SATB2 Ідентифікатори Символи SATB2 Зовнішні ІД OMIM :608148 MGI: 2679336 HomoloGene: 32249 GeneCards: SATB2 Пов'язані генетичні захворювання неспецифічний виразковий коліт ,isolated cleft palate ,chromosome 2q32-q33 deletion syndrome [ 1] Онтологія гена Молекулярна функція • sequence-specific DNA binding • DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента • histone deacetylase complex • transcription regulator complex • nuclear matrix • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес • commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain • embryonic skeletal system morphogenesis • cellular response to organic substance • ремоделювання хроматину • roof of mouth development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • embryonic pattern specification • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • neuron migration • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • multicellular organism development • cartilage development • регуляція експресії генів • osteoblast development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo /QuickGO
Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 2: 199.27 – 199.47 Mb Хр. 1: 56.83 – 57.02 Mb PubMed search[ 2] [ 3] Вікідані
SATB2 (англ. SATB homeobox 2 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми.[ 4] амінокислот , амолекулярна маса — 82 555[ 5]
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MERRSESPCL RDSPDRRSGS PDVKGPPPVK VARLEQNGSP MGARGRPNGA VAKAVGGLMI PVFCVVEQLD GSLEYDNREE HAEFVLVRKD VLFSQLVETA LLALGYSHSS AAQAQGIIKL GRWNPLPLSY VTDAPDATVA DMLQDVYHVV TLKIQLQSCS KLEDLPAEQW NHATVRNALK ELLKEMNQST LAKECPLSQS MISSIVNSTY YANVSATKCQ EFGRWYKKYK KIKVERVERE NLSDYCVLGQ RPMHLPNMNQ LASLGKTNEQ SPHSQIHHST PIRNQVPALQ PIMSPGLLSP QLSPQLVRQQ IAMAHLINQQ IAVSRLLAHQ HPQAINQQFL NHPPIPRAVK PEPTNSSVEV SPDIYQQVRD ELKRASVSQA VFARVAFNRT QGLLSEILRK EEDPRTASQS LLVNLRAMQN FLNLPEVERD RIYQDERERS MNPNVSMVSS ASSSPSSSRT PQAKTSTPTT DLPIKVDGAN INITAAIYDE IQQEMKRAKV SQALFAKVAA NKSQGWLCEL LRWKENPSPE NRTLWENLCT IRRFLNLPQH ERDVIYEEES RHHHSERMQH VVQLPPEPVQ VLHRQQSQPA KESSPPREEA PPPPPPTEDS CAKKPRSRTK ISLEALGILQ SFIHDVGLYP DQEAIHTLSA QLDLPKHTII KFFQNQRYHV KHHGKLKEHL GSAVDVAEYK DEELLTESEE NDSEEGSEEM YKVEAEEENA DKSKAAPAEI DQR
Кодований геном білок за функціями належить дорепресорів ,регуляторів хроматину ,білків розвитку ,фосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах яктранскрипція , регуляціятранскрипції ,альтернативний сплайсинг . Білок має сайт для зв'язування зДНК . Локалізований уядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504 Dobreva G., Dambacher J., Grosschedl R. (2003).SUMO modification of a novel MAR-binding protein, SATB2, modulates immunoglobulin mu gene expression .Genes Dev .17 : 3048—3061. PMID 14701874 doi :10.1101/gad.1153003 Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage.Cell Rep .10 : 1778—1791. PMID 25772364 doi :10.1016/j.celrep.2015.02.033
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші
