IFI16 Ідентифікатори Символи IFI16 Зовнішні ІД OMIM :147586 MGI: 3695276 HomoloGene: 115929 GeneCards: IFI16 Пов'язані генетичні захворювання ревматоїдний артрит ,целіакія [ 1] Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • identical protein binding • зв’язування дволанцюгових ДНК • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента • ядерце • нуклеоплазма • клітинне ядро • мембрана • nuclear speck • цитоплазма • гіалоплазма
Біологічний процес • positive regulation of type I interferon production • GO:0032737 positive regulation of cytokine production • intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator • cellular response to glucose starvation • transcription, DNA-templated • negative regulation of viral genome replication • negative regulation of innate immune response • monocyte differentiation • cellular response to ionizing radiation • negative regulation of DNA binding • regulation of autophagy • myeloid cell differentiation • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator • GO:0097285 апоптоз • кровотворення • activation of cysteine-type endopeptidase activity • автофагія • negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of interleukin-1 beta production • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Епігенетичне успадкування • проліферація • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • activation of innate immune response • процес імунної системи • inflammatory response • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • вроджений імунітет • defense response to virus • cellular response to interferon-beta
Джерела:Amigo /QuickGO
Шаблонекспресії Більше даних Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 1: 159 – 159.06 Mb Хр. 1: 173.39 – 173.43 Mb PubMed search[ 2] [ 3] Вікідані
IFI16 (англ. Interferon gamma inducible protein 16 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми.[ 4] амінокислот , амолекулярна маса — 88 256[ 5]
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MGKKYKNIVL LKGLEVINDY HFRMVKSLLS NDLKLNLKMR EEYDKIQIAD LMEEKFRGDA GLGKLIKIFE DIPTLEDLAE TLKKEKLKVK GPALSRKRKK EVDATSPAPS TSSTVKTEGA EATPGAQKRK KSTKEKAGPK GSKVSEEQTQ PPSPAGAGMS TAMGRSPSPK TSLSAPPNSS STENPKTVAK CQVTPRRNVL QKRPVIVKVL STTKPFEYET PEMEKKIMFH ATVATQTQFF HVKVLNTSLK EKFNGKKIII ISDYLEYDSL LEVNEESTVS EAGPNQTFEV PNKIINRAKE TLKIDILHKQ ASGNIVYGVF MLHKKTVNQK TTIYEIQDDR GKMDVVGTGQ CHNIPCEEGD KLQLFCFRLR KKNQMSKLIS EMHSFIQIKK KTNPRNNDPK SMKLPQEQRQ LPYPSEASTT FPESHLRTPQ MPPTTPSSSF FTKKSEDTIS KMNDFMRMQI LKEGSHFPGP FMTSIGPAES HPHTPQMPPS TPSSSFLTTK SEDTISKMND FMRMQILKEG SHFPGPFMTS IGPAESHPHT PQMPPSTPSS SFLTTLKPRL KTEPEEVSIE DSAQSDLKEV MVLNATESFV YEPKEQKKMF HATVATENEV FRVKVFNIDL KEKFTPKKII AIANYVCRNG FLEVYPFTLV ADVNADRNME IPKGLIRSAS VTPKINQLCS QTKGSFVNGV FEVHKKNVRG EFTYYEIQDN TGKMEVVVHG RLTTINCEEG DKLKLTCFEL APKSGNTGEL RSVIHSHIKV IKTRKNKKDI LNPDSSMETS PDFFF
Кодований геном білок за функціями належить дорепресорів ,активаторів ,фосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах якапоптоз ,імунітет ,вроджений імунітет ,транскрипція , регуляціятранскрипції ,запальна відповідь , автофагія, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування зДНК . Локалізований уцитоплазмі ,ядрі .
Trapani J.A., Dawson M.J., Apostolidis V.A., Browne K.A. (1994).Genomic organization of IFI16, an interferon-inducible gene whose expression is associated with human myeloid cell differentiation: correlation of predicted protein domains with exon organization .Immunogenetics .40 : 415—424. PMID 7959953 doi :10.1007/BF00177824 Xin H., Curry J., Johnstone R.W., Nickoloff B.J., Choubey D. (2003). Role of IFI 16, a member of the interferon-inducible p200-protein family, in prostate epithelial cellular senescence.Oncogene .22 : 4831—4840. PMID 12894224 doi :10.1038/sj.onc.1206754 The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504 Johnstone R.W., Kershaw M.H., Trapani J.A. (1998). Isotypic variants of the interferon-inducible transcriptional repressor IFI 16 arise through differential mRNA splicing.Biochemistry .37 : 11924—11931. PMID 9718316 doi :10.1021/bi981069a Dawson M.J., Trapani J.A. (1995).IFI 16 gene encodes a nuclear protein whose expression is induced by interferons in human myeloid leukaemia cell lines .J. Cell. Biochem .57 : 39—51. PMID 7536752 doi :10.1002/jcb.240570106 Johnstone R.W., Kerry J.A., Trapani J.A. (1998).The human interferon-inducible protein, IFI 16, is a repressor of transcription .J. Biol. Chem .273 : 17172—17177. PMID 9642285 doi :10.1074/jbc.273.27.17172
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші
