YBX3 Ідентифікатори Символи YBX3 Зовнішні ІД OMIM :603437 MGI: 2137670 HomoloGene: 2708 GeneCards: YBX3 Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • mRNA 3'-UTR binding • single-stranded DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • nucleic acid binding • зв’язування дволанцюгових ДНК • RNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • polysome binding
Клітинна компонента • Полісома • bicellular tight junction • perinuclear region of cytoplasm • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма
Біологічний процес • male gonad development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress • negative regulation of necroptotic process • positive regulation of cytoplasmic translation • cellular response to tumor necrosis factor • positive regulation of organ growth • negative regulation of apoptotic process • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cellular hyperosmotic response • negative regulation of skeletal muscle tissue development • Сперматогенез • response to cold • запліднення • 3'-UTR-mediated mRNA stabilization
Джерела:Amigo /QuickGO
Шаблонекспресії Більше даних Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 12: 10.7 – 10.72 Mb Хр. 6: 131.34 – 131.37 Mb PubMed search[ 1] [ 2] Вікідані
YBX3 (англ. Y-box binding protein 3 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[ 3] амінокислот , амолекулярна маса — 40 090[ 4]
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MSEAGEATTT TTTTLPQAPT EAAAAAPQDP APKSPVGSGA PQAAAPAPAA HVAGNPGGDA APAATGTAAA ASLATAAGSE DAEKKVLATK VLGTVKWFNV RNGYGFINRN DTKEDVFVHQ TAIKKNNPRK YLRSVGDGET VEFDVVEGEK GAEAANVTGP DGVPVEGSRY AADRRRYRRG YYGRRRGPPR NYAGEEEEEG SGSSEGFDPP ATDRQFSGAR NQLRRPQYRP QYRQRRFPPY HVGQTFDRRS RVLPHPNRIQ AGEIGEMKDG VPEGAQLQGP VHRNPTYRPR YRSRGPPRPR PAPAVGEAED KENQQATSGP NQPSVRRGYR RPYNYRRRPR PPNAPSQDGK EAKAGEAPTE NPAPPTQQSS AE
Кодований геном білок за функціями належить дорепресорів ,фосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах, яктранскрипція , регуляціятранскрипції ,ацетилювання ,альтернативний сплайсинг . Білок має сайт для зв'язування зДНК . Локалізований уцитоплазмі ,ядрі .
Sakura H., Maekawa T., Imamoto F., Yasuda K., Ishii S. (1988).Two human genes isolated by a novel method encode DNA-binding proteins containing a common region of homology .Gene .73 : 499—507. PMID 2977358 doi :10.1016/0378-1119(88)90514-8 Kudo S., Mattei M.-G., Fukuda M. (1995). Characterization of the gene for dbpA, a family member of the nucleic-acid-binding proteins containing a cold-shock domain.Eur. J. Biochem. 231 : 72—82. PMID 7628487 doi :10.1111/j.1432-1033.1995.tb20672.x Coles L.S., Diamond P., Occhiodoro F., Vadas M.A., Shannon M.F. (1996). Cold shock domain proteins repress transcription from the GM-CSF promoter.Nucleic Acids Res .24 : 2311—2317. PMID 8710501 doi :10.1093/nar/24.12.2311 The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші
