Yerli halklar öteden beri Mestizolar tarafından baskı altına alınarak sosyal, ekonomik ve siyasal faaliyetin dışında tutulmuştur. Kaynağını sömürgeci önyargılardan alan Mestizo topluluğu ile yerli halklar arasındaki bu gerilim yüzyıllar boyunca sürmüş ve 1954 yılında liberal demokrat Jacobo Árbenz demokratik hükûmetine karşı Komünizm'in yayılmasından korkan ABD destekli bir darbe gerçekleştirilerek askerî cunta yönetimi kurulmuştu. Jacob Árbenz ve halefi Juan José Arévalo, ülkede toprak reformunun gerçekleştirilmesi dışında, sivil haklar ve işçi haklarının geliştirilmesinden sorumluydu. Albay Carlos Castillo yönetiminde kurulan askerî cunta, reformları iptal ederek sol partileri yasakladı. Guatemala'daki iç savaş, karışıklıklarla geçen 20-30 yılın ardından bazı genç subayların yozlaşmış hükûmete karşı darbe düzenlemeye çalışmasıyla patlak verdi. Ayaklanma başarısızlıkla sonuçlanınca kırsal bölgelere çekilen subaylar bir gerilla gücü meydana getirerek hükûmete karşı bir örtük savaş başlattılar.
Gerilla hareketi önceleri Küba'daki devrimci güçlerle birlikte hareket ederek ülkedeki Ladino bölgelerine yoğunlaşmıştı. Ancak son yirmi yıl içerisinde özellikle yerli halkların vatandaşlık haklarının tanınmasına odaklanan siyasi ve toplumsal reform mücadeleleri ön plana çıktı.
1982 yılında Guatemala ordusu henüz yeni kurulmuş olan Guatemala Devrimci Ulusal Birliği'ne (URNG) yönelik çok sayıda insanın ölümüne neden olan bir toptan imha politikası uyguladı.
1980'lerin ilk yarısında barışın sağlanması yönünde adımlar atıldı. Bu adımlar arasında yeni bir anayasa hazırlanması ve sivil bir başkanın seçilmesi bulunmaktaydı. 1987 yılında hükûmet ve URNG arasındaki görüşmeler başlamış olmasına rağmen URNG gerilla mücadelesine devam etmekteydi. Taraflar Birleşmiş Milletler'in 1993'teki girişimleriyle barış görüşmeleri için tekrar bir araya geldi ve nihayet başarı sağlandı.
