Tjagataikhanatet var nästan helt omringat av de tre andra mongoliska khanaten:Yuandynastin,Gyllene horden ochIlkhanatet.[1] Eftersom riket inte kunde expandera vändes alla problem inåt, något som ledde till flera politiska inbördeskrig. Instabilitet plågade därför regionen under långa tider. Ättlingar till Tjagatai khan kämpade hårt utan större resultat för att området skulle återfå sitt tidigare välstånd.[4][6] Landets centrala position utefterSidenvägen gav dock landet bra möjligheter att ta ut handelstullar. Den enda riktningen som riket kunde expandera var motAfghanistan och vidare motIndien. På 1290-talet erövrade Tjagataikhanatet östra Afghanistan. Från Afghanistan gjordes mellan 1303 och 1306 ett flertal misslyckade försök att även erövraIndien.[7]
På 1330-talet konverterade de styrande mongoliska ättlingarna tillislam, precis som tidigare även hänt iGyllene horden ochIlkhanatet, och därmed var alla mongoler utanförYuandynastinmuslimer. I samband med att styret i Tjagataikhanatet blev muslimskt var också stora delar av de mongoliska elementen borta ut riket, vilket hädanefter kunde betraktas som enturkisk stat.[4]
Under 1300-talet föll riket mer och mer sönder, orsakat av inre splittring. 1321 delades Tjagataikhanatet i två delar, där den västra delen –Transoxanien – styrdes frånSamarkand och den östra delen –Dzungariet – styrdes frånKashgar.[1] Tjagataikhanatet var bland annat hemregion förturk-mongolenTimur Lenk, som föddes där på 1330-talet. Under slutet av 1300-talet använde Timur Lenk Tjagataikhanatet som sin bas för sin ambition att bli världserövrare. Han legitimerade sitt agerande med att gifta sig med en ättling tillDjingis khan (vilket gjorde hans son till äkta ättling till Djingis khan). Timur Lenk grundadeTimuridernas imperium (1370–1506), erövrade bådePersien ochIrak samt invaderadeIndien.[4][8]
I dag lever folkslagethazarerna, som även kallas hazaramongoler, i centralaAfghanistan. De anses ha rötter till Tjagatai khan.[9]
