Henry Fonda alioa mara tano. Kwa mara ya kwanza alimuoaMargaret Sullavan mnamo mwaka1931 hawakukaa muda mwingi wakatengana, kisha talaka rasmi ikawa mwaka1933. Mnamo mwaka1936, Fonda akamuoaFrances Ford Seymour, wakazaa watoto wawili, ambaye niPeter Fonda naJane Fonda.
Mnamo mwaka1950, mke wa Fonda ambaye ni Seymour mama yao na kina Peter alijiua, ndipo Fonda akaamua kuoa mke mwingine aliyejulikana kwa jina laSusan Blanchard, aliyekuwa mtoto wa kufikia wa mzeeOscar Hammerstein II, hiyo ilikuwa mnamo mwaka1950.
Fonda na Susan walimlea mtoto Amy (aliyezaliwa1953), lakini kwa bahati mbaya walitalikiana miaka mitatu mbele. Mnamo mwaka1957 Fonda akamuoa kabaila wakiitaliaAfdera Franchetti.Walibaki kuwa wanandoa mpaka mwaka1961 ambako ndio ilikuwa mwisho wa Franchetti kuwa na mume aitwaye Fonda.
Fonda hakukaa sana akaja kumwoaShirlee Mae Adams, alikaa na Adams mpaka kifo chake kilivyofika, mnamo mwaka1982.
