У джерелах до 1960-х років цього папу іноді називаютьСтефан X, у той час якСтефана VIII іноді називаютьСтефан IX. Див.Стефан II (обраний папа) для детальніших пояснень.
Точний рік народження невідомий. Імовірно, він народився у 1010-х — 1020-х роках, але не пізніше 1022 року. Був третім сином герцогаВерхньої ЛотарингіїГоцело I, отримавши при народженні ім'я Фрідріх. Будучи молодшим із синів герцога, Фрідріх обрав духовну кар'єру. Він виховувався у соборі Святого Ламберта уЛьєжі.1041 року був призначений тамархідияконом.
Після повернення до Риму Фрідріх ухилився від конфлікту між своїм братомГотфрідом Бородатим та імператором Священної Римської імперіїГенріхом III. Фрідріх оселився у абатствіМонтекассіно, де 23 травня 1057 року був обраний абатом. 14 червня Фрідріх став кардиналом.
28 липня 1057 року помер папа римськийВіктор II. Під впливом Готфріда Бородатого2 серпня новим папою був обраний Фрідріх, який обрав собі ім'я Стефан IX. 3 серпня вбазиліці Святого Петра його було посвячено в сан папи.
Обрання Стефана IX не було узгоджено з німецьким королівським двором, яким після смерті імператора Генріха III управляла його вдоваАгнеса де Пуатьє від імені свого малолітнього синаГенріха IV. Для того, щоб отримати схвалення Агнеси, Стефан IX відрядив як своїх нунціїв Гільдебранда (майбутнього папуГригорія VII), зведеного ним у сан архідиякона, таєпископа ЛуккиАнсельма I. Будучи талановитим дипломатом, Гільдебранд мав заспокоїти німецький двір і домогтись визнання від Агнесси. Однак вони повернулись уІталію вже по смерті папи.
Як і його попередники, Стефан IX був прибічником проведенняКлюнійської реформи. Для її проведення Стефан IX почав збирати навколо себе однодумців. Одним із запрошених був кардинал-єпископ ОстіїПетро Даміані. Окрім того, Стефан прийняв під опіку диякона Аріальда й піддиякона Ландульфа, керівників реформаторського рухупатаріїв уМілані. Стефан IX та його прибічники виступали протисимонії й за запровадженняцелібату духовенства.
Окрім проведення церковної реформи, Стефан IX також планував вивести папський престол з підпорядкування правителів Священної Римської імперії, а також створити у Північній Італії незалежну державу, на чолі якої він хотів поставити свого брата, Готфріда Бородатого. Для цього папа передав Готфріду в Італії численні володіння, включно згерцогством Сполетським. Окрім того, Стефан планував помститись норманам, які захопили Південну Італію, підкоривши їхні володіння церкві.
1058 року Стефан IX поїхав доФлоренції, де збирався зустрітись із Готфрідом Бородатим. Однак там він і помер 29 березня.
Stephan IX. Papst. Mittelalterliche Genealogie im Deutschen Reich bis zum Ende der Staufer.Архів оригіналу за 12 серпня 2011. Процитовано 22 грудня 2012.