Vigilius tillhörde en välbeställd romersk släkt. Fadern Johannes uppges iLiber pontificalis ha varit konsul, och brodern Reparatus var enligtProkopiussenator. År 531 var Vigiliusdiakon i kyrkan. PåvenBonifatius II utsåg Vigilius till sin efterträdare i ett dekret som han offentliggjorde iPeterskyrkan, men motståndet bland prästerskapet blev så starkt att han var tvungen att låta bränna upp dekretet. I stället utsågsAgapetus I, som i sin tur utsåg Vigilius till påvlig representant iKonstantinopel. Där inlät Vigilius sig i intriger med kejsarinnanTheodora, och utlovades Heliga stolen och pengar i utbyte mot att erkännamonofysitismen. Agapetus avled 536 varmed Vigilius reste tillbaka till Rom, med ett brev från kejsarens hov, men innan han hunnit fram hadeSilverius hunnit väljas till påve medgoternas hjälp. Den bysantinske härförarenBelisarius hjälpte Vigilius av avsätta Silverius, och Vigelius valdes till ny påve29 mars537. Silverius avled strax därefter.
Väl påve svek Viglius löftet till kejsarinnan om monofysitismen. IBysantinska riket hade då konflikter börjat blossa upp omOrigenes läror. Detta ledde till att kejsaren fördömde tre kapitel frånförsta konciliet i Konstantinopel, vilket de orientaliskapatriarkerna ställde sig bakom, men inte västkyrkan.
I november 545 kom ett kejserligt sändebud och förde Vigilius till Konstantinopel. Han kvarblev där ända till våren år 555, men avled under återresan iSyrakusa.
