Movatterモバイル変換

[0]ホーム

Перейти до вмісту

Рецептор вітаміну D

Редагувати посилання

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.

(Перенаправлено зVDR)

VDR

Наявні структури

PDB

Пошук ортологів:PDBe RCSB

Список кодів PDB
1DB1,1IE8,1IE9,1KB2,1KB4,1KB6,1S0Z,1S19,1TXI,1YNW,2HAM,2HAR,2HAS,2HB7,2HB8,3A2I,3A2J,3A3Z,3A40,3A78,3AUQ,3AUR,3AX8,3AZ1,3AZ2,3AZ3,3B0T,3CS4,3CS6,3KPZ,3M7R,3OGT,3P8X,3TKC,3VHW,4G2I,3W0A,3W0C,3W0Y,3WGP,3WWR,4ITE,4ITF,4PA2,3X31,3X36,4FHH,4FHI,2HBH

Ідентифікатори

Символи

VDR, NR1I1, PPP1R163, vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor, vitamin D receptor

Зовнішні ІД

OMIM:601769 MGI:103076 HomoloGene:37297 GeneCards:VDR

Пов'язані генетичні захворювання

vitamin D-dependent rickets, type 2^[1]

Реагує на сполуку

кальцитріол,calcipotriene,doxercalciferol,lithocholic acid,paricalcitol,tacalcitol^[2]

Онтологія гена
Молекулярна функція	•lithocholic acid binding •sequence-specific DNA binding •DNA binding •lithocholic acid receptor activity •GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity •steroid hormone receptor activity •GO:0001948, GO:0016582 protein binding •GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity •zinc ion binding •зв'язування з іоном металу •vitamin D response element binding •retinoid X receptor binding •calcitriol binding •GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific •GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding •RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding •vitamin D binding •transcription factor binding •nuclear receptor coactivator activity •signaling receptor activity
Клітинна компонента	•клітинне ядро •нуклеоплазма •receptor complex •RNA polymerase II transcription regulator complex •цитоплазма
Біологічний процес	•negative regulation of cell population proliferation •positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution •positive regulation of keratinocyte differentiation •regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity •intestinal absorption •calcium ion transport •steroid hormone mediated signaling pathway •GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated •лактація •bile acid signaling pathway •animal organ morphogenesis •GO:0000767 cell morphogenesis •skeletal system development •GO:1901313 positive regulation of gene expression •GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II •multicellular organism development •negative regulation of keratinocyte proliferation •decidualization •GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II •GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated •transcription initiation from RNA polymerase II promoter •positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity •mammary gland branching involved in pregnancy •GO:0072468 сигнальна трансдукція •cellular calcium ion homeostasis •transcription, DNA-templated •vitamin D receptor signaling pathway •vitamin D metabolic process •диференціація клітин •intracellular receptor signaling pathway
Джерела:Amigo /QuickGO

Шаблонекспресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


7421


22337

Ensembl


ENSG00000111424


ENSMUSG00000022479

UniProt


P11473


P48281

RefSeq (мРНК)

NM_000376 NM_001017535 NM_001017536 NM_001364085 NM_001374661
NM_001374662


NM_009504

RefSeq (білок)

NP_000367 NP_001017535 NP_001017536 NP_001351014 NP_001361590
NP_001361591


NP_033530

Локус (UCSC)

Хр. 12: 47.84 – 47.94 Mb

Хр. 15: 97.75 – 97.81 Mb

PubMed search

^[3]

^[4]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

VDR (англ.Vitamin D receptor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 427амінокислот, амолекулярна маса — 48 289^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAMAASTSL	PDPGDFDRNV	PRICGVCGDR	ATGFHFNAMT	CEGCKGFFRR
SMKRKALFTC	PFNGDCRITK	DNRRHCQACR	LKRCVDIGMM	KEFILTDEEV
QRKREMILKR	KEEEALKDSL	RPKLSEEQQR	IIAILLDAHH	KTYDPTYSDF
CQFRPPVRVN	DGGGSHPSRP	NSRHTPSFSG	DSSSSCSDHC	ITSSDMMDSS
SFSNLDLSEE	DSDDPSVTLE	LSQLSMLPHL	ADLVSYSIQK	VIGFAKMIPG
FRDLTSEDQI	VLLKSSAIEV	IMLRSNESFT	MDDMSWTCGN	QDYKYRVSDV
TKAGHSLELI	EPLIKFQVGL	KKLNLHEEEH	VLLMAICIVS	PDRPGVQDAA
LIEAIQDRLS	NTLQTYIRCR	HPPPGSHLLY	AKMIQKLADL	RSLNEEHSKQ
YRCLSFQPEC	SMKLTPLVLE	VFGNEIS

A:Аланін
C:Цистеїн
D:Аспарагінова кислота
E:Глутамінова кислота
F:Фенілаланін
G:Гліцин
H:Гістидин
I:Ізолейцин
K:Лізин
L:Лейцин
M:Метіонін
N:Аспарагін
P:Пролін
Q:Глутамін
R:Аргінін
S:Серин
T:Треонін
V:Валін
W:Триптофан

Y:Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить дорецепторів. Задіяний у таких біологічних процесах, яктранскрипція, регуляціятранскрипції,альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іономцинку,ДНК. Локалізований уядрі.

Література

[ред. |ред. код]

Goto H., Chen K.S., Prahl J.M., Deluca H.F. (1992). A single receptor identical with that from intestine/T47D cells mediates the action of 1,25-dihydroxyvitamin D-3 in HL-60 cells.Biochim. Biophys. Acta.1132: 103—108.PMID 1324736doi:10.1016/0167-4781(92)90063-6
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res.14: 2121—2127. 2004.PMID 15489334doi:10.1101/gr.2596504
Mahajan M.A., Samuels H.H. (2000).A new family of nuclear receptor coregulators that integrates nuclear receptor signaling through CBP.Mol. Cell. Biol.20: 5048—5063.PMID 10866662doi:10.1128/MCB.20.14.5048-5063.2000
Rochel N., Wurtz J.-M., Mitschler A., Klaholz B., Moras D. (2000). The crystal structure of the nuclear receptor for vitamin D bound to its natural ligand.Mol. Cell.5: 173—179.PMID 10678179doi:10.1016/S1097-2765(00)80413-X
Tocchini-Valentini G., Rochel N., Wurtz J.-M., Mitschler A., Moras D. (2001). Crystal structures of the vitamin D receptor complexed to superagonist 20-epi ligands.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.98: 5491—5496.PMID 11344298doi:10.1073/pnas.091018698
Shaffer P.L., Gewirth D.T. (2002). Structural basis of VDR-DNA interactions on direct repeat response elements.EMBO J.21: 2242—2252.PMID 11980721doi:10.1093/emboj/21.9.2242

Примітки

[ред. |ред. код]

↑Захворювання, генетично пов'язані з VDR переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑Сполуки, які фізично взаємодіють з VDR переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑Human PubMed Reference:.
↑Mouse PubMed Reference:.
↑HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12679 (англ.) . Архіворигіналу за 19 липня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.
↑UniProt, P11473 (англ.) . Архіворигіналу за 17 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

[ред. |ред. код]

Хромосома 12

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції тавнутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори активації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1^[en] c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2
(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)
(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2^[en] α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR^[en] α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR
підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX
підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ
підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1
підродина 5	LRH-1 SF1
підродина 6	GCNF
підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1)Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2
(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4
(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4
(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2
(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT^[en] C1 C2 C3 C4 5
(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6
(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63
(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF
(4.6) TATA	TBP TBPL1
(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4
(4.9) Grainyhead	TFCP2
(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1
(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1
(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2
(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2^[en] EREBP B3
(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма

Це незавершена стаття пробілки.
Ви можетедопомогти проєкту,виправивши або дописавши її.

Отримано зhttps://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=Рецептор_вітаміну_D&oldid=40874510

Категорії:

Прихована категорія:

Незавершені статті про білки

[8]ページ先頭