У дорослому футболі дебютував1978 року виступами за«Кельн», в якому провів два сезони, взявши участь у 61 матчі чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу«Барселони», до складу якої приєднався1980 року. Відіграв за каталонський клуб наступні вісім сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Барселони», був основним гравцем та одним з головних бомбардирів команди, маючи середню результативність на рівні 0,46 голу за гру першості. За цей час виборов титулчемпіона Іспанії, тричі вигрававкубок Іспанії та ставав володаремКубка Кубків УЄФА.
Влітку1988 року перейшов до складу головних ворогів «блаугранас» — клубу«Реал Мадрид». Виступаючи за вершкових Шустер додав до переліку своїх трофеїв ще два титуличемпіона Іспанії та дві перемоги у кубку країни.
Завершив професійну ігрову кар'єру у мексиканському клубі«УНАМ Пумас», до якого прийшов до команди1996 року і захищав кольори до припинення виступів на професійному рівні у1997 році.
Розпочав тренерську кар'єру відразу ж по завершенні кар'єри гравця,1997 року, очоливши тренерський штаб клубу«Фортуна» (Кельн), після чого перейшов в іншукельнську команду.
Після роботи в«Кельні» у2001 році він отримав запрошення в скромний іспанський клуб«Херес» і успішно впорався з поставленим завданням — при Шустері «Херес» провів два найкращих сезони в своїй історії.
Так і не дочекавшись пропозицій від провідних іспанських клубів, Шустер вирушив в Україну і очоливдонецький«Шахтар», встановивши клубний рекорд за кількістю перемог поспіль. Але завершення сезону виявилося змазаним — «срібло» замість обіцяного «золота» в першості України, а в Лізі Чемпіонів клуб поступився московському «Локомотиву». Чекати фінального кубкового матчу керівництво «Шахтаря» не стало, розірвавши контракт.
Влітку2004 року Бернд повернувся до Іспанії — спочатку як головний тренер«Леванте», а потім —«Хетафе» з передмістяМадрида. У перший же рік своєї роботи «Хетафе»: проводить найкращий сезон у своїй історії — вийшов у фінал Кубка Короля і вийшов вКубок УЄФА.
Вже по ходу сезону 2006-07 в пресі почали з'являтися чутки щодо переходу Шустера в «Реал» на змінуФабіо Капелло. Так і сталося: влітку2007 року Бернд Шустер очолив «королівський» клуб, в якому він грав в1988-1990 роках. Він вивів «Реал» в чемпіони, але незабаром змушений був залишити клуб.