Klubben bildades 1885 då medlemmar från St. Mary's Church Young Men's Association började spela fotboll på en plan vid namn Itchen. Till följd av medlemmarnas kyrka hette klubben till en börjanSt. Mary's Young Men's Association FC och därefterSt. Mary's FC innan det blevSouthampton St. Mary's FC när klubben gick med iSouthern Football League 1894. Där nådde klubben stora framgångar då de vann ligan 1896/97, 1897/98, 1898/99, 1900/01, 1902/03 och 1903/04. Framgångarna gjorde att klubben fick flytta till en större arena och 1898 blev det klart att de skulle spela påThe Dell med kapacitet för 10 000 åskådare. De första åren hyrde dock klubben enbart The Dell, men i början av 1900-talet kunde de köpa loss arenan.
Klubbens ligaplaceringar från och med 1920.
1920 gick klubben med iThe Football League i den då nybildadeThird Division, vilken delades upp i ennordlig ochsydlig del året efter. Southampton hamnade i södra divisionen och vann den direkt 1921/22.
Underandra världskriget fick klubben tillfälligt flytta till rivalenPortsmouths hemmaarenaFratton Park. Detta sedan The Dell bombats och därmed inte var spelduglig.
Efter att ha etablerat sig iandradivisionen avThe Football League var Southampton i skarven mellan 1940- och 1950-talet nära en första uppflyttning till den dåvarande högstadivisionen i England,First Division. Säsongen 1948/49 missade de uppflyttning med en poäng medan de året efter, 1949/50, missade detta på grund av målskillnad. I stället för en uppflyttning kom Southampton säsongen 1952/53 att falla ned itredjedivisionen och sedan förbli där fram tills 1959/60, då de säkrade avancemanget till andradivisionen. Detta genom en serieseger därDerek Reeves stod för 39 mål under säsongen.
1963 var klubben framme i semifinal iFA-cupen. Väl där vannManchester United med 1–0 inför 68 000 åskådare påVilla Park. På våren 1966 nådde Southampton slutligenförstadivisionen, då laget lett avTed Bates slutade på en andraplats i Second Division.
Inför den första säsongen i förstadivisionen värvade klubben inRon Davies som lyckades göra 43 mål under sin första säsong i klubben. Klubben lyckades säkra nytt kontrakt och höll sig kvar i högstaligan i åtta års tid – där de två gånger om även kvalificerade sig för Europaspel. Säsongen 1973/74 gjordes reglerna om, då tre klubbar kom att trilla ur förstadivisionen som inkluderade Southampton.
1976 bärgade klubben sin första stora titel. Detta då laget – fortfarande i andradivisionen – besegrade Manchester United med 1–0 i finalen av FA-cupen. 1978 säkrade klubben återigen ett avancemang till förstadivisionen.
Medan början av 1980-talet kom att handla om stjärnvärvningar kom den resterande delen att innebära ett Southampton som slogs i toppen av förstadivisionen. Säsongen 1983/84 kom att bli klubbens framgångsrikaste någonsin, då ett lag medPeter Shilton i mål nådde andraplatsen i ligan efterLiverpool. Förutom silvret i ligan nådde Southampton även semifinal i FA-cupen, men förlorade motEverton efter förlängning. 1984/85 slutade klubben på en femteplats och kvalificerade sig därmed för Europaspel för fjärde gången på fem säsonger. 1986 kom klubben återigen att nå semifinal i FA-cupen, men förlorade mot Liverpool. I slutet av säsongen kom tränarenLawrie McMenemy att sluta, och ersattes av den forna Southampton-spelarenChris Nicholl.
Säsongen 1986/87 kom att innebära ännu en semifinalförlust mot Liverpool, i Ligacupen. Southampton blev säsongen 1988/89 den första klubben någonsin i förstadivisionen med att använda sig av tre bröder i en och samma match –Danny,Ray ochRod Wallace.
Säsongen 1989/90 producerade Southampton 71 mål framåt och var på så vis näst bäst i ligan. Året innebar även genombrottet för klubblegendarenMatthew Le Tissier, som spelade i klubben under perioden 1986–2002[4], då han tilldelades utmärkelsenÅrets Unge fotbollsspelare i England. Le Tissier, som gick under smeknamnetLe God, fick även se anfallskollegan Rod Wallace sluta på en andraplats i samma omröstning. 1992 gjordeAlan Shearer 21 mål för klubben och fick spela landskamper förEngland. Samma år nådde Southampton också final iFull Members Cup (turnering för de engelska klubbarna, när de var avstängda från Europaspel), men förlorade mot Nottingham Forest med 3–2 efter förlängning.
Inför premiärsäsongen avFA Premier League 1992/93 sålde klubben Alan Shearer tillBlackburn Rovers. Anfallaren kostade vid tidpunkten tre miljoner pund, vilket var ett nytt övergångsrekord i England. Säsongen efter kom ävenTim Flowers att göra samma flytt.Graeme Souness utnämndes till ny tränare säsongen 1996/97. Han värvadeClaus Lundekvam och tog en meriterande 6–3-seger mot Manchester United. Trots detta säkrade klubben nytt kontrakt först i den sista omgången, vilket var tredje gången på fyra års tid. Efter attDave Jones ochGlenn Hoddle haft hand om tränarjobbet hos klubben fickStuart Gray rycka in som tillfällig tränare under de sista matcherna under våren 2001. I säsongens sista match besegradesArsenal med 3–2, sedan Matthew Le Tissier avgjort i matchens sista minut. Matchen kom att bli klubbens sista påThe Dell, då de sedan flyttade tillSt. Mary's Stadium.
Gordon Strachan blev ny tränare mitt i säsongen 2001/02, vilket innebar ett lyft för klubben som slutade på en elfteplats. Nästa säsong nådde Southampton en åttondeplats i ligan, vilket innebar den högsta ligaplaceringen i Premier League, och final i FA-cupen. I finalen startade svenskduonMichael Svensson ochAnders Svensson[5], men Arsenal vann med 1–0. Närmast efter Strachan, som slutade av familjeskäl, följde värvningar och ett antal temporära tränarbyten som blev framgångslösa – och slutade 2005 med att klubben degraderades till andradivisionen för första gången på 27 år.
Efter att ha slutat på en tolfteplats under sin första säsong iThe Championship[7] nådde Southampton playoff 2006/07. Klubben vann fem av sina sju sista matcher och kunde därmed säkra sjätteplatsen i ligan, men åkte i playoff ut direkt i semifinalen motDerby County. Det missade avancemanget innebar även att Southampton inte längre fick någon fallskärmsutbetalning, sedan nedflyttningen från Premier League. En turbulent tid började 2008 med flera omstruktureringar hos klubben, och dessutom en ytterligare degradering till tredjedivisionenLeague One. Väl i första säsongen där skulle också ett avdrag på tio poäng vänta. Klubben kunde trots allt vinna en pokal, genom seger motCarlisle United med 4–1 i finalen avFootball League Trophy den 28 mars 2010 inför 50 000 Southampton-supportrar. Först efter säsongen 2010/11 lyckades klubben avancera till The Championship på nytt, medNigel Adkins som ny tränare, för att vidare också ta en andraplats där och göra comeback i Premier League till 2012/13.
Under sommaren 2012 slog klubben nytt transferrekord två gånger om, då de först värvade inJay Rodriguez och därefterGastón Ramírez. Återkomsten till Premier League innebar även att de egna produkternaJames Ward-Prowse ochLuke Shaw slog sig in i laget – tillsammans medRickie Lambert,Morgan Schnedierlin,Adam Lallana ochJosé Fonte. Efter första halvan av säsongen anställdesMauricio Pochettino som ny tränare, och med en match kvar av säsongen säkrade klubben ett nytt Premier League-kontrakt. Sommaren 2013 innebar återigen slaget transferrekord två gånger om. Detta genom värvningarna avVictor Wanyama frånCeltic ochDani Osvaldo frånRoma. Som ny ordförande anställde ägarenKatharina Liebherr tyskenRalph Krueger. Southampton slutade på 56 poäng i Premier League, vilket var klubbrekord, och en åttondeplats. Under sommaren 2014 sålde klubben spelare för över 86 miljoner pund totalt.[8]
Efter att ha anställtRonald Koeman som ny tränare ersatte Southampton de sålda stjärnorna med flera nyförvärv somSaido Mané,Shane Long ochDusan Tadic. Trots den stora spelaromsättningen kunde klubben slå nytt poängrekord och nå sin högsta ligaplacering i Premier League någonsin, då de 60 poängen räckte till en sjundeplacering[9] även om klubben länge låg fyra, vilket hade inneburit en plats iChampions League.[10] Sjundeplaceringen innebar dock att klubben kvalificerade sig för spel iEuropa League, men förlorade dubbelmötet mot danskaMidtjylland med sammanlagt 2–1.[11]
