En monofyletisk grupp:Reptilia blir monofyletisk omfåglarna räknas in
Monofyli (även benämntholofyli)[1] är etttaxonomiskt klassifikationsbegrepp som används inombiologin och har sitt ursprung ikladistiken. En grupp av organismer ingår i enmonofyletisk grupp, enklad, om de är de enda ättlingarna till en gemensam förfader. Att ursprunget måste vara gemensamt, innebär att inga andra kända arter, levande eller utdöda, utanför denna grupp har sitt ursprung i samma ursprungsart.Begreppet används för att beskrivaevolutionära förhållanden bland organismer generellt. Om livet bara uppstod en gång innebär det att alla organismer har utvecklats ur en gemensam ur-individ och allt levande utgör därmed en monofyletisk grupp.
En monofyletisk grupp (klad) kan i princip definieras på tre olika sätt:
Ennodbaserad definition. Innebär att en klad definieras som den senaste levande förfadern för två olikaarter (släkten)och alla dess ättlingar.[2][3] Ett annat sätt att uttrycka detta är att den nodbaserade kladen definieras som denminst omfattande kladen som omfattar två olika arter/släkten.[4]
Enstambaserad definition. Innebär att en klad definieras som allt som är mer släkt med en vissart/släkte jämfört med en annanart/annatsläkte[3]. Ekvivalent, och mer formellt, kan detta uttryckas som denmest inklusiva klad som inkluderar enart/släkte meninte en annanart/annatsläkte.[4] Kladen börjar således på en stam (internod) i det fylogenetiska trädet.[2]
Enapomorfibaserad definition. Innebär att en klad definieras som att inneha en viss specifik nedärvd egenskap (synapomorfi).[3][2]
Ofta kompletteras apomorfibaserade definitioner med antingen stambaserade eller nodbaserade definitioner.[4]
Dessutom förekommer begreppetkronklad, vilket innebär den minst inklusiva klad som omfattar endast nu levende (extanta) organismer hos en viss grupp. Kronkladen kan alltså definieras som förfadern till två eller fler extanta organismer.[2]
Inom den klassiska, evolutionärasystematiken hade "monofyli" tidigare märkbart annorlunda betydelse, nämligen att alla ingående arter härstammar från en och samma förfader och att de är nära släkt med varandra, menutan det moderna kravet att alla dottergrupper ska räknas in. Det var kladistikens förgrundsgestaltWilli Hennig som etablerade den moderna betydelsen av "monofyli", d.v.s. att alla ingående grupper har ett gemensamt ursprung samt attalla grupper som utvecklats från samma ursprungsart (stem species) räknas in.[1] Exempelvis varReptilia "monofyletisk" enligt den traditionella tolkningen utan attfåglar räknades in, men i den moderna tolkningen blirReptilia monofyletisk (d.v.s. holofyletisk) först om fåglarna räknas dit. Grupper som enligt den tidigare betydelsen var monofyletiska men inte enligt den moderna, kladistiska betydelsen benämnde Hennigparafyletiska.[1][5]