Filmen handlar om den trettonåriga flickan Ofelia, som tillsammans med sin mamma flyttar upp i bergen där hennes man,falangistkaptenen Vidal, deltar i bekämpandet av den lokala kommunistiska motståndsrörelsen. Handlingen utspelar sig i maj–juni 1944, underFranco-regimens förföljelse av de kvarvarande motståndarna frånspanska inbördeskriget.
Medan striderna fortgår upptäcker Ofelia en igenvuxenlabyrint i närheten av deras bostad. Där möter hon labyrintens väktare, enfaun (se originaltitelnsEl laberinto del fauno) från denromerska mytologin. Det är, enligt del Toro, inte alls dengrekiska mytologins herdegudPan – vilket man kan förledas att tro av filmens svenska eller engelska titel.[3]
Faunen påstår att Ofelia är den underjordiska kungens bortkomna dotter, fast i en annan skepnad, och för att bekräfta detta utsätts hon för tre farliga uppdrag.