У1104 році Пасхалій II досяг успіху, підбуривши другого сина імператора повстати проти його батька, проте згодом зрозумів, щоімператор Священної Римської імперіїГенріх V є навіть більшим противником папи у питанні про інвеституру ніж імператорГенріх IV.
Коли Генріх V з військом вторгся до Італії, папа пообіцяв коронувати його імператором та повернути йому всі церковні землі та власність, які належали імперії у часиКарла Великого. Натомість імператор зобов'язався відмовитись від інвеститури. Проте, коронація не відбулась, оскільки римляни повстали проти Генріха V, який утік захопивши з собою Пасхалія II.
Після 2 місяців ув'язнення папа пообіцяв Генріху V інвеституру та коронував його імператором. Пізніше, рішення Пасхалія II були скасовані як такі, що прийняті під примусом, у1111 році імператора було відлучено від церкви.
15 лютого 1113 Пасхалій II своєю буллоюPie postulatio voluntatis офіційно визнавОрден Госпітальєрів, схвалив їхній статут та взяв під своє заступництво.