SOX2 Ідентифікатори Символи SOX2 Зовнішні ІД OMIM :184429 MGI: 98364 HomoloGene: 68298 GeneCards: SOX2 Пов'язані генетичні захворювання syndromic microphthalmia 3 [ 1] Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • sequence-specific DNA binding • miRNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро
Біологічний процес • розвиток ока • pituitary gland development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of neuron differentiation • somatic stem cell population maintenance • endodermal cell fate specification • positive regulation of cell-cell adhesion • tissue regeneration • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription by RNA polymerase II • regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • adenohypophysis development • transcription, DNA-templated • neuronal stem cell population maintenance • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • multicellular organism development • glial cell fate commitment • response to wounding • osteoblast differentiation • positive regulation of cell differentiation • negative regulation of epithelial cell proliferation • регуляція експресії генів • inner ear development • forebrain development • response to growth factor • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • positive regulation of MAPK cascade • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cytokine-mediated signaling pathway • диференціація клітин • cell fate commitment • central nervous system development • neuron differentiation
Джерела:Amigo /QuickGO
Шаблонекспресії Більше даних Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 3: 181.71 – 181.71 Mb Хр. 3: 34.7 – 34.71 Mb PubMed search[ 2] [ 3] Вікідані
SOX2 (англ. SRY-box 2 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми.[ 4] амінокислот , амолекулярна маса — 34 310[ 5]
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MYNMMETELK PPGPQQTSGG GGGNSTAAAA GGNQKNSPDR VKRPMNAFMV WSRGQRRKMA QENPKMHNSE ISKRLGAEWK LLSETEKRPF IDEAKRLRAL HMKEHPDYKY RPRRKTKTLM KKDKYTLPGG LLAPGGNSMA SGVGVGAGLG AGVNQRMDSY AHMNGWSNGS YSMMQDQLGY PQHPGLNAHG AAQMQPMHRY DVSALQYNSM TSSQTYMNGS PTYSMSYSQQ GTPGMALGSM GSVVKSEASS SPPVVTSSSH SRAPCQAGDL RDMISMYLPG AEVPEPAAPS RLHMSQHYQS GPVPGTAING TLPLSHM
Кодований геном білок за функціями належить доактиваторів ,білків розвитку ,фосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах яктранскрипція , регуляціятранскрипції . Білок має сайт для зв'язування зДНК . Локалізований уядрі .
Stevanovic M., Zuffardi O., Collignon J., Lovell-Badge R., Goodfellow P. (1994). The cDNA sequence and chromosomal location of the human SOX2 gene.Mamm. Genome .5 : 640—642. PMID 7849401 doi :10.1007/BF00411460 The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші
