18 липня1216 року 19 кардиналів зібрались уПеруджі, за 2 дні до того помер Іннокентій III, маючи намір обрати нового папу. Тривожний стан справ в Італії, загроза нападутатар змусили кардиналів вдатись до компромісу у розв'язанні питання про обрання нового папи. Кардинали Уголіно ді Остія (майбутнійГригорій IX) іГвідо ді Пренесте були уповноважені призначити нового папу. Їхній вибір зупинився на Ченціо Савеллі, який прийнявтіару під іменем Гонорія III. Його було висвячено у Перуджі 24 липня, короновано у Римі 31 серпня, а 3 вересня він зайняв Латеранський собор. Римляни дуже радісно сприйняли його обрання папою, оскільки дуже любили Гонорія III через його доброту.
1216 року, після смерті імператора Римської Латинської імперіїГенріха І, корону латинської імперії запропонувалиП'єру де Куртене.Він вирушив на Схід через Рим, де побажав бути коронованим папою Гонорієм III. Той виявився в незручному становищі, оскільки не хотів порушувати права латинського патріарха Константинополя, до того ж побоювався, що така коронація створить прецедент для можливих претензій Римських латинських імператорів на Рим і Західну Римську імперію. Хитромудрий Папа знайшов вихід: 9 квітня 1217 року він коронував П'єра і Іоланду, але не в соборі Святого Петра, а в церкві Святого Лаврентія, яка перебувала за межами міста.