Movatterモバイル変換

[0]ホーム

Перейти до вмісту

SOX9

Редагувати посилання

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.

SOX9

Наявні структури

PDB

Пошук ортологів:PDBe RCSB

Список кодів PDB
4EUW

Ідентифікатори

Символи

SOX9, CMD1, CMPD1, SRA1, SRXX2, SRXY10, SRY-box 9, SRY-box transcription factor 9

Зовнішні ІД

OMIM:608160 MGI:98371 HomoloGene:294 GeneCards:SOX9

Онтологія гена
Молекулярна функція	•GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity •GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific •core promoter sequence-specific DNA binding •protein kinase activity •protein kinase A catalytic subunit binding •beta-catenin binding •pre-mRNA intronic binding •chromatin binding •GO:0001948, GO:0016582 protein binding •DNA binding •sequence-specific DNA binding •GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding •bHLH transcription factor binding •GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding •protein heterodimerization activity •transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding •GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific •GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
Клітинна компонента	•клітинне ядро •transcription regulator complex •нуклеоплазма •GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	•skeletal system development •cellular response to retinoic acid •bronchus cartilage development •positive regulation of protein phosphorylation •heart valve development •limb bud formation •GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process •GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II •ureter morphogenesis •negative regulation of immune system process •chondrocyte development •positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis •oligodendrocyte differentiation •chondrocyte hypertrophy •prostate gland development •lung smooth muscle development •mammary gland development •negative regulation of ossification •negative regulation of photoreceptor cell differentiation •cellular response to mechanical stimulus •intrahepatic bile duct development •regulation of cell adhesion •negative regulation of chondrocyte differentiation •positive regulation of mesenchymal cell proliferation •astrocyte fate commitment •positive regulation of chondrocyte differentiation •Сперматогенез •prostate gland morphogenesis •negative regulation of epithelial cell proliferation •lung epithelial cell differentiation •chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis •negative regulation of canonical Wnt signaling pathway •endocrine pancreas development •negative regulation of cell population proliferation •regulation of apoptotic process •cellular response to transforming growth factor beta stimulus •negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process •ремоделювання хроматину •negative regulation of myoblast differentiation •positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis •cell fate commitment •GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated •epidermal growth factor receptor signaling pathway •осифікація •regulation of cell proliferation involved in tissue homeostasis •ureter smooth muscle cell differentiation •ERK1 and ERK2 cascade •notochord development •positive regulation of epithelial cell migration •Sertoli cell differentiation •male sex determination •negative regulation of gene expression •transcription, DNA-templated •metanephric nephron tubule formation •GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна •development of the heart •regulation of branching involved in lung morphogenesis •ureter urothelium development •branching involved in ureteric bud morphogenesis •cartilage development •Harderian gland development •positive regulation of kidney development •central nervous system development •heart valve formation •positive regulation of cartilage development •tissue homeostasis •metanephric tubule development •negative regulation of biomineral tissue development •endochondral bone morphogenesis •trachea cartilage development •male germ-line sex determination •lacrimal gland development •Сигнальний шлях Notch •hair follicle development •диференціація клітин •ureter development •regulation of cell cycle process •male gonad development •positive regulation of epithelial cell proliferation •cell fate specification •intestinal epithelial structure maintenance •positive regulation of extracellular matrix assembly •extracellular matrix organization •negative regulation of apoptotic process •GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II •Sertoli cell development •positive regulation of mesenchymal stem cell differentiation •retina development in camera-type eye •cellular response to interleukin-1 •Епітеліально-мезенхімальний перехід •homeostasis of number of cells within a tissue •GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated •cAMP-mediated signaling •cartilage condensation •positive regulation of male gonad development •nucleosome assembly •negative regulation of bone mineralization •morphogenesis of a branching epithelium •neural crest cell development •protein kinase B signaling •somatic stem cell population maintenance •otic vesicle formation •otic vesicle development •endocardial cushion morphogenesis •cellular response to epidermal growth factor stimulus •positive regulation of epithelial cell differentiation •renal vesicle induction •GO:1901313 positive regulation of gene expression •regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis •regulation of cell population proliferation •heart valve morphogenesis •cytoskeleton organization •cochlea morphogenesis •positive regulation of cell population proliferation •epithelial cell proliferation involved in prostatic bud elongation •retinal rod cell differentiation •protein localization to nucleus •регуляція диференціювання клітин •positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling •cellular response to heparin •negative regulation of epithelial cell differentiation •epithelial tube branching involved in lung morphogenesis •GO:0072468 сигнальна трансдукція •GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II •negative regulation of pri-miRNA transcription by RNA polymerase II •chondrocyte differentiation •neural crest cell fate specification •cellular response to BMP stimulus •cell-cell adhesion •transcription initiation from RNA polymerase II promoter •GO:0034622 protein-containing complex assembly •anterior head development •morphogenesis of an epithelium •aortic valve morphogenesis •регуляція експресії генів
Джерела:Amigo /QuickGO

Шаблонекспресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6662


20682

Ensembl


ENSG00000125398


ENSMUSG00000000567

UniProt


P48436


Q04887

RefSeq (мРНК)


NM_000346


NM_011448

RefSeq (білок)


NP_000337


NP_035578

Локус (UCSC)

Хр. 17: 72.12 – 72.13 Mb

Хр. 11: 112.67 – 112.68 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SOX9 (англ.SRY-box 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 509амінокислот, амолекулярна маса — 56 137^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNLLDPFMKM	TDEQEKGLSG	APSPTMSEDS	AGSPCPSGSG	SDTENTRPQE
NTFPKGEPDL	KKESEEDKFP	VCIREAVSQV	LKGYDWTLVP	MPVRVNGSSK
NKPHVKRPMN	AFMVWAQAAR	RKLADQYPHL	HNAELSKTLG	KLWRLLNESE
KRPFVEEAER	LRVQHKKDHP	DYKYQPRRRK	SVKNGQAEAE	EATEQTHISP
NAIFKALQAD	SPHSSSGMSE	VHSPGEHSGQ	SQGPPTPPTT	PKTDVQPGKA
DLKREGRPLP	EGGRQPPIDF	RDVDIGELSS	DVISNIETFD	VNEFDQYLPP
NGHPGVPATH	GQVTYTGSYG	ISSTAATPAS	AGHVWMSKQQ	APPPPPQQPP
QAPPAPQAPP	QPQAAPPQQP	AAPPQQPQAH	TLTTLSSEPG	QSQRTHIKTE
QLSPSHYSEQ	QQHSPQQIAY	SPFNLPHYSP	SYPPITRSQY	DYTDHQNSSS
YYSHAAGQGT	GLYSTFTYMN	PAQRPMYTPI	ADTSGVPSIP	QTHSPQHWEQ
PVYTQLTRP

A:Аланін
C:Цистеїн
D:Аспарагінова кислота
E:Глутамінова кислота
F:Фенілаланін
G:Гліцин
H:Гістидин
I:Ізолейцин
K:Лізин
L:Лейцин
M:Метіонін
N:Аспарагін
P:Пролін
Q:Глутамін
R:Аргінін
S:Серин
T:Треонін
V:Валін
W:Триптофан

Y:Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, яктранскрипція, регуляціятранскрипції. Білок має сайт для зв'язування зДНК. Локалізований уядрі.

Література

[ред. |ред. код]

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res.14: 2121—2127. 2004.PMID 15489334doi:10.1101/gr.2596504
Cox J.J., Willatt L., Homfray T., Woods C.G. (2011).A SOX9 duplication and familial 46,XX developmental testicular disorder.N. Engl. J. Med.364: 91—93.PMID 21208124doi:10.1056/NEJMc1010311
Cameron F.J., Sinclair A.H. (1997). Mutations in SRY and SOX9: testis-determining genes.Hum. Mutat.9: 388—395.PMID 9143916doi:10.1002/(SICI)1098-1004(1997)9:5<388::AID-HUMU2>3.0.CO;2-0
Thong M.-K., Scherer G., Kozlowski K., Haan E., Morris L. (2000). Acampomelic campomelic dysplasia with SOX9 mutation.Am. J. Med. Genet.93: 421—425.PMID 10951468doi:10.1002/1096-8628(20000828)93:5<421::AID-AJMG14>3.3.CO;2-X
Moog U., Jansen N.J., Scherer G., Schrander-Stumpel C.T. (2001). Acampomelic campomelic syndrome.Am. J. Med. Genet.104: 239—245.PMID 11754051doi:10.1002/ajmg.10033

Примітки

[ред. |ред. код]

↑Human PubMed Reference:.
↑Mouse PubMed Reference:.
↑HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11204 (англ.) . Архіворигіналу за 11 липня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.[Архівовано 2017-07-11 уWayback Machine.]
↑UniProt, P48436 (англ.) . Архіворигіналу за 22 серпня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

[ред. |ред. код]

Хромосома 17

Це незавершена стаття пробілки.
Ви можетедопомогти проєкту,виправивши або дописавши її.

Фактори транскрипції тавнутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори активації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1^[en] c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2
(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)
(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2^[en] α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR
підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX
підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ
підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1
підродина 5	LRH-1 SF1
підродина 6	GCNF
підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1)Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2
(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4
(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4
(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2
(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT^[en] C1 C2 C3 C4 5
(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6
(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63
(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF
(4.6) TATA	TBP TBPL1
(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4
(4.9) Grainyhead	TFCP2
(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1
(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1
(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2
(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2^[en] EREBP B3
(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма

Отримано зhttps://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=SOX9&oldid=46338946

Категорії:

Приховані категорії:

[8]ページ先頭