Y-kromosomen är den manligakönskromosomen hosdäggdjur ochgroddjur. Den är den minsta kromosomen i cellen. En Y-kromosom och enX-kromosom leder normalt till att bäraren utvecklar manligt kön.
Y-kromosomen har mycket färre funktionellagener än X-kromosomen. Den enda verkligt viktiga genen på Y-kromosomen ärSRY-genen som initierar en händelsekedja, vilken leder till ökad produktion avtestosteron och attfostret utvecklas till manligt kön.
Frånvaro av en funktionell SRY-gen, vilket nästan alltid är det samma som frånvaro av Y-kromosom, leder nästan alltid till kvinnligt kön. Vid de tillfällen när det befruktade ägget bara får en könskromosom utvecklas embryot till en flicka om det är en X-kromosom. Då endast en Y-kromosom finns i könskromosomparet utvecklas inget barn alls. Om det inte blir ettmissfall utvecklas graviditeten till endruvbörd. Det förekommer sällsynt X-kromosomer med SRY-gen, vilket leder till XX-foster som utvecklas till män, och ännu mer sällsynta fall där XX-foster utan SRY-gen utvecklas till män[1]
Om ett XY-foster har en genetiskmutation som leder till resistens mottestosteron – vanligen en mutation itestosteronreceptorn – utvecklas en individ med yttre kvinnliga drag, och både inre manliga och yttre kvinnliga könsorgan. Dessa personer har 46XY-genotyp och kvinnligfenotyp. Testikelvävnaden, som oftast sitter uppe iljumskarna, utvecklas inte och måste opereras bort för att inte utvecklas tillcancer. Dessa personer bör i puberteten få ett tillskott av östrogent hormon.Androgenokänslighet kan vara partiell eller total.[förtydliga]
Det finns också arter såsomfåglarna, där hannarna har tvåZ-kromosomer, medan honorna har två olika kromosomer: en Z-kromosom och enW-kromosom. Slutligen finns det arter, exempelvisgräshopporna, där individer kan ha antingen två X-kromosomer, vilket gör dem till honor, eller endast en X-kromosom och inget mer, s.k. X0, vilket gör dem till hannar. Derasspermier innehåller alltså antingen en X-kromosom eller ingen könskromosom alls.
Många kallblodiga djur såsomkrokodiler saknar könskromosomer helt. Istället är det miljöfaktorer såsom temperaturen i boet som styr om embryot utvecklas till en hane eller hona.