Під час його понтифікату церква була враженаЗахідною схизмою:антипапаБенедикт XIII боровся теж за владу. Собор уПізі (пізніше був визнаний лише синодом) вибрав папою спочаткуОлександра V і роком пізнішеІвана XXIII. Дванадцятиденнийконклав у листопаді 1406 року, на якому вибрано Григорія XII, теж був під впливом схизми: 14 з 18 кардиналів з'явилося на конклав і склали присягу зробити все для об'єднання церкви, і навіть, якщо це необхідно для об'єднання, скласти свої повноваження. На цьому фоні вибрано папою сірого кардиналацеркви святого Марка вВенеції Анджело Коррера.
Вирішення питання про схизму було знайдено наКонстанцькому соборі у 1415 році, за яким вибори папи Івана XXIII визнано недійсними. Згідно зі своєю присягою 1415 року папа Григорій XII мусив також оголосити про своювідставку. Він помер двома роками пізніше, будучи єпископом уПорто-Реканаті. Протягом 598 років після нього більше ніхто не зрікався Престолу. Аж у лютому 2013 року ПапаБенедикт XVI відмовився від своєї посади.