JARID2 Ідентифікатори Символи JARID2 , JMJ, jumonji and AT-rich interaction domain containing 2Зовнішні ІД OMIM :601594 MGI: 104813 HomoloGene: 31279 GeneCards: JARID2 Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • histone demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methylated histone binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity
Клітинна компонента • ESC/E(Z) complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • histone methyltransferase complex • мітохондрія
Біологічний процес • диференціація клітин • negative regulation of histone methylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • thymus development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • spleen development • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • multicellular organism development • central nervous system development • negative regulation of gene expression, epigenetic • regulation of cell population proliferation • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of histone H3-K9 methylation • negative regulation of cardiac muscle hypertrophy • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of cardiac muscle cell proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • histone demethylation • ремоделювання хроматину • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific
Джерела:Amigo /QuickGO
Шаблонекспресії Більше даних Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 6: 15.25 – 15.52 Mb Хр. 13: 44.88 – 45.08 Mb PubMed search[ 1] [ 2] Вікідані
JARID2 (англ. Jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 246амінокислот , амолекулярна маса — 138 734[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MSKERPKRNI IQKKYDDSDG IPWSEERVVR KVLYLSLKEF KNSQKRQHAE GIAGSLKTVN GLLGNDQSKG LGPASEQSEN EKDDASQVSS TSNDVSSSDF EEGPSRKRPR LQAQRKFAQS QPNSPSTTPV KIVEPLLPPP ATQISDLSKR KPKTEDFLTF LCLRGSPALP NSMVYFGSSQ DEEEVEEEDD ETEDVKTATN NASSSCQSTP RKGKTHKHVH NGHVFNGSSR STREKEPVQK HKSKEATPAK EKHSDHRADS RREQASANHP AAAPSTGSSA KGLAATHHHP PLHRSAQDLR KQVSKVNGVT RMSSLGAGVT SAKKMREVRP SPSKTVKYTA TVTKGAVTYT KAKRELVKDT KPNHHKPSSA VNHTISGKTE SSNAKTRKQV LSLGGASKST GPAVNGLKVS GRLNPKSCTK EVGGRQLREG LQLREGLRNS KRRLEEAHQA EKPQSPPKKM KGAAGPAEGP GKKAPAERGL LNGHVKKEVP ERSLERNRPK RATAGKSTPG RQAHGKADSA SCENRSTSQP ESVHKPQDSG KAEKGGGKAG WAAMDEIPVL RPSAKEFHDP LIYIESVRAQ VEKFGMCRVI PPPDWRPECK LNDEMRFVTQ IQHIHKLGRR WGPNVQRLAC IKKHLKSQGI TMDELPLIGG CELDLACFFR LINEMGGMQQ VTDLKKWNKL ADMLRIPRTA QDRLAKLQEA YCQYLLSYDS LSPEEHRRLE KEVLMEKEIL EKRKGPLEGH TENDHHKFHP LPRFEPKNGL IHGVAPRNGF RSKLKEVGQA QLKTGRRRLF AQEKEVVKEE EEDKGVLNDF HKCIYKGRSV SLTTFYRTAR NIMSMCFSKE PAPAEIEQEY WRLVEEKDCH VAVHCGKVDT NTHGSGFPVG KSEPFSRHGW NLTVLPNNTG SILRHLGAVP GVTIPWLNIG MVFSTSCWSR DQNHLPYIDY LHTGADCIWY CIPAEEENKL EDVVHTLLQA NGTPGLQMLE SNVMISPEVL CKEGIKVHRT VQQSGQFVVC FPGSFVSKVC CGYSVSETVH FATTQWTSMG FETAKEMKRR HIAKPFSMEK LLYQIAQAEA KKENGPTLST ISALLDELRD TELRQRRQLF EAGLHSSARY GSHDGSSTVA DGKKKPRKWL QLETSERRCQ ICQHLCYLSM VVQENENVVF CLECALRHVE KQKSCRGLKL MYRYDEEQII SLVNQICGKV SGKNGSIENC LSKPTPKRGP RKRATVDVPP SRLSASSSSK SASSSS
Кодований геном білок за функціями належить дорепресорів ,регуляторів хроматину ,білків розвитку ,фосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах, яктранскрипція , регуляціятранскрипції ,диференціація клітин , ацетилювання,альтернативний сплайсинг . Локалізований уядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші