SedanmotpåvarnaConstantinus, som var lekman, ochFilippus blivit avsatta, valdes Stefan till påve, och kröntes den7 augusti768. Uppgifterna varierar om besluten från detkoncilium som hölls i april769 och vid vilket Constantinus formellt avsattes, men vissa nya regler för påveval infördes och bruket att vördaikoner bekräftades som tillåtligt (jämförikonoklasm). För att förhindra att en liknande schism uppstod som med Constantinus, förklarades lekmän icke valbara till påvestolen. Stefan fick också ingripa konkret mot lekmännen, sedan de utan framgång försökte slå ner ärkediakonen Leo i Ravenna; samtidigt lyckades Stefan erövra en del avlangobardernas territorier.