Kıbrıs Ortodoks Kilisesi (Yunanca: Εκκλησία της Κύπρου, romanize: Eklisia tis Kipru)bağımsız birOrtodoks kilisesidir. İlk kurucusu ve koruyucusunun havariBarnabas (Apostolos Varnavas) olduğu kabul edilir. Katolik yönetimlerce baskı altına alınarak devre dışı bırakılan Kilise,Osmanlı İmparatorluğu tarafından restore edilmiş,Kıbrıs Başpiskoposu Osmanlı yönetimi tarafındanKıbrıs Rum cematinin lideri olarak kabul edilmiştir.
Kıbrıs'ta Hristiyanlık havarilerBarnabas vePavlos'un Kıbrıs'ta vaizler vermesiyle başlar veprokonsülSergius Paulus'un Hristiyanlığı kabul etmesiyle Kıbrıs adası Hristiyanlarca yönetilen ilk bölge olur.[2] Kıbrıs Kilisesi bu dönemde kurulmuş olup daha sonra 431Birinci Efes Konsülü ileAntakya Patrikhanesi'nden bağımsız olduğu ilan edilmiş[3] ve bu durum ayrıca 478 yılındaRoma İmparatoru Zeno tarafından da onaylanmıştır.
7. yüzyılda Arap akınları sebebiyle başpiskoposluk makamı ve bazı çevreler Kıbrıs'tan kaçarak günümüzdekiErdek ve o dönemdekiKizikos yakınlarında Nova Justiniana adında bir yerleşim kurmuş, 698 yılında başpiskoposluğun geri dönmesiyle Nova Justiniana yerleşimi de Kıbrıs Kilisesi'ne dahil edilmiş, başpiskoposluk unvanı resmi olarakNova Justiniania ve Tüm Kıbrıs Başpiskoposu olmuştur.
Kıbrıs Krallığı'nın kurulmasıylaKatolik Kilisesi de Kıbrıs'a yerleşmiş ve Ortodoks Kilisesi'nin etkinliği Kıbrıs Krallarınca ve Katolik piskoposlarca kısıtlanmaya başlanmış ve piskopos sayısı 14'ten 4'e indirilmişti. 1260 yılında PapaIV. Alexander tarafından çıkartılanBulla Cypria fermanı ileKıbrıs Katolik Kilisesi ön plana çıkartılmış, Ortodoks Kilisesi de Katolik Kilisesi'ne bağlanmıştı. Bu durum Osmanlı İmparatorluğu'nun Kıbrıs'ı ele geçirmesi sonucunda Katolik Kilisesi'nin etkinliklerinin kısıtlanması ve Ortodoks Kilisesi'nin geleneksel yetkilerinin restore edilmesiyle sonlandı.
19. yüzyıl ile birlikte Kıbrıs KilisesiYunan milliyetçiliği'ni benimsemiş, 1821Yunan Bağımsızlık Savaşı'na destek çıkmıştır. Pek çok gönüllü Rum savaşmak içinMora'ya giderken Kıbrıs'taki çabalar başlamadan bastırılmış, dönemin başpiskoposuKiprianos ve diğer piskoposlar, yüzlerce diğer kişiyle birlikte idam edilmişti.
İngiliz idaresinin başlamasıyla beraberenosis için lobi çalışmalarına ön ayak olan Kilise,EOKA'nın başlattığı mücadelenin sivil liderliğini sağlamıştır.1960 Kıbrıs Anayasası ile hakları güvenceye alınan Kilise, 1972'de metropolitlerinIII. Makarios'uazletmeye kalkışması ile bir kriz yaşamış; 1974'tekiYunan darbesi veTürk askeri harekatı sonucunda da büyük zarar görmüştür; pek çok kilise malı Türk kontrolüne geçerek imha edilmiş veya ülke dışına kaçırılmış, savaşta işlenen suçlar sebebiyle Kilise liderliği kürtaja geçici izin vermek zorunda kalmıştır.
Günümüzde Kıbrıs'taki muhafazakar veRum milliyetçisi çevrenin bir parçası olan Kilise,Kıbrıs müzakereleri kapsamında kilise mallarına erişimin tekrar sağlanması ve savaş sırasında çalınan eserlerin iadesi konuları üzerinden sürecin bir parçası olmuş, Rum toplumunun yanı sıra devlet yönetimine de etki etmektedir.