У 1932 році канцлерЕнгельберт Дольфус призначив Шушніга міністром юстиції, у 1933 році він стає міністром освіти.
У 1934 році після вбивства Дольфуса Шушніг замінив його на посту австрійського федерального канцлера.
В лютому 1938 року через загрозу воєнного нападунацистської Німеччини на Австрію Шушніг прибув доБерхтесгадену, де під тиском з бокуАдольфа Гітлера підписав ультиматум, згідно з яким влада в Австрії має бути передана нацистам, а член нацистської партії віденський адвокатАртур Зейсс-Інкварт призначений міністром внутрішніх справ.
Спробував відновити контроль над ситуацією й оголосивплебісцит про збереження Австрією незалежності на 13 березня. Гітлер забагав скасування плебісциту, від Шушніга — подати у відставку, а на місце канцлера призначити Зейсс-Інкварта. Президент АвстріїВільгельм Міклас прийняв умови Гітлера, й наступного дня після призначення Зейсс-Інкварта канцлером німецькі війська перетнули кордон Австрії, щоб включити її до складу Третього рейху (див.аншлюс).
Після аншлюсу Шушніга було заарештовано, з 12 березня по 28 травня 1938 року перебував під домашнім арештом, потім його перевели до штаб-квартиригестапо на Морцинплац, де він провів наступні 17 місяців.
З 1941 до травня 1945 року перебував у концентраційних таборахДахау таЗаксенгаузен.
Невдовзі після арешту йому дозволили укласти шлюб з колишньою графинею Вірою Чернін. В останній рік війни вона жила у концтаборі разом із Шушнігом та їхнім сином, який народився в 1941 році.