Klubben gick i konkurs 2004. Samma år bildades efterträdarenNapoli Soccer. Klubben bytte därefter tillbaka till sitt gamla namn och spelar sedansäsongen 2007/2008 återigen i Serie A.
Föregångaren till SSC Napoli grundades 1904 som Naples Foot-Ball & Cricket Club avengelska hamnarbetare. Klubbfärgen ljusblått symboliserade havet och himlen. 1922 gick föreningen samman med Internazionale Agnano under namnet Internapoli.
1926 skapades den nutida föreningen under namnetAssociazione Calcio Napoli. Samma år deltog man för första gången i det italienska mästerskapet. En tidig fotbollsidol i Napoli varAttila Sallustro.
1959 började man spela påSan Paolo-stadion och fem år senare antog man namnetSocietà Sportiva Calcio Napoli.
Klubbens största framgångar fram till 1980-talet var två segrar iCoppa Italia, 1961/62 och 1975/76.
1984 komDiego Maradona till klubben frånBarcelona för tidens då högsta transfersumma. Nu gick klubben upp iSerie A:s toppskikt.1986/87 vann klubben för första gången Serie A och samma säsong vann man dessutom cupen.1988/89 vann NapoliUefacupen.1989/90 vann man återigen italienska ligan.
Efter storhetstiden med Maradona på 1980-talet gick Napoli mot dystrare tider. Laget hölls i schack i början av 1990-talet, men den stora tiden var över och ett generationsskifte var på gång. Men med dåliga ekonomiska resultat var det svårt att mäta sig med de största. Napoli var i slutet av 1990-talet en skugga av sitt forna jag och åkte ur Serie A. Men laget kom tillbaka och blev uppflyttade till högsta serien igen efter bara en säsong iSerie B. Efter en tuff bottenstrid under säsongen som följde blev Napoli dock återigen ett av de förlorande lagen. Laget var en poäng från att få stanna, men man fick lämna igen. 2001 var laget nära att nå uppflyttning men missade precis.
Laget sjönk längre och längre ned i Serie B och de annars så fotbollsfanatiska napolitanarna tröttnade på att ständigt se sitt lag förlora och slutade därför att gå på matcherna. Detta gjorde att klubbens ekonomi försämrades avsevärt och den 4 augusti 2004 gick SSC Napoli i konkurs efter att deras skulder på drygt 70 miljoner euro ansågs för höga. Laget bytte därefter namn tillNapoli Soccer och det var början till vändningen.
Förlusten i rätten blev tuff och klubben blev tvångsdegraderad tillSerie C1 2004/05. Hela stadenNeapel var förtvivlad och många ansåg att klubben blivit orättvist behandlad eftersom andra lag från norra Italien i en liknande situation inte hade blivit tilldömda ett straff.
Men den stora vändningen skulle komma när filmproducentenAurelio De Laurentiis köpte klubben för 33 miljoner euro kort därefter. Han satte tidigt upp målet: att spela i en Europatävling inom en femårsperiod. De Laurentiis förstod att klubben behövde nyförvärv inte bara på spelarsidan utan även i styrelsen. Därför värvadessportchefen Pierpaulo Marino frånUdinese till Napoli. Marino hade öga för talanger ansåg De Laurentiis och detta kom att bli en väldigt bra värvning.Eduardo "Edy" Reja anställdes somtränare. Den första säsongen i Serie C1 gick som förväntat väldigt bra, men oturligt nog föll laget i kvalet till Serie B motAvellino med sammanlagt 1–2. Detta sågs som ett misslyckande men säsongen därpå vann man och gick upp till Serie B. Detta till stor hjälp av den otroliga publiken i den avgörande matchen på San Paolo-stadion motPerugia som laget vann med 2–1. Napoli hann under sin korta sejour i Serie C1 att slå publikrekordet i Serie C1 med hästlängder när de i en match hade enastående 51 000 på plats och dessutom hade Italiens fjärde största publiksiffra per match, trots att de låg i Serie C1.
Den 23 maj 2006 köpte De Laurentiis tillbaka namnetSSC Napoli samt alla framgångar genom åren. Inför säsongen i Serie B storsatsades det och truppen förstärktes med namn somPaolo Cannavaro,Samuele Dalla Bona,Roberto De Zerbi ochChristian Bucchi. Spelare som alla var starka karaktärer på planen – De Zerbi hade säsongen innan hjälptCatania att bli uppflyttade till Serie A och Bucchi hade säsongen tidigare blivit Serie B:s skyttekung förModena. Napoli blev tillsammans medJuventus ochGenoa snabbt utsedd till favorit att bli uppflyttad, vilket de också blev efter en säsong där alla dessa tre lag flyttades upp tack vare "15-poängs-regeln" (som säger att om det skiljer 15 poäng mellan trean och fyran så uteblir kval). Napoli slutade på andra plats efter Juventus och var det enda laget i serien som var obesegrad på hemmaplan.I sista omgången möttes dessutom Genoa och Napoli iGenua, där ett oavgjort resultat skulle ge båda lagen Serie A-spel medan en vinst skulle innebära att förloraren skulle få kvala till Serie A. Resultatet blev inte alltför oväntat oavgjort och planen stormades i slutminuterna i glädje från båda sidor trots att matchen inte var avslutad.
Napoli var nu i Serie A för att stanna och att upprepa jojo-leken på 1990-talet var inte ett alternativ. Klubben förstärkte laget med ett antal spelare, både rutinerade somManuele Blasi ochMarcelo Zalayeta och riktigt stora talanger somEzequiel Lavezzi,Marek Hamšík ochWalter Gargano. Laget spelade över allas förväntningar och alla var väldigt imponerade över sportchef Marinos stora fynd i Lavezzi, Hamšík och Gargano. Laget förstärktes ytterligare vid "januari-fönstret" dåDaniele Mannini,Fabiano Santacroce ochNicolás Navarro hämtades in. Både Mannini och Santacroce kom snabbt att bli en del av startelvan. Men överlag var detta säsongen då Lavezzi, Gargano och Hamšík fick sina genombrott i Serie A och som fick storklubbarna i Europa att få upp intresset för dessa talanger. Napoli tackade dock nej till buden. Klubben slutade på åttonde plats, en oväntat bra säsong där laget spelade riktigt bra mot seriens giganter. De Laurentiis mål med Europaspel inom en femårsperiod uppfylldes efter endast fyra år när det stod klart attIntertotocupen blev aktuell för Napoli. Den var man en av elva klubbar som vann under sommaren2008 och man fick därför en plats iUefacupen 2008/09.
Efter en tolfte plats i Serie A2008/09 radade Napoli upp fina placeringar i ligan, bland annat kom man trea2010/11. Säsongen efter vann klubbenCoppa Italia för första gången sedan Maradonas dagar och ytterligareen säsong senare kom Napoli tvåa i Serie A.2013/14 vann klubben Coppa Italia igen samtidigt som man blev trea iSerie A. Efter att ha kommit femma2014/15 radade Napoli upp ligaplaceringarnatvåa,trea,tvåa ochtvåa.2019/20 vann Napoli Coppa Italia för sjätte gången.
Sedan 2010/11 har Napoli spelat i Europa varje säsong. IUefa Champions League har klubben som bäst nått kvartsfinal säsongen 2022/23.[1] IUefa Europa League har man som bäst nått semifinal2014/15.
Säsongen 2022/23 blev Napoli - efter 33 års väntan - mästare i Serie A för tredje gången. Klubben ledde med stor marginal ligan under säsongen och säkrade titeln med fem omgångar kvar av serien. Samma säsong nådde klubben för första gången kvartsfinal i Champions League.