Địa hình có thể trồng trọt được đã khiến Đông Phi trở thành một mục tiêu quan trọng cho những nhà thám hiểmchâu Âu cũng như quá trìnhthực dân hóa trongthế kỷ 19. Ngày nay, du lịch là một phần quan trọng của nền kinh tế các nướcKenya,Tanzania vàUganda.
Đế quốc Bồ Đào Nha là 1 trong những quốc gia châu Âu đầu tiên thiết lập sự có mặt vững chắc ở miền nam Mozambique và dần dần tiến lên miền bắc Mozambique, đếnMombasa ở khu vực ngày nay là Kenya. Tạihồ Malawi, họ đụng độ những thuộc địa mới dongười Anh thiết lập, xứ bảo hộNyasaland (ngày nay là Malawi).
Đế quốc Anh đã chiếm giữ những vùng đất giàu tiềm năng vàtài nguyên nhất của vùng này mà nay là Uganda và Kenya. Xứ bảo hộ Uganda vàthuộc địa Kenya nằm ở vùng đất trồng trọt màu mỡ có thể trồng cấy nhiều loạicây trồng có giá trị nhưcà phê vàtrà, cũng nhưchăn nuôi các loạigia súc và nhữngsản phẩm từ gia súc. Hơn nữa, vùng này có tiềm năng trở thành 1khu dân cư thích hợp cho người Anh đến sống. Điều kiệnthời tiết vàkhí hậu trong vùng đã cho phép hình thành những khu dân cư theo phong cáchchâu Âu nhưNairobi vàEntebbe.
Đế quốc Pháp chiếm giữ hòn đảo lớn nhất ởẤn Độ Dương (và lớn thứ 4 trên thế giới) Madagascar cùng một số đảo nhỏ xung quanh đó, nhưRéunion vàComoros. Madagascar trước đó là 1 thuộc địa của Anh và đã được đổi cho Pháp để lấy vùngZanzibar, 1 vùng sản xuấtgia vị quan trọng gầnTanganyika. Thực dân Anh cũng chiếm giữ một số thuộc địa đảo trong vùng nhưSeychelles, một hòn đảo đất đai phì nhiêu vàMauritius, một hòn đảo trước đó thuộc quyền cai trị của thực dân Pháp.
Đế quốc Đức kiếm soát một vùng đất rộng lớn có tênĐông Phi thuộc Đức, bao gồm vùng đất ngày nay là Rwanda, Burundi và phần đất liền của Tanzania. Năm1922, Đế quốc Anh được nhận quyền ủy trị Tanganyika và đã chiếm đóng vùng này cho tới khi độc lập được trao trả lại cho Tanganyika vào năm1961. Sau cuộcCách mạng Zanzibar năm1965, nhà nước độc lập Tanganyika đổi tên thànhCộng hòa liên bang Tanzania bằng cách thành lập 1liên bang với đất liền và với đảoZanzibar. Zanzibar ngày nay là 1 bangtự trị trong một liên bang với đất liền thường được biết đến dưới cái tên chung là Tanzania. Đông Phi thuộc Đức, dù rất rộng lớn, không có tầm quan trọng về chiến lược bằng các thuộc địa của Anh ở vùng này do những vùng thuộc địa của Đức rất khó thành lập các khu dân cử bởi điều kiện thời tiết và địa hình khắc nghiệt.
Năm1884, một phần đất hẹp ở ven biển phía bắc Somalia bị người Anh chiếm đóng (Somalia thuộc Anh). Vùng phía bắc này nằm đối diện với thuộc địa của Anh ởVịnh Aden trênbán đảo Ả Rập. 2 thuộc địa này của Anh đã trở thành gọng kềm để Đế quốc Anh khống chế đường biển dẫn vàoẤn Độ, khi đó cũng là 1 thuộc địa của Anh.
Năm1890, bắt đầu bằng việc mua lại 1thị trấn cảng nhỏ,Assab, từ 1sultan ở Eritrea, thực dân Ý dần dần thôn tính cả Eritrea.
Cho tới ngày nay, nhiều chính quyền ở các nước Đông Phi bị lên án vì nạn tham nhũng và không kiểm soát được tình hìnhchính trị. Nhiều nước vẫn chưa thoát ra khỏi các cuộcđảo chính chính trị,xung đột sắc tộc và các chính thểđộc tài. Kể từ khi giành được độc lập, vùng này đã trải qua rất nhiều cuộcxung đột vũ trang, bao gồm:
