Vakıflar Genel Müdürlüğü, 2 Mayıs 1920'de,Şer'iyye ve Evkaf Vekaleti olarak kurulan, 3 Mart 1924'te şimdiki adını alan, Türkiye'deki vakıfları denetlemekle yükümlü müdürlüktür.
Vakıflar Genel Müdürlüğü, Türkiye Cumhuriyeti döneminde de faaliyetlerine devam eden 41.500 Osmanlı vakfından kurucu ve mütevellisi ölen vakıfları yöneterek özel bir rol üstlenmiştir. Vakıflar Genel Müdürlüğü bahsedilen vakıflara ait 18.500 tarihi bina ve 67.000 emlakin restorasyonu, bakımı ve mülkiyet yönetimini de üstlenmiştir. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün bir diğer önemli işlevi ise yönettiği vakıfların gelirleriyle binlerce fakir ve ihtiyaç sahibi kişiye sağladığı sosyal hizmetlerdir. Ayrıca Türkiye Cumhuriyeti'nin ilanından sonra kurulan yaklaşık 4500 vakfın faaliyetlerini denetlemektedir.
Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi / Hastanesi veFatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Vakıflar Genel Müdürlüğüne bağlı vakıf üniversiteleridir.
