Ptolemaios Filometor tillträdde som sexårigt barn regeringen under förmyndarskap av sin mor. Förjagad av sin bror, vilken han antagit tillmedregent, sökte han hjälp hosromarna och återinsattes av dem i sitt välde.
Under hans regering hadeEgypten ett farligt krig motAntiochos IV iSyrien omPalestina, där han tillfångatogs av syrierna. Sedan han blivit fri, tog han sin yngre brorPtolemaios VII Euergetes till medregent, men stridigheter utbröt mellan bröderna, vilket lämnade Rom tillfälle att blanda sig i Egyptens angelägenheter. Ptolemaios Filometor blev i ett krig med Syrien dödligt sårad i en batalj näraAntiochia.
Kanske var han en av de bästa av ptolemaierna; han var god, tapper och förståndig, men även något trög, och ibland hänsynslös. Han var även författare och gav en allt annat än smickrad karakteristik av sig själv.Cypern ochCyrenaika förvärvades av honom.
Han efterträddes av sin son och medregent Ptolemaios VIII.