yên Khánh.
Xã Khánh Thiện có 24,51 km² diện tích tự nhiên và quy mô dân số là 25.693 người.[1]
Ngày 16 tháng 9 năm 2025, HĐND xã Khánh Thiện ban hành Nghị quyết[14] về việc:
Đổi tên Xóm 1 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 11 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 2 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 12 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 1 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 1 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 2 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 2 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 3 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 3 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 4 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 4 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 5 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 5 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 6 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 6 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 7 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 7 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 8 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 8 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 9 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 9 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 10 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 10 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 11 Đông Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 11 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 1 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 1 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 2 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 2 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 3 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 3 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 4 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 4 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 5 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 5 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 6 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 6 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 7 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 7 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 8 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 8 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 9 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 9 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm 10 Nam Cường thuộc xã Khánh Cường thành xóm 10 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Ba Hàng thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Ba Hàng thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm Bắc thuộc xã Khánh Lợi thành Xóm Bắc thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm Cổng thuộc xã Khánh Lợi thành Xóm Cổng thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm Đồng thuộc xã Khánh Lợi thành Xóm Đồng thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm Nội thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Nội thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Tân 1 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Tân 1 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Tân 2 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Tân 2 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Thượng 1 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Thượng 1 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Thượng 2 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Thượng 2 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Tiên Yên 1 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Tiên Yên 1 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên xóm Tiên Yên 2 thuộc xã Khánh Lợi thành xóm Tiên Yên 2 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm Trung thuộc xã Khánh Lợi thành Xóm Trung thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 3 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 3 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 4 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 4 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 5 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 5 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 6 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 6 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 7 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 7 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 8 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 8 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 9 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 9 thuộc xã Khánh Thiện.
Đổi tên Xóm 10 thuộc xã Khánh Tiên thành Xóm 10 thuộc xã Khánh Thiện.
Giữ nguyên 8 xóm: 1, 2, Bến Xanh, Cầu, Chợ Xanh, Phong An, Phú Hậu của xã Khánh Thiện.
Xã Khánh Thiện có 51 xóm: 1, 1 Đông Cường, 1 Nam Cường, 2, 2 Đông Cường, 2 Nam Cường, 3, 3 Đông Cường, 3 Nam Cường, 4, 4 Đông Cường, 4 Nam Cường, 5, 5 Đông Cường, 5 Nam Cường, 6, 6 Đông Cường, 6 Nam Cường, 7, 7 Đông Cường, 7 Nam Cường, 8, 8 Đông Cường, 8 Nam Cường, 9, 9 Đông Cường, 9 Nam Cường, 10, 10 Đông Cường, 10 Nam Cường, 11, 11 Đông Cường, 12, Ba Hàng, Bắc, Bến Xanh, Cầu, Chợ Xanh, Cổng, Đồng, Nội, Tân 1, Tân 2, Thượng 1, Thượng 2, Tiên Yên 1, Tiên Yên 2, Trung.[15]
Theo Quyết định số 2179/QĐ-UBND của tỉnhNinh Bình ngày 17 tháng 9 năm 2007 V/v phê duyệt Quy hoạch giao thông đường thủy nội địa tỉnhNinh Bình đến năm 2015 và định hướng phát triển đến năm 2020 thì Cảng Xanh có diện tích 3 ha nằm bên hữusông Đáy thuộc xã Khánh Thiện. Chức năng của cảng:
Xếp dỡ hàng hoá vật tư, vật liệu xây dựng, hàng nông sản xuất khẩu và xây dựng.
Hàng hoá cho khu vực.
Dự kiến xây dựng các hạng mục công trình: Công trình bến cảng, kho bãi. Trang thiết bị xếp dỡ. Nâng cấp khoảng 4÷5 km đường bộ. Văn phòng cảng.
Chợ Xanh Khánh Thiện là một chợ quê nổi tiếng nằm trên đường 481B mặc dù chợ Xanh chỉ nằm cáchchợ Rồng Ninh Bình 16 km và chợ huyệnYên Khánh 6 km. Xưa chợ nằm giữa trung tâm vùng rau xanh và hoa màuYên Khánh nên có tên là chợ Xanh. Hiện tại thì cái tên Xanh được gắn với nhiều địa danh ở Khánh Thiện như cầu Xanh, âu Xanh, cảng Xanh, đình tổng chợ Xanh... Khác với các chợ phiên lân cận chỉ họp trong một buổi và cách nhật, chợ Xanh họp tất cả các ngày trong tuần. Nói đến chợ Xanh, người dân có câu: "Khôn như ranh về chợ Xanh cũng dại".