Silverius var son tillHormisdas, som hade varit gift innan denne vigdes tillpräst. Silverius inträdde i kyrkans tjänst och varsubdiakon i Rom när påveAgapetus I avled iKonstantinopel den 22 april 536. KejsarinnanTheodora, som gynnademonofysiterna, försökte driva igenom attdiakonenVigilius, som befann sig i Konstantinopel pådiplomatiskt uppdrag, blev vald till påve, eftersom han hade försäkrat henne att stödja monofysitismen om så skedde.
Ostrogoternas kungTheodatus försökte dock å sin sida förhindra att valet föll på en person med band till Konstantinopel, och föregrep kejsarinnan. Genom hans ingripande valdes så subdiakonen Silverius till påve. Att en subdiakon blivit påve är ovanligt. Därför är det förståeligt att det uppstod en opposition i prästerskapet mot hans utnämning, något som återges i Silverius biografi iLiber Pontificalis. Theodatus lyckades hålla tillbaka motståndet, och efter att Silveriuskonsekrerats, den 8 juni 536, gav alla präster sitt skriftliga godkännande till hans upphöjelse.
ILiber Pontificalis finns uppgifter att Silverius erbjudit Theodatus pengar i utbyte mot påvestolen, men detta tillbakavisas avCatholic Encyclopedia som uttryck för hat tillgoterna och illasinnad inställning till påven i fråga. I vilket fall infaller Silveriuspontifikat under en tid dåbysantinska riket och påven befann sig i ett ännu olöst spänningsförhållande, och Silverius själv föll offer för det bysantinska hovets intriger.
Efter att Silverius blivit påve försökte kejsarinnan Theodora vinna över honom till monofysitismen. I synnerhet vinnlade hon sig om att förmå honom att försonas sig med den monofysitiskepatriarken av Konstantinopel, Anthimos, som hade avsatts ochexkommunicerats av Agapetus, och med Severus av Antiochia. Påven gav dock inte i några löften om något sådant, varför kejsarinnan hotade avsätta honom till förmån för Vigilius.
Rom erfor svåra tider, när strid bröt ut i Italien mellan ostrogoterna och bysantierna, efter attTheoderik den stores dotterAmalasuntha dött. Ostrogoternas kung,Vitiges, som uppsteg på tronen i augusti 536, belägrade staden. Kyrkorna överkatakomberna utanför stadsmurarna förstördes, ochmartyrernas gravar skändades. I december år 536 förlade den bysantinske generalenBelisarius sinagarnisoner i Rom, och mottogs då av påven på ett vänligt och hovsamt sätt.
Theodora ville dock, att Belisarius skulle använda överläget till att avsätta Silverius för Vigilius skull, som hade återvänt från sitt diplomatiska uppdrag till Rom. Belisarius hustru Antonia påverkade generalen att agera enligt kejsarinnans vilja. Med ett förfalskat brev som skäl anklagades påven för ett förrädiskt avtal med den ostrogotiske kungen som belägrade Rom. Det sades att påven hade erbjudit kungen att lämna en port i stadsmuren öppen, vilket skulle ha släppt in goterna att belägra staden. På dessa grunder arresterades Silverius i mars 537, fråntogs sitt ämbete och ikläddesmunkkåpa medan han landsförvisades till Orienten. Vigilius konsekrerades till påve i hans ställe.
Silverius fördes tillLykien där han slog sig ner iPatara.Biskopen där upptäckte snart att denlandsflyktige påven var oskyldig, reste till Konstantinopel och lyckades lägga fram bevis inför kejsarJustinianus om påvens oskuld. Fallet återupptogs därför av kejsaren, som skrev till Belisarius, och gav sin tillåtelse att Silverius fick återvända tillItalien. När Silverius anlände till hemlandet, troligen tillNeapel, lät Vigilius infånga honom och förde honom till önPalmarola. Där avled Silverius avsvält och till följd av den hårda behandling han fick. Han begravdes på ön, enligtLiber Pontificalis den 20 juni, och hans kvarlevor har aldrig förts därifrån.
Han har senarevördats somhelgon; den tidigaste uppgiften om denna status finns från 1000-talet. Enligt den romerskamartyrologin firas han den 20 juni.
