HMGA1 Ідентифікатори Символи HMGA1 Зовнішні ІД OMIM :600701 MGI: 96160 HomoloGene: 128226 GeneCards: HMGA1 Онтологія гена Молекулярна функція • retinoid X receptor binding • retinoic acid receptor binding • enzyme binding • peroxisome proliferator activated receptor binding • DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • nuclear receptor coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • chromatin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity • transcription factor binding • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001105 transcription coactivator activity • structural constituent of chromatin
Клітинна компонента • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • senescence-associated heterochromatin focus • хромосома • focal adhesion • transcription regulator complex • хроматин • RNA polymerase II transcription regulator complex
Біологічний процес • negative regulation of cell population proliferation • oncogene-induced cell senescence • establishment of integrated proviral latency • nucleosome disassembly • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of cellular senescence • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • response to virus • DNA unwinding involved in DNA replication • transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II • nuclear transport • GO:0022415 viral process • base-excision repair • GO:0034622 protein-containing complex assembly
Джерела:Amigo /QuickGO
Шаблонекспресії Більше даних Ортологи Види Людина Миша Entrez Ensembl UniProt RefSeq (мРНК) RefSeq (білок) Локус (UCSC) Хр. 6: 34.24 – 34.25 Mb Хр. 17: 27.78 – 27.78 Mb PubMed search[ 1] [ 2] Вікідані
HMGA1 (англ. High mobility group AT-hook 1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[ 3] амінокислот , амолекулярна маса — 11 676[ 4]
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50 MSESSSKSSQ PLASKQEKDG TEKRGRGRPR KQPPVSPGTA LVGSQKEPSE VPTPKRPRGR PKGSKNKGAA KTRKTTTTPG RKPRGRPKKL EKEEEEGISQ ESSEEEQ
Кодований геном білок за функцією належить дофосфопротеїнів . Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус ,транскрипція , регуляціятранскрипції , ацетилювання,альтернативний сплайсинг . Білок має сайт для зв'язування зДНК . Локалізований уядрі ,хромосомах .
Eckner R., Birnstiel M.L. (1989).Cloning of cDNAs coding for human HMG I and HMG Y proteins: both are capable of binding to the octamer sequence motif .Nucleic Acids Res .17 : 5947—5959. PMID 2505228 doi :10.1093/nar/17.15.5947 Johnson K.R., Lehn D.A., Reeves R. (1989).Alternative processing of mRNAs encoding mammalian chromosomal high-mobility-group proteins HMG-I and HMG-Y .Mol. Cell. Biol .9 : 2114—2123. PMID 2701943 doi :10.1128/MCB.9.5.2114 Friedmann M., Holth L.T., Zoghbi H.Y., Reeves R. (1993).Organization, inducible-expression and chromosome localization of the human HMG-I(Y) nonhistone protein gene .Nucleic Acids Res .21 : 4259—4267. PMID 8414980 doi :10.1093/nar/21.18.4259 The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).Genome Res .14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504 Lund T., Dahl K.H., Mork E., Holtlund J., Laland S.G. (1987). The human chromosomal protein HMG I contains two identical palindrome amino acid sequences.Biochem. Biophys. Res. Commun .146 : 725—730. PMID 3619901 doi :10.1016/0006-291X(87)90589-4 Karlson J.R., Mork E., Holtlund J., Laland S.G., Lund T. (1989). The amino acid sequence of the chromosomal protein HMG-Y, its relation to HMG-I and possible domains for the preferential binding of the proteins to stretches of A-T base pairs.Biochem. Biophys. Res. Commun .158 : 646—651. PMID 2920035 doi :10.1016/0006-291X(89)92770-8
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші
