Deoksiriboz nükleik asit veya kısacaDNA, tümorganizmaların ve bazıvirüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olangenetik talimatları taşıyan birnükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır.Protein veRNA gibihücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçalarıgen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır (kromozomların şeklini belirlemek gibi), diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde (hangi hücrelerde, hangi şartlarda) kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.
Kimyasal olarak DNA,nükleotit olarak adlandırılan basit birimlerden oluşan iki uzunpolimerden oluşur. Bu polimerlerin omurgaları,ester bağları ile birbirine bağlanmışşeker vefosfat gruplarından meydana gelir. Bu iki iplik birbirine ters yönde uzanır. Her bir şeker grubunabaz olarak adlandırılan dört tip molekülden biri bağlıdır. DNA'nın omurgası boyunca bu bazların oluşturduğu dizi, genetik bilgiyi kodlar. Protein sentezi sırasında bu bilgi,genetik kod aracılığıyla okununca proteinlerinamino asit dizisini belirler. Bu süreç sırasında DNA'daki bilgi, DNA'ya benzer yapıya sahip başka bir nükleik asit olan RNA'ya kopyalanır. Bu işlemetranskripsiyon denir.
Hücrelerde DNA,kromozom olarak adlandırılan yapıların içinde yer alır.Hücre bölünmesinden evvel kromozomlar eşlenir, bu sıradaDNA ikileşmesi gerçekleşir.Ökaryot canlılar (yaniHayvan,bitki,mantar veProtistalar) DNA'larını hücre çekirdeği içinde bulundururkenprokaryot canlılarda (yanibakteri vearkelerde) DNA, hücresitoplazmasında yer alır. Kromozomlarda bulunankromatin proteinleri (histonlar gibi) DNA'yı sıkıştırıp organize ederler. Bu sıkışık yapılar DNA ile diğer proteinler arasındaki etkileşimleri düzenleyerek DNA'nın hangi kısımlarının okunacağını kontrol eder.
DNA'nın kimyasal yapısı.Hidrojen bağları noktalı çizgiler olarak gösterilmiştir.
Nükleotit olarak adlandırılan birimlerden oluşan birpolimerdir.[1][2] DNA zinciri 22 ila 26 Ångström arası (2,2-2,6nanometre) genişliktedir, bir nükleotit birim 3,3 Å (0.33 nm) uzunluğundadır.[3] Her bir birim çok küçük olmasına rağmen, DNA polimerleri milyonlarca nükleotitten oluşan muazzam moleküllerdir. Örneğin, en büyük insan kromozomu olan 1 numaralı kromozom yaklaşık 220 milyonbaz çifti uzunluğundadır.[4]
DNA'nın yarısı dişi bireyden yarısı da erkek bireyden gelir. Canlılarda DNA genelde tek bir molekül değil, birbirine sıkıca sarılı bir çift molekülden oluşur. Genelde çift sarmal olarak görülen DNA'nın günümüzde farklı çeşitleri görülmüştür.[5][6] Bu iki uzun iplik sarmaşık gibi birbirine sarılarak birçift sarmal oluşturur. Nükleotit birimler bir şeker, bir fosfat ve bir bazdan oluşurlar. Şeker ve fosfat DNA molekülünün omurgasını oluşturur, baz ise çifte sarmaldaki öbür DNA ipliği ile etkileşir. Genel olarak bir şekere bağlı bazanükleozit, bir şeker ve bir veya daha çok fosfata bağlı baza isenükleotit denir. Birden çok nükleotidin birbirine bağlı halinepolinükleotit denir.[7]
DNA ipliğinin omurgası almaşıklışeker vefosfat artıklarından oluşur.[8] DNA'da bulunan şeker 2-deoksiribozdur, bu birpentozdur (beş karbonlu şekerdir). Bitişik iki şekerden birinin 3 numaralı karbonu ile öbürünün 5 numaralı karbonatomu arasındaki fosfat grubu, birfosfodiester bağı oluşturarak şekerleri birbirine bağlar. Fosfodiester bağın asimetrik olması nedeniyle DNA ipliğinin bir yönü vardır. Çifte sarmalda bir iplikteki nükleotitlerin birbirine bağlanma yönü, öbür ipliktekilerin yönünün tersidir. DNA ipliklerinin bu düzenine anti-paralel denir. DNA ipliklerin asimetrik olan uçları5' (beş üssü) ve3' (üç üssü) olarak adlandırılır, 5' uç bir fosfat grubu, 3' uç ise bir hidroksil grubu taşır. DNA ve RNA arasındaki başlıca farklardan biri, içerdikleri şekerdir, RNA'da 2-deoksiriboz yerine başka bir pentoz şeker olanriboz bulunur.[6]
Çift sarmalı iki ipliğe bağlı bazlar arasındakihidrojen bağları DNA'yı stabilize eder. DNA'da bulunan dört baz,adenin (A olarak kısaltılır),sitozin (C),guanin (G) vetimin (T) olarak adlandırılır. Bu dört baz şeker-fosfata bağlanarak bir nükleotit oluşturur, örneğin "adenozin monofosfat" bir nükleotittir.
Bazlar iki tip olarak sınıflandırılırlar: adenin ve guanin,pürin türevleridir, bunlar beş ve altı üyeli halkaların kaynaşmasından oluşmuş heterosiklik bileşiklerdir; sitozin ve timin isepirimidin türevleridir, bunlar altı üyeli bir halkadan oluşur. Bir diğer baz olanurasil (U), sitozinin yıkımı sonucu seyrek olarak DNA'da bulunabilir. Kimyasal olarak DNA'ya benzeyenRNA'da timin yerine urasil bulunur.
DNA'nın büyük ve küçük oyukları. Büyük oyuk,Hoechst 33258 için bir bağlanma yeridir.
İki sarmal iplik DNA omurgasını oluşturur. Bu iplikler arasındaki boşluklar takip edilerek iki tane hayali boşluk veya oyuk daha bulunabilir. Bu oyuklar baz çiftlerine bitişiktir ve onlara bağlanmak için bir yer oluşturabilirler. Bu oyuklar birbirlerinin tam karşısında olmadıkları için büyüklükleri aynı değildir. Bunlardan büyük oyuk (majör oyuk) olarak adlandırılanı 22 Å genişliğinde, küçük (minör) oyuk ise 12 Å genişliğindedir.[9] Küçük oyuğun darlığı nedeniyle bazların kenarlarına erişmek büyük oyuktan daha kolaydır. Bu nedenle, DNA'daki belli baz dizilerine bağlanan,transkripsiyon faktörü gibi proteinler büyük oyuktan bazların kenarlarına temas ederler.[10] Hücredeki DNA'nın bazı bölgelerinde bu durum farklı olabilir (aşağıda "Alternatif çifte sarmal yapılar" bölümüne bakınız) ama oralarda dahi, eğer DNA normal B biçimini alacak şekilde burulsaydı görülecek büyüklük farklılıklarına göre adlandırılır.
Üstte, üçhidrojen bağlı birGC baz çifti. Altta, iki hidrojen bağlı birAT baz çifti. Bazlar arasındaki hidrojen bağları kesik çizgiler olarak gösterilmiştir.
DNA'nın bir ipliğindeki bir baz tipi, öbür iplikten tek bir baz tipi ile bağ kurar. Buna tümleyici (komplemanter) baz eşleşmesi denir: pürinler pirimidinler ilehidrojen bağı kurar, A yalnızca T'ye bağlanır, C de yalnızca G'ye bağlanır. Çift sarmalda karşıdan karşıya birbirine bağlı iki baza bir baz çifti denir. Çift sarmalı kararlı kılan ayrıcahidrofobik etki vepi istiflenmesi vardır, bunlar DNA dizisinden bağımsızdır.[11] Hidrojen bağlarıkovalent bağlardan daha zayıf olduklarından kolayca kopup tekrar oluşabilirler. Dolayısıyla DNA zincirinin iki ipliği, mekanik güç ile veya yüksek sıcaklıkta bir fermuar gibi kolayca birbirinden ayrılabilir.[12] Komplementerliğin bir sonucu olarak bir DNA sarmalındaki iki iplikli dizideki tüm bilgi ipliklerin her birinde kopyalanmış durumdadır, bu da DNA kopyalanması için esas bir özelliktir. Aslında komplementer baz çiftleri arasındaki spesifik ve tersinir etkileşimler DNA'nın canlılardaki işlevleri için şarttır.[1]
DNA molekülünün bilgisayar modellemesi. Adenin, timin, guanin ve sitozin çiftleşmeleri ve moleküler yapıları ayrıntılı olarak görülebilmektedir.
İki tip baz çifti farklı sayıda hidrojen bağları oluşturur, AT'nin iki hidrojen bağı, GC'nin üç hidrojen bağı vardır (bakınız şekil). Dolayısıyla GC çiftleri AT baz çiftlerinden daha güçlüdür. Dolayısıyla iki DNA ipliğinin birbirine bağlanma gücünü belirleyen, hem DNA çift sarmalının uzunluğu hem de onu oluşturan GC baz çiftlerinin yüzde oranıdır. Yüksek oranda GC'li uzun DNA'ların iplikleri birbirine daha sıkı bağlıdır, AT oranı yüksek kısa sarmalların iplikleri ise birbiriyle daha zayıf etkileşirler.[13] Biyolojide, DNA çifte sarmalının kolay ayrılması gereken bölgelerinde AT oranı yüksek olur, örneğin bazıpromotörlerde bulunan TATAATPribnow kutusu.[14] Laboratuvarda bu etkileşimin gücünü ölçmek için hidrojen bağlarını koparmak için gerekli sıcaklık,ergime sıcaklığı belirlenir (bu,Tm sıcaklığı olarak da adlandırılır). DNA çifte sarmalındaki tüm baz çiftleri eridikten sonra iplikler ayrışır ve çözeltide iki bağımsız molekül olarak varlığını sürdürür. Bu iki tek iplikli DNA molekülünün tek bir biçimi yoktur, ama bazı biçimler diğerlerinden daha kararlıdır.[15]
Bir DNA dizisi, eğer ondan protein sentezlemeye yarayan mesajcı RNA kopyası ile aynı diziye sahipse, "anlamlı" olduğu söylenir.[16] Öbür iplikteki diziye "ters anlamlı" dizi denir. Aynı DNA ipliğinin farklı bölgelerinde anlamlı ve ters anlamlı diziler bulunabilir, yani her iki iplikte hem anlamlı hem anlamsız diziler bulunur. Hem prokaryot ve ökaryotlarda ters anlamlı, yani protein üretimine yaramayan, RNA'nın üretildiği olur, bu RNA'ların işlevi hâlen tam bilinmemektedir.[17] Bir görüşe göre ters anlamlı RNA, RNA-RNA baz eşleşmesi yoluyla gen ifadesinin düzenlenmesine yaramaktadır.[18]
Bazı DNA dizilerinde anlam ve ters anlam kavramları birbirine karışır; çünkü bazen genler birbiriye örtüşebilir.[19] Böyle durumlarda bazı DNA dizileri çifte görev yapar, bir iplik boyunca okununca bir protein kodlar, öbür iplik boyunca okununca ikinci bir protein kodlar.Bakterilerde bu tür gen örtüşmelerinin gen transkripsiyonunun düzenlenmesi ile ilişkili olduğuna dair bulgular vardır,[20] virüslerde ise, genlerin örtüşmesi küçük bir viral genoma daha çok bilginin sığmasını sağlar.[21]
Süper burulma (İngilizcesupercoiling) tabir edilen bir süreç ile DNA bir halat gibi burulabilir. "Gevşek" hâlinde DNA'daki bir iplik, her 10,4 baz çiftinde bir, çift sarmalın ekseni etrafında bir tam dönüş yapar. Ama, eğer DNA burulursa iplikler daha sıkı veya daha gevşek sarılı olabilir.[22] Eğer DNA sarmalı sarılma yönünde burulursa buna pozitif süper burulma denir ve bazlar birbirlerine daha sıkı şekilde tutunurlar. Eğer DNA ters yönde burulursa, buna negatif süperburulma denir ve bazlar birbirlerinden daha kolay ayrışırlar. Doğadaki çoğu DNA molekülü az derecede negatif süper burguludur, bundantopoizomeraz adlıenzimler sorumludur.[23] Bu enzimlerin bir işlevitranskripsiyon veDNA ikileşmesi gibi süreçler sırasında DNA ipliklerine etki eden burulmayı bertaraf etmektir.[24]
DNA'nın çeşitli biçimleri (konformasyonları) mevcuttur.[8] Ancak, canlılarda sadeceA-DNA, B-DNA veZ-DNA gözlemlenmiştir. DNA'nın hangi biçimi aldığı DNA dizisine, süper burulmanın yönü ve miktarına, bazlardaki kimyasal değişimlere ve çözeltinin özelliklerine (metaliyonu vepoliamin konsantrasyonu gibi) bağlıdır.[25] Bu üç biçimden yukarıda betimlenmiş olan "B" biçimi, hücrelerde bulunan şartlar altında en sık görülenidir.[26]
B biçimine kıyasla DNA'nın A biçimi daha geniş bir sarmaldır, küçük oluk daha geniş ve sığ, büyük oluk da daha dar ve derindir. A biçimli nükleik asitler, fizyolojik olmayan şartlarda, suyunu kaybetmiş DNA örneklerinde görülür, hücre içinde ise DNA ve RNA ipliklerinin birbirine sarılmasından oluşan karma (hibrit) eşleşmelerde, ayrıca bazı enzim-DNA komplekslerinde meydana gelebilir.[27][28]Metilasyonla kimyasal değişime uğrayan DNA parçaları daha büyük biçimsel değişiklik gösteripZ biçimini alabilirler. Bu durumda iplikler sarmal ekseni etrafında dönerek sol elli bir spiral oluşturur, bu daha yaygın olan B biçimindekinin tersi yöndedir.[29] Bu sıra dışı yapılar Z-DNA bağlayıcı proteinler tarafından tanınır ve transkripsiyon kontrolü ile ilişkili olduğu sanılmaktadır.[30]
Doğrusal kromozomların uçlarındatelomer olarak adlandırılan özelleşmiş bölgeler bulunur. Bu bölgelerin ana fonksiyonu kromozom uçlarınıntelomeraz adlı enzim aracılığıyla kopyalanmasını sağlamaktır. DNA'yı normalde kopyalayan enzimler kromozomların en uç kısımlarını kopyalayamadığı için bu kopyalama telomeraz aracılığıyla yapılır.[32] Bu özelleşmiş kromozom başlıkları ayrıca DNA'nın uçlarını korurlar ve hücredekiDNA tamir sistemlerinin bunları tamir edilmesi gereken hasar olarak algılanmasını engellerler.[33] İnsan hücrelerinde telomerler genelde TTAGGG dizisinin birkaç bin kere tekrarından oluşan tek iplikli DNA uzantılarıdır.[34]
Buguanin zengini diziler normal DNA'daki baz çiftleri yerine, dört bazlı birimlerden meydana gelmiş istiflenme kümeleri ile kromozom uçlarını stabilize ederler. Burada dört guaninbazı yassı bir tabaka oluşturur, bunlar da birbiri üzerine istiflenerek kararlı birG-dörtlüsü (G-quadruplex) yapısı oluştururlar.[35] Bu yapıların stabilizasyonu, bazların kenarları arasındakihidrojen bağları ve her dört bazlı birimin ortasında yer alan bir metal iyonunşelasyonu ile gerçekleşir.[36] Bu G-dörtlüleri başka yollardan da oluşabilir: tek bir ipliğin birkaç kere katlanması ile bu dörtlü birim oluşabilir veya ikiden fazla farklı paralel ipliğin her birinin ortak yapıya bir baz temin etmesi ile de bu dört baz bir araya gelebilir.
Bu istiflenmiş yapıların yanı sıra,telomerler ayrıca telomer ilmiği (T-ilmiği;İngilizce:telomere loops veyaT-loops) adlı yapılar oluştururlar. Bunlar da tek iplikli DNA,telomer bağlanıcı proteinler tarafından stabilize edilmiş bir halka olarak kıvrılır.[37] Bir T-ilmiğinin en ucundaki tek iplikli DNA, çift iplikli bir DNA bölgesine bağlıdır. Bu birleşme noktasında tek iplikli telomer DNA'sı, çift iplikli DNA'nın çifte sarmalını bozup iki sarmaldan biri ile baz eşleşmesi yapar. Buüç sarmallı yapıya yer değişim halkası (İngilizcedisplacement loop veyaD-loop) denir.[35]
Kromatin adı verilen bir yapı içinde DNA'nın paketlenmesi ilekromozomlar meydana gelir. Bu paketlenme gen ifadesine etki eder. Baz değişimi (modifikasyonu) bu paketlenmeyle ilişkilidir, öyle kigen ifadesinin az olduğu veya hiç olmadığı yerlerdesitozin bazları yüksek derecedemetilasyona uğramıştır. Örneğin, sitozinmetilasyonu ile5-metilsitozin meydana gelir, buX kromozomu inaktivasyonu için önemlidir.[38] Ortalama metilasyon düzeyi canlıdan canlıya fark eder: solucanCaenorhabditis elegans'da sitozin metilasyonu olmaz, buna karşınomurgalı DNA'sının %1 kadarı 5-metilsitozin içerebilir.[39] 5-metilsitozinin önemli bir baz olmasına rağmen, onundeaminasyonu sonucu birtimin bazı oluşur, bu yüzden metillenmiş sitozinlermutasyona eğilimlidirler.[40] Diğer baz modifikasyonarı arasındabakterilerde görülen adenin metilasyonu vekinetoplastitlerdeurasilinglikozilasyonu sonunda meydana gelen "J-bazı" sayılabilir.[41][42]
Sigara dumanında bulunan başlıca mutagen olanbenzopiren ile DNA arasında oluşmuş bir eklenti (adduct)[43]
DNA çeşitli farklımutajenler tarafından hasara uğrayabilir, bunun sonucunda DNA dizisi değişebilir. Mutajenler arasında başlıca,yükseltgen (oksitleyici) etmenler, alkilleyici etmenler ve yüksek enerjili elektromanyetik ışınlar (morötesi ışık veX ışınları gibi) sayılabilir. DNA'da meydana gelen hasarın tipi mutagenin tipine bağlıdır. Örneğin, mor ötesi ışıktimin ikilileri (timin dimerleri) oluşturarak DNA'ya hasar verir.[44] Buna karşın,serbest radikaller veyahidrojen peroksit gibi yükseltgen etmenler çeşitli farklı türden hasar oluşturabilirler, baz değişimi (özellikle guanozin) ve iki iplikli kırılmalar gibi.[45] Her bir insan hücresinde günde 500 baz yükseltgeyici zarar görür.[46][47] Bu yükseltgeyici hasarlardan en zararlısı çift zincirli kırılmalardır; çünkü bunların onarımı zordur, bunlar DNA dizilerindenoktasal mutasyonlara,insersiyonlara vedelesyonlara ayrıca kromozomaltranslokasyonlara yol açabilirler.[48]
Çoğu mutajen, iki baz çifti arasındaki boşluğa girer, bunaenterkalasyon denir. Çoğu enterkalatörleraromatik ve düzlemsel moleküllerdir, bunlara örnek olaraketidyum bromür,daunomisin vedoksorubisin sayılabilir. Bir enterkalatörün iki baz çifti arasına girebilmesi için bunların arasının açılması, bunun olabilesi için de DNA sarmalının normalin aksi yönde burularak gevşemesi gerekir. Bunlar olunca transkripsiyon ve DNA ikilenmesi engellenir, zehirlenme ve mutasyonlar meydana gelir. Bu yüzden DNA enterkalatörleri çoğunluklakanserojendir, bunların iyi bilinen örnekleri olarakbenzopiren diol epoksit,akridin türevleriaflatoksin veetidyum bromür sayılabilir.[49][50][51] Tüm bunlara rağmen, DNA transkripsiyonuna engel olma özelliklerinden dolayı bu toksinler aynı zamanda hızla büyüyenkanser hücrelerini engellemek amacıylakemoterapide kullanılırlar.[52]
DNA, ökaryotlarda doğrusalkromozomlar, prokaryotlarda ise dairesel kromozomlar içinde bulunur. Bir hücredeki kromozomlar kümesine onungenomu denir;insan genomu 46 kromozom içinde yer alan yaklaşık 3 milyar baz çiftinden oluşur.[53] Protein ve diğer işlevsel RNA molekülleri kodlayan bilgi,gen adı verilen DNA parçalarınındizisinde yer alır. Genlerdeki genetik bilginin aktarılması baz eşleşmesi ile gerçekleşir. Örneğin, transkripsiyon sırasında bir DNA dizisinin ona komplementer bir RNA dizisi olarak kopyalanması, DNA ile doğru RNA nükleotitler arasındaki çekim ile mümkün olur. Protein çevrimi (translasyon) denen süreç sırasında bu RNA dizisine kaşılık gelen bir protein sentezlenirken, RNA nükleotitleri arasında gene baz eşleşmesi olur. Bir diğer önemli biyolojik süreç, hücredeki genetik bilginin kopyalanması olan DNA ikilenmesidir. Bu işlevlerin ayrıntıları başka maddelerde işlenmiştir; burada DNA ile genomun fonksiyonlarını yerine getiren diğer moleküller arasındaki etkileşimler ele alınmıştır.
Genomu oluşturan DNA ökaryotlardahücre çekirdeğinde, ayrıca az miktardamitokondrilerde bulunur. Prokaryotlardaki DNA, sitoplazma içinde yer alan, düzensiz şekillinükleoit denen cismin içindedir.[54] Genom tarafından kodlanan bilgi genlerde yer alır, bir canlı birey tarafından taşınan bu bilginin tamamına onungenotipi denir. Gen kalıtımsal bir birimdir ve organizmanın belli bir özelliğini belirleyen bir DNA dizisi ile tanımlanır. Ayrıca, bu DNA bölgesinin transkripsiyonunu düzenleyen diziler (promotör vehızlandırıcılar gibi) de vardır.
Çoğu biyolojiktürde genomdaki dizilerin ancak ufak bir bölümü protein kodlar. Örneğin insan genomunun ancak %1'i proteineksonları kodlar, buna karşın insan DNA'sının %50'si protein kodlamayan, kendini tekrar eden dizilerden oluşur.[55] Ökaryot genomlarında bu kadar çok protein kodlamayan DNA'nın bulunması ve türlerin genom büyüklüğündeki ("C-değeri"ndeki) büyük farklılıkların nedeni henüz anlaşılamamıştır ve "C değeri muamması" olarak bilinir.[56] Ancak, protein kodlamayan (non-coding) DNA dizileri gene de işlevselkodlamayan RNA molekülleri kodlamaktadır, bunlar da gen ifadesinin düzenlenmesinde rol oynarlar.[57]
Bazı kodlamayan DNA dizileri kromozomlar için yapısal rol oynarlar.Telomer vesentromerler tipik olarak çok az sayıda gen içerir, ama kromozomların işlev ve stabilitesi için önemlidir.[33][59] İnsanlarda bulunan kodlamayan DNA'ların önemli bir türüpsödogenlerdir, bunlar mutasyon sonucu çalışmaz hale gelmiş genlerin kopyalarıdır.[60] Bu DNA dizileri genelde birer moleküler fosilden ibarettir ama bazengen ikilenmesi veıraksak evrim süreçleri sonucu yeni genlerin oluşumuna ham madde olabilirler.[61]
Genler, işlevsel moleküller kodlayan DNA dizileridir, bunlar canlınınfenotipini belirler. Protein kodlayan genler durumunda DNA dizisi birmesajcı RNA dizisini tanımlar, bu da bir veya birkaç proteinin dizisini belirler. Genlerdeki DNA dizisi ile proteinlerdeki amino asit dizisi arasındaki ilişki, biyolojik çevrim (translasyon) kuralları tarafından belirlenir, bunlar toplucagenetik kod ile özetlenir. Genetik kod, üç nükleotitlik dizilere karşılık gelen, üç harfli 'kelimelerden' oluşur (örneğin, ACT, CAG, TTT), bu üçlülerkodon olarak adlandırılır.
Transkripsiyonda, protein kodlayan bir genin kodonları önceRNA polimeraz tarafından bir mesajcı RNA şeklinde kopyalanır. Bu RNA kopya, ardından birribozom tarafından deşifre edilir; ribozom, mesajcı RNA ile amino asit taşıyantaşıyıcı RNA'lar arasında baz eşlemesi yaparak onu okur. Dört bazın 3'lü kombinasyonları olabildiği için 64 olası kodon vardır ( kombinasyon). Bunlar yirmistandart amino asidi kodlarlar, böylece çoğu amino asite birden çok kodon düşer. Ayrıca, protein kodlayıcı bölgenin sonuna işaret eden üç tane de 'stop' veya anlamsız (nonsense) kodon vardır, bunlar TAA, TGA ve TAG kodonlarıdır.
DNA ikileşmesi. DNA çift sarmalı birhelikaz vetopoizomeraz tarafından açılır. Ardından, bir DNA polimeraz, öncü ipliği üretir. Bir diğer DNA polimeraz ise gecikmeli ipliğe (kesintili zincire) bağlanır ve onu uzatarak kesintili parçalar sentezler (bunlarOkazaki parçası olarak adlandırılır), sonra bunlarDNA ligaz tarafından birleştirilir.
Canlıların çoğalması ve (çok hücreli canlıların) büyümesi içinhücre bölünmesi gereklidir. Ancak bir hücre bölünürken DNA'sını da kopyalamak zorundadır ki iki yavru hücre ana hücredeki genetik bilginin aynısına sahip olsunlar. DNA'nın iki iplikli yapısıDNA ikileşmesi (DNA duplikasyonu) için basit bir mekanizma sağlar. İki iplik ayrışırlar, sonra her bir iplikteki dizinin komplementer dizisiDNA polimeraz adlı birenzim tarafından imal edilir. Bu enzim, tümleyici ipliği sentezlemek için gereken her bazın doğru olanını baz eşleşmesi yoluyla seçer ve onu uzamakta olan ipliğe ekler. DNA polimeraz bir DNA ipliğini ancak 5' - 3' yönünde uzatabildiği için, bir çifte sarmalın antiparalel ipliklerininin kopyalanması için farklı mekanizmalar mevcuttur.[62] Böylece, eski iplikteki baz, yeni ipliğe eklenen bazları belirler, sonunda hücre DNA'sının mükemmel bir kopyasını elde eder.
DNA'nın tüm işlevleri onun proteinlerle olan etkileşimine bağlıdır. Bu protein etkileşimlerinin bazıları özgül-dışıdır (non-spesifiktir), bazılarında ise protein ancak belli bir DNA dizisine bağlanabilir.Enzimler de DNA'ya bağlanabilir ve bunlar arasında DNA baz disini transkripsiyon ve DNA ikilemesi için kopyalayan polimerazlar özellikle çok önemlidir.
DNA'ya bağlanan yapısal proteinler, non-spesifik DNA-protein etkileşimlerinin iyi anlaşılmış örneklerindendir. Kromozomlarda bulunan DNA, yapısal proteinlerle beraber kompleksler oluşturur. Bu proteinler DNA'yıkromatin adlı kompakt yapı içinde organize ederler. Ökaryotlarda kromatinin oluşmasında DNA'nınhiston adlı küçük, bazik proteinlere bağlanması önemli bir rol oynar; prokaryotlarda ise çeşitli başka protein türleri DNA'ya bağlanır.[63][64] Histonlar,nükleozom adlı disk şeklinde bir kompleks oluştururlar, çift iplikli DNA buna sarılarak iki kere bunun etrafında döner. Histonların bazik kalıntıları ile DNA'nın şeker-fosfat omurgasındaki asidik fosfatlar arasındakiiyonik bağlar, non-spesifik bir etkileşim oluşturur, baz dizisinden büyük ölçüde bağımsızdırlar.[65] Bu bazik amino asitlerin kimyasal değişimleri arasındametilasyon,fosforilasyon veasetilasyon sayılabilir.[66] Bu kimyasal değişimler, DNA'nın histonlarla etkileşimini etkiler, bunun sonucunda DNA'yatranskripsiyon faktörlerinin erişimi ve transkripsiyon hızı değişir.[67] Kromatinde bulunan diğer non-spesifik DNA'ya bağlanıcı proteinler arasında bulunanyüksek hareketli grup proteinleri (ing. high-mobility group proteins) bükülmüş veya distorte olmuş DNA'ya bağlanır.[68] Bu proteinler, bitişik nükleozom gruplarını bükerek daha büyük ölçekli yapılar oluştururlar ve kromozomları meydana getirirler.[69]
DNA'ya bağlanıcı proteinler arasında bulunan başlıca bir protein grubu, tek iplikli DNA'ya bağlanıcı proteinlerdir (bunlartek iplikli DNA bağlayıcı protein olarak da adlandırılırlar). İnsandareplikasyon protein A bu protein ailesinin en iyi anlaşılmış üyesi sayılır, bu protein, çifte sarmalın ayrıştığı durumlarda, örneğin DNA ikileşmesi, rekombinasyon ve DNA tamirinde işlev görür.[70] Bu proteinler tek iplikli DNA'yı kararlı kılar, onunsap-ilmik (stem-loop) oluşturmasına veyanükleazlar tarafından yıkımına engel olurlar.
Lambda represörü DNA'daki hedef dizisine bağlanmış haliyle[71]
Yukarıda değinilen proteinlerden farklı olarak başka proteinler belli DNA dizilerine bağlanacak şekilde evrimleşmişlerdir. Bunların en iyi araştırılmış olanlarıtranskripsiyon faktörleridir, bunlar transkripsiyonu düzenleyen proteinlerdir. Her transkripsiyon faktörü belli bir DNA diziler kümesine bağlanır ve bu dizilere yakın protörleri olan genlerin transkripsiyonunu etkinleştirir veya engeller. Transkripsiyon faktörleri bunu iki farklı yoldan gerçekleştirir. Birincisi, transkripsiyondan sorumlu olan RNA polimeraz bağlanırlar, bunu ya doğrudan ya da aracı proteinlerle yaparlar, bunun sonucunda polimeraz promotöre yakın bir konuma yerleştirilmiş olur ve transkripsiyona başlaması mümkün hale gelir.[72] Bir diğer yolda ise, transkripsiyon faktörleri promotörde yer alan histonları kimyasal değişime uğratanenzimlere bağlanırlar; bunun sonucunda polimerazın DNA'ya erişimi değişir.[73]
Bu DNA bağlanma dizileri bir canlının genomunun her tarafında bulunabileceği için, bir transkripsiyon faktörünün etkinliğinde meydan gelen değişiklikler binlerce gene etki edebilir.[74] Dolayısıyla bu proteinler çoklukla, çevresel değişiklikler, hücresel başkalaşım ve gelişimi kontrol eden süreçlerle ilişkili olansinyal iletim süreçlerinin hedefidirler. Bu transkripsiyon faktörlerinin DNA ile etkileşimindeki spesifisite, proteinin DNA bazlarının kenarları ile yaptığı temaslardan kaynaklanmaktadır, bu sayede bu proteinler DNA'nın dizisini "okurlar". Bazlarla olan bu etkileşimlerin çoğu, bu bazlara kolaylıkla erişilebilen büyük olukta meydan gelir.[75]
DNA ligaz enzimleri kesilmiş veya kırık DNA ipliklerini birleştirir.[78] Ligazlar özelliklegecikmeli iplik DNA ikileşmesinde önemli bir rol oynarlar; çünkü replikasyon çatalında meydana gelen kısa DNA parçalarını birleştirirler. AyrıcaDNA tamiri vegenetik rekombinasyonda kullanılırlar.
Topoizomerazlar hem nükleaz hem de ligaz etkinliğine sahiptir. Bu proteinler DNA'daki süper burulma derecesini değiştirirler. Bu enzimlerin bazıları DNA sarmalının bir ipliğini kesip bunun öbürü etrafında dönmesini sağlar, sonra da DNA'daki kesiği tekrar birleştirir.[23] Bu enzimlerin diğerleri ise DNA sarmalının bir ipliğini kesip öbür ipliğin bu kesiğin içinden kesmesini sağlarlar, sonra kesiği tekrar birleştirirler.[79] Topoizomerazlar DNA'yla ilgili pek çok süreçte yer alırlar, DNA ikileşmesi ve transkripsiyonu gibi.[24]
Helikazlarmoleküler motor özellikli proteinlerdir.Nükleozit trifosfatlarda, özellikleATP'de taşınan kimyasal enerjiyi kullanıp bazlar arasındaki hidrojen bağlarını kırarlar ve DNA çifte sarmalını ters yönde burarak onu tek iplikler halinde açarlar.[80] Bu enzimler DNA bazlarına erişmeye gerek duyan enzimlerin bulunduğu süreçlerde gereklidir.
Nükleik asitpolimerazları,nükleozit trifosfatlardan polinükleotit zincirler sentezleyenenzimlerdir. Ürettikleri ürünler var olan polinükleotit zincirlerinin (bunlarakalıp denir) kopyalarıdır. Bu enzimler, bir DNA zincirindeki en son nükleotitin 3'hidroksil grubuna yeni bir nükleotit ekleyerek çalışır. Dolayısıyla tüm polimerazlar 5' - 3' doğrultusunda ilerler.[81] Bu enzimlerinaktif bölgesinde, gelen nükleozit trifosfat kalıp ile baz eşleşmesi yapar; bu sayede polimeraz, kalıba komplementer bir ipliği doğru bir şekilde sentezleyebilir. Polimerazlar kullandıkları kalıbın tipine göre sınıflandırılır.
DNA ikileşmesinde, DNA-bağımlısıDNA polimeraz, bir DNA dizisinin kopyasını yapar. Bu süreçte hata olmaması hayatî önem taşıdığı için bu tip polimerazlarının çoğundaprova okuma aktivitesi bulunur. Bunlarda, sentez reaksiyonunda meydana gelen ender hatalar, baz eşleşmesinin doğru olmamasıyla anlaşılır. Eğer bir uyumsuzluk algılanırsa, 3'-5' yönünde çalışan bir eksonükleaz aktivitesi etkinleştirilir ve hatalı baz çıkartılır.[82] Çoğu canlıda DNA polimerazlarreplizom olarak adlandırılan ve yardımcı alt birimler (DNA kıskacı vehelikazlar gibi) içeren büyük bir kompleks içinde yer alır.[83]
RNA-bağımlısı DNA polimerazlar RNA ipliğinde bulunan diziyi DNA olarak kopyalayan özel bir polimeraz sınıfıdır.Ters transkiptazlar bu sınıfa dâhildir, bunlarviral enzimler olup hücrelerinretrovirüsler tarafından enfeksiyonunda yer alırlar. Telomerazlar da bu sınıfa dâhildir, bunlar da telomerlerin ikilenmesi için gereklidir.[32][84] Telomerazı diğer bu tip enzimlerden farklı kılan bir özelliği, kullandığı RNA kalıbının kendi yapısının bir parçası olmasıdır.[33]
Transkripsiyon, DNA-bağımlısı RNA polimeraz tarafından gerçekleştirilir, bu enzim DNA ipliğindeki diziyi RNA olarak kopyalar. Bir genin transkripsiyonu için RNA polimeraz, DNA üzerinde promotör adlı bir bölgeye bağlanır ve DNA ipliklerini ayrıştırır. Sonra genin dizisini bir RNA zinciri olarak kopyalar, ta ki terminatör (sonlayıcı, İng. 'terminator') adlı bir DNA bölgesine gelip orada durup DNA'dan kopana kadar. DNA bağımlı DNA polimerazda olduğu gibi, RNA polimeraz II (ökaryotlardaki çoğu genin transkripsiyonun yapan enzim) de çeşitli düzenleyici ve yardımcı proteinlerden oluşmuş büyük bir protein kompleksinin parçası olarak çalışır.[85]
Rekombinasyon iki kromozomun (M ve F) kesilip birleştirilmesi ile iki yeni kromozomun (C1 ve C2) meydana gelmesidir.
Bir DNA sarmalı genelde başka DNA parçaları ile etkileşmez, hatta insan hücrelerinde farklı kromozomlar çekirdekte farklı bölgelerde yer alırlar.[87] Farklı kromozomların fiziksel olarak bu şekilde ayrı tutulması DNA'nın kararlı bir bilgi deposu olarak işlev görmesinde önemli bir rol oynar. Kromozomların birbiriyle etkileştiği zamanlar sadecerekombinasyona girdiklerikrosover sırasındadır. Krosover sırasında iki DNA sarmalı kesilir, bir bölüm yer değiştirir ve kesik uçlar birleşir.
Rekombinasyon sayesinde kromozomlar arasında genetik bilgi takası olur ve yeni gen kombinasyonları meydana gelir, bunundoğal seleksiyonun verimini artırdığı ve yeni proteinlerin hızlı evrimleşmesinde önemli olduğu düşünülmektedir.[88] Genetik rekombinasyon DNA tamiriyle de ilişkilidir, özellikle çift iplikli kırılmalara hücrenin tepkisinde.[89]
Kromozom sarılmasının en yaygın şeklihomolog rekombinasyondur, bunda iki kromozom birbirine çok benzer dizilere sahiptir. Non-homolog rekombinasyon hücreye zarar verici olabilir çünkükromozomal translokasyon ve genetik anormalliklere yol açabilir. Rekombinasyon tepkimesirekombinaz olarak adlandırılan enzimler (örneğinRAD51) tarafından katalizlenir.[90] Rekombinasyonun ilk adımı çift iplikli bir kesik oluşturulmasıdır, bu ya bir endonükleaz ya da DNA hasarı sonucunda meydana gelir.[91] Rekombinaz tarafından kısmenkatalizlenen bir dizi adım sonucunda iki sarmal en az birHolliday bağlantısı tarafından birleştirilir: her sarmalın bir ipliği, öbür sarmalda ona komplementer olan öbür iplik ile kaynaşır. Holliday bağlantısı,tetrahedral bir yapıdır, bu şekilde birleşmiş iki kromozomda bir ipliğin bir diğeriyle yer değiştirmesiyle bu yapı kromozomlar boyunca ilerler. Rekombinasyon tepkimesi, bağlantının kesilmesi ve serbest kalan DNA uçlarının tekrar birleşmesi ile son bulur.[92]
DNA'da bulunan genetik bilgi tüm modern canlıların işlev görmesine, yani büyümesi ve çoğalmasına olanak sağlar. Ancak, 4 milyar yıldır sürmekte olan yaşamın tarihçesi boyunca DNA'nın bu işlevi yerine getirdiği belli değildir, yaşamın en eski biçimlerinin kullanmış olduğu kalıtsal malzemenin RNA olduğu öne sürülmüştür.[81][93] RNA, hem genetik bilgi aktarma hem deribozimlerin parçası olarak katalizör özelliğine sahip olmasından dolayı ilk hücrelerin metabolizmasında merkezî bir rol oynamış olabilir.[94] Nükleik asitlerin hem kalıtımda hem de katalizde rol oynadığı bu eskiRNA dünyası, günümüz genetik kodunun dört nükleotit bazından oluşmuş şekildeevrimleşmesine etki etmiş olabilir. Bunun nedeni, bir canlıdaki bazların sayısının azlığının replikasyon verimini artıracağı ama bazların çokluğunun ise ribozimlerin katalitik verimini artıracağı, bu iki zıt etki ile kalıtsal bilgiyi kodlayan baz sayısının dört olarak dengelenmiş olabileceği öne sürülmüştür.[95]
Ne var ki, eski genetik sistemler hakkında doğrudan delil mevcut değildir; çünkü çoğu fosillerden DNA elde edilmesi mümkün değildir. Bunun nedeni, çevre etkilerine maruz kalan DNA'nın bir milyon yıldan az süre dayanması ve çözelti içinde zamanla küçük parçalara yıkımıdır.[96] Eski DNA'nın izole edilmiş olduğuna dair iddialar vardır, özellikle 250 milyon yıl evvelden kalma bir tuz kristali içinde canlı kalmış bir bakterinin izole edildiği iddia edilmiştir[97] ama bu iddialar tartışmalıdır.[98][99]
Adli bilimciler, bir suç mahalinde bulunmuşkan,meni,deri,tükürük veyasaçta bulunan DNA'yı kullanarak bir failin kimliğini belirleyebilirler. Bu işleme genetik parmak izi çıkarma veya genetik profilleme denir. DNA profillemesinde, tekrarlı diziler (mikrosatelit veminisatelit) içeren DNA'nın değişken kısımlarının uzunlukları belirlenir, bunlar farklı insanlarda karşılaştırılır. Bu yöntem bir suçlunun tanınması için son derece güvenilir bir yöntemdir.[104] Ancak, eğer suç mahaline birden fazla kişinin DNA'sı bulaşmışsa bu kimlik belirleme işlemi karmaşıklaşabilir.[105] DNA profillemesi 1984'te Britanyalı genetikçi SirAlec Jeffreys[106] tarafından geliştirilmiş ve adli bilimde ilk defa 1988'deEnderby cinayetleri için Colin Pitchfork'un suçlu bulnmasında kullanılmıştır.[107] Bazı tür suçları işlemiş kişiler bir veritabanında depolanmak amacıyla kendi DNA'larından bir örnek vermeye mecbur tutulabilirler. Bu sayede suç mahalinde bulunmuş DNA örneğinden başka elde hiçbir delil bulunmayan bazı eski vakalar çözülebilmiştir. DNA profillemesi katliam kurbanlarının kimliklerinin belirlenmesinde de kullanılmıştır.[108]
DNA dizilerinin bilgisayar aracılığıyla işlenmesi, aranması ve analizi,biyoenformatik bilminin konuları arasındadır. DNA dizilerinin depolanması ve aranması için yöntemlerin geliştirilmesi sayesinde bilgisayar bilimlerinde önemli ilerlemeler kaydedilmiştir, özellikledizi arama algoritmaları,makine öğrenimi veveritabanı teorisi konularında.[109] Dizi arama ve eşleştirme algoritmaları harflerden oluşan uzun diziler içinde daha kısa harf dizilerinin bulunmasıyla ilgilidir, bunlar belli nükleotit dizilerinin bulunması için geliştirilmiştir.[110]Yazı editörü programlarının kullandığı algoritmalar DNA dizileri durumunda son derece verimsiz çalışırlar, DNA dizilerini oluşturan farklı karakterlerin küçük sayısından dolayı. Bununla ilişkili olan dizi hizalama problemi isebenzer dizileri bulmayı ve bunları birbirinden farklı kılanmutasyonları tanımlamayı amaçlar. Bu teknikler, özellikleçoklu dizi hizalaması,filogenetik ilişki ve protein işlevi araştırmalarında kullanılır.[111] Bir genomun tamamına karşılık gelen DNA dizilerinin kullanılması için bu dizilerin üzerinde genlerin ve onların düzenleyici elemanlarının yerlerinin kaydedilmesi (İng.annotation) gerekmektedir. DNA dizilerinde protein veya RNA kodlayıcı genlerin özelliklerine sahip bölgelerin tanınması,gen bulma algoritmaları sayesinde mümkündür, bunlar sayesinde bilim insanları birgenin ürününü, bu ürün daha laboratuvarda saflaştırılmadan önce tahmin edebilirler.[112]
Solda şematik gösterilen DNA yapısı, atom güç mikroskobu ile sağda görüntülenen yapıyı kendi kendine oluşturacaktır. DNA naonteknolojisi, DNA'nın moleküler tanıma özelliklerini kullanarak nanometre boyutlarında yapılar tasarlamayı amaçlayan bilim dalıdır. Resim kaynağı: Strong, 2004.[1]
DNA nanoteknolojisi DNA'ya hasmoleküler tanıma özelliklerini kullanarak faydalı özelliklere sahip, kendi kendini oluşturan, dallı DNA kompleksleri imal eder. DNA böylece biyolojik bilgi taşımak için değil, yapısal bir malzeme olarak kullanılır. Bu yolla iki boyutlu periyodik dizilimler ve polihedral şekilli üç boyutlu yapılar yaratılmıştır.Nanomekanik araçlar vealgoritmik olarak oluşan yapılar da gösterilmiş, bu DNA yapıları ile başka moleküllerin (altın nano tanecikleri vestreptavidin proteinlerinin) düzenlenmesi sağlanabilmiştir.
Zaman içinde DNA'da biriken mutasyonlar sonra kalıtsal olarak aktarıldığı için, taşıdığı bilgi bir anlamda tarihseldir. Genetikçiler DNA dizlerini karşılaştırarak bir canlının evrimsel tarihi yani onunfilogenetiği hakkında çıkarımlar yapabilirler.[113] Filogenetik sahası evrimsel biyolojide güçlü bir araçtır. Bir türün bireylerine ait DNA dizileri karşılaştırıldığında topluluk genetikçileri o topluluğun tarihine dair bilgiler edinebilirler.Ekolojik genetiktenantropolojiye kadar uzanan çeşitli sahalarda bu bilgilerden yararlanılabilir. Örneğin,Tevrat'ta söz konusu olanİsrail'in on kayıp kavmi, DNA bulguları ile tanımlanmaktadır.[114][115]
DNA ayrıca aile ilişkilerini belirlemek için de kullanılmıştır, örneğin Amerikan başkanlarındanThomas Jefferson'un kölesiSally Hemings'in soyundan kişiler ile Jefferson arasında akrabalık olduğunun kanıtlanmasında. Bu şekilde kullanım, yukarıda değinilen suç tahkikatlarında DNA'nın kullanılmasına benzerdir. Nitekim, bazı tahkikatların çözümlenmesi, suç mahalinde bulunan DNA'nın suçlunun akrabalarının DNA'sıyla uyuşması sayesinde olmuştur.[116]
DNA ilk kez İsviçreli hekimFriedrich Miescher tarafından saflaştırılmıştır, kendisi 1869'da atık cerrahi pansumanlardaki irin içinde mikroskobik bir madde keşfetmiştir. Hücre çekirdeklerinde (nükleus) bulunduğu için ona "nüklein" adını vermiştir.[117] 1919'daPhoebus Levene, nükleotit birimleri oluşturan baz, şeker ve fosfatı tanımlamıştır.[118] Levene DNA'nın, birbirine fosfat grupları ile bağlı olan nükleotit birimlerden oluşan bir zincir olduğunu öne sürmüştür. Ancak, Levene, bu zincirin kısa olduğunu ve bazların kendini tekrar eden bir sıralamaya sahip olduğunu düşünmüştür. 1937'deWilliam Astbury DNA'nın düzenli bir yapıya sahip olduğunu gösteren ilk X ışını difraksiyon görüntülerini elde etti.[119]
1928'deFrederick Griffith,Pnömokok bakterisinin "düz" şeklini belirleyen özelliğin "buruşuk" şekilli Pnömokok bakterilere aktarılmasının mümkün olduğunu, bunun için ölü "düz" bakterilerin canlı "buruşuk" bakterilerle karıştırılmasının yettiğini gösterdi.[120] Bu deneysel sistemi kullanarakOswald Avery ve arkadaşlarıColin MacLeod veMaclyn McCarty 1943'te değiştirici etmenin DNA olduğunu gösterdiler.[121] 1952'deAlfred Hershey veMartha Chase tarafındanHershey-Chase deneyindeT2 fajının genetik malzemesinin DNA olduğunu göstererek DNA'nın kalıtımdaki rolünü teyit ettiler.[122]
Raymond Gosling, DNA'nın X-ışını kırınım görüntüsünün (Rosalind Franklin ile birlikte) üreticisi
1953'te James D. Watson ve Francis Crick DNA'nın bugün kabul görmüş yapısınıNature dergisinde öne sürdüler.[123] Çift sarmallı moleküler modelleri tek birX-ışını kırınım resmine dayanmaktaydı, bu resimRosalind Franklin veRaymond Gosling tarafından Mayıs 1952'de elde edilmişti. Modellerini dayandırdıkları bir diğer bilgi Erwin Chargaff'ın evvelki yıllarda kendilerine özel olarak iletmiş olduğu, DNA bazlarının birbiriyle eşleştiğiydi.Chargaff kuralları hem B-DNA'nın hem de A-DNA'nın çifte sarmallı biçimini tespit etmekte önemli bir rol oynamıştır.
Watson ve Crick modelini destekleyen deneysel kanıtlarNature dergisinin aynı sayısında yayımlanan beş makalede yer aldı.[124] Bunlardan Franklin ve Gosling'in makalesi, Watson ve Crick modelini kısmen destekleyen, kendi X-ışını kırınım verileri ve analiz yönteminin ilk yayımlanmasıydı.[125][126] Dergini aynı sayısında DNA yapısı hakkındaMaurice Wilkins ve iki arkadaşının bir makalesi vardı, onlarınin vivo B-DNA X-ışını kırınım örüntüleri üzerinde yaptıkları analizler, iki sayfa geride Crick ve Watson tarafından önerilen çifte sarmal modelini destekliyordu.[127] 1962'de Franklin'in ölümünden sonra Watson, Crick ve Wilkins birlikteNobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'nü kazandılar.[128] O zamanki Nobel ödülleri ancak hayatta olan kişilere ödülün verilmesine izin veriyordu. Keşif için kimlerin kredi alması gerektiği hakkında tartışma devam etmektedir.[129]
Crick, 1957'de yaptığı etkili bir sunumda, moleküler biyolojinin "Temel Dogması"nı ortaya koyarak DNA, RNA ve proteinler arasındaki ilişkiyi, bu konuda kanıtlar henüz tamamen toplanmadan özetledi, ayrıca "adaptör hipotezi"ni dile getirdi.[130] Çift sarmallı yapının ima ettiği kopyalama mekanizmasının teyidi, 1958'de yayımlananMeselson-Stahl deneyi ile edildi.[131] Crick ve arkadaşları tarafından yapılan diğer çalışmalar genetik kodun, kodon olarak adlandırılan, örtüşmeyen baz üçlülerinden oluştuğunu gösterdi, bu sayedeHar Gobind Khorana,Robert W. Holley veMarshall Warren Nirenberg genetik kodu çözdüler.[132] Bu keşifler moleküler biyolojinin doğumuna karşılık gelir.
^abGhosh A, Bansal M (2003). "A glossary of DNA structures from A to Z".Acta Crystallogr D Biol Crystallogr.59 (Pt 4). ss. 620-6.doi:10.1107/S0907444903003251.PMID12657780.
^Ponnuswamy P, Gromiha M (1994). "On the conformational stability of oligonucleotide duplexes and tRNA molecules".J Theor Biol.169 (4). ss. 419-32.doi:10.1006/jtbi.1994.1163.PMID7526075.
^Isaksson J, Acharya S, Barman J, Cheruku P, Chattopadhyaya J (2004). "Single-stranded adenine-rich DNA and RNA retain structural characteristics of their respective double-stranded conformations and show directional differences in stacking pattern".Biochemistry.43 (51). ss. 15996-6010.doi:10.1021/bi048221v.PMID15609994.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Johnson Z, Chisholm S (2004). "Properties of overlapping genes are conserved across microbial genomes".Genome Res.14 (11). ss. 2268-72.doi:10.1101/gr.2433104.PMID15520290.
^Lamb R, Horvath C (1991). "Diversity of coding strategies in influenza viruses".Trends Genet.7 (8). ss. 261-6.PMID1771674.
^abWang J (2002). "Cellular roles of DNA topoisomerases: a molecular perspective".Nat Rev Mol Cell Biol.3 (6). ss. 430-40.doi:10.1038/nrm831.PMID12042765.
^Basu H, Feuerstein B, Zarling D, Shafer R, Marton L (1988). "Recognition of Z-RNA and Z-DNA determinants by polyamines in solution: experimental and theoretical studies".J Biomol Struct Dyn.6 (2). ss. 299-309.PMID2482766.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Leslie AG, Arnott S, Chandrasekaran R, Ratliff RL (1980). "Polymorphism of DNA double helices".J. Mol. Biol.143 (1). ss. 49-72.doi:10.1016/0022-2836(80)90124-2.PMID7441761.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Lu XJ, Shakked Z, Olson WK (2000). "A-form conformational motifs in ligand-bound DNA structures".J. Mol. Biol.300 (4). ss. 819-40.doi:10.1006/jmbi.2000.3690.PMID10891271.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Rothenburg S, Koch-Nolte F, Haag F (2001). "DNA methylation and Z-DNA formation as mediators of quantitative differences in the expression of alleles".Immunol Rev. Cilt 184. ss. 286-98.doi:10.1034/j.1600-065x.2001.1840125.x.PMID12086319.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^abGreider C, Blackburn E (1985). "Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts".Cell.43 (2 Pt 1). ss. 405-13.doi:10.1016/0092-8674(85)90170-9.PMID3907856.
^Griffith J, Comeau L, Rosenfield S, Stansel R, Bianchi A, Moss H, de Lange T (1999). "Mammalian telomeres end in a large duplex loop".Cell.97 (4). ss. 503-14.doi:10.1016/S0092-8674(00)80760-6.PMID10338214.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Ratel D, Ravanat J, Berger F, Wion D (2006). "N6-methyladenine: the other methylated base of DNA".Bioessays.28 (3). ss. 309-15.doi:10.1002/bies.20342.PMID16479578.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Gommers-Ampt J, Van Leeuwen F, de Beer A, Vliegenthart J, Dizdaroglu M, Kowalak J, Crain P, Borst P (1993). "beta-D-glucosyl-hydroxymethyluracil: a novel modified base present in the DNA of the parasitic protozoan T. brucei".Cell.75 (6). ss. 1129-36.doi:10.1016/0092-8674(93)90322-H.PMID8261512.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Douki T, Reynaud-Angelin A, Cadet J, Sage E (2003). "Bipyrimidine photoproducts rather than oxidative lesions are the main type of DNA damage involved in the genotoxic effect of solar UVA radiation".Biochemistry.42 (30). ss. 9221-6.doi:10.1021/bi034593c.PMID12885257.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Cadet J, Delatour T, Douki T, Gasparutto D, Pouget J, Ravanat J, Sauvaigo S (1999). "Hydroxyl radicals and DNA base damage".Mutat Res.424 (1–2). ss. 9-21.PMID10064846.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Braña M, Cacho M, Gradillas A, de Pascual-Teresa B, Ramos A (2001). "Intercalators as anticancer drugs".Curr Pharm Des.7 (17). ss. 1745-80.doi:10.2174/1381612013397113.PMID11562309.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Thanbichler M, Wang S, Shapiro L (2005). "The bacterial nucleoid: a highly organized and dynamic structure".J Cell Biochem.96 (3). ss. 506-21.doi:10.1002/jcb.20519.PMID15988757.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Harrison P, Gerstein M (2002). "Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution".J Mol Biol.318 (5). ss. 1155-74.doi:10.1016/S0022-2836(02)00109-2.PMID12083509.
^Dame RT (2005). "The role of nucleoid-associated proteins in the organization and compaction of bacterial chromatin".Mol. Microbiol.56 (4). ss. 858-70.doi:10.1111/j.1365-2958.2005.04598.x.PMID15853876.
^Iftode C, Daniely Y, Borowiec J (1999). "Replication protein A (RPA): the eukaryotic SSB".Crit Rev Biochem Mol Biol.34 (3). ss. 141-80.doi:10.1080/10409239991209255.PMID10473346.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Spiegelman B, Heinrich R (2004). "Biological control through regulated transcriptional coactivators".Cell.119 (2). ss. 157-67.doi:10.1016/j.cell.2004.09.037.PMID15479634.
^Schoeffler A, Berger J (2005). "Recent advances in understanding structure-function relationships in the type II topoisomerase mechanism".Biochem Soc Trans.33 (Pt 6). ss. 1465-70.doi:10.1042/BST20051465.PMID16246147.
^Pál C, Papp B, Lercher M (2006). "An integrated view of protein evolution".Nature Reviews Genetics.7 (5). ss. 337-48.doi:10.1038/nrg1838.PMID16619049.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^O'Driscoll M, Jeggo P (2006). "The role of double-strand break repair - insights from human genetics".Nature Reviews Genetics.7 (1). ss. 45-54.doi:10.1038/nrg1746.PMID16369571.
^Dickman M, Ingleston S, Sedelnikova S, Rafferty J, Lloyd R, Grasby J, Hornby D (2002). "The RuvABC resolvasome".Eur J Biochem.269 (22). ss. 5492-501.doi:10.1046/j.1432-1033.2002.03250.x.PMID12423347.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Goff SP, Berg P (1976). "Construction of hybrid viruses containing SV40 and lambda phage DNA segments and their propagation in cultured monkey cells".Cell.9 (4 PT 2). ss. 695-705.doi:10.1016/0092-8674(76)90133-1.PMID189942.
^Houdebine L. "Transgenic animal models in biomedical research".Methods Mol Biol. Cilt 360. ss. 163-202.PMID17172731.
^Daniell H, Dhingra A (2002). "Multigene engineering: dawn of an exciting new era in biotechnology".Curr Opin Biotechnol.13 (2). ss. 136-41.doi:10.1016/S0958-1669(02)00297-5.PMID11950565.
^Weir B, Triggs C, Starling L, Stowell L, Walsh K, Buckleton J (1997)."Interpreting DNA mixtures".J Forensic Sci.42 (2). ss. 213-22.PMID9068179.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Jeffreys A, Wilson V, Thein S (1985). "Individual-specific 'fingerprints' of human DNA".Nature.316 (6023). ss. 76-9.doi:10.1038/316076a0.PMID2989708.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Baldi, Pierre. Brunak, Soren (2001).Bioinformatics: The Machine Learning Approach. MIT Press.ISBN978-0-262-02506-5.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)
^Gusfield, Dan.Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, 15 January 1997.ISBN 978-0-521-58519-4.
^Lost Tribes of Israel,NOVA, PBS airdate: 22 February 2000. Transcript available fromPBS.org, 16 Eylül 2008 tarihindeWayback Machine sitesindearşivlendi. (last accessed on 4 March 2006)
^Meselson M, Stahl F (1958). "The replication of DNA inEscherichia coli".Proc Natl Acad Sci USA.44 (7). ss. 671-82.doi:10.1073/pnas.44.7.671.PMID16590258.
Clayton, Julie. (Ed.).50 Years of DNA, Palgrave MacMillan Press, 2003.ISBN 978-1-4039-1479-8
Judson, Horace Freeland.The Eighth Day of Creation: Makers of the Revolution in Biology, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1996.ISBN 978-0-87969-478-4(İngilizce)
Olby, Robert.The Path to The Double Helix: Discovery of DNA, first published in October 1974 by MacMillan, with foreword by Francis Crick;ISBN 978-0-486-68117-7(İngilizce)
Matt Ridley.Francis Crick: Discoverer of the Genetic Code (Eminent Lives) HarperCollins Publishers; 192 pp,ISBN 978-0-06-082333-7 2006(İngilizce)
Watson, James D.The Double Helix: A Personal Account of the Discovery of the Structure of DNA (Norton Critical Editions).ISBN 978-0-393-95075-5(İngilizce)
Watson, James D. "Avoid boring people and other lessons from a life in science" (2007) New York: Random House.ISBN 978-0-375-41284-4(İngilizce)
Calladine, Chris R.; Drew, Horace R.; Luisi, Ben F. and Travers, Andrew A.Understanding DNA, Elsevier Academic Press, 2003.ISBN 978-0-12-155089-9(İngilizce)
