På1500-talet var Makassar den dominerande handelsplatsen i östra Indonesien och blev snart den största östaden iSydostasien. De makassaresiska kungarna förde en strikt policy om fri handel och menade att alla besökare hade rätt att göra affärer i staden. De gick därmed mot detHolländska Ostindiska Kompaniet som ville ha monopol i staden. Andra toleranta regler som kungarna hade var bland annat att trots attislam blev den dominerande tron i regionen så var ävenkristna välkomna att göra affärer. Med dessa attraktioner var Makassar dels ett huvudsäte förmalajer som arbetade påMoluckerna och dels en värdefull bas för långväga europeiska och arabiska handelsmän.
Makassars betydelse minskade då holländarna blev starkare i regionen och kunde införa det monopol över handeln som de önskade. Holländarna allierade sig med denbugiske prinsenArung Palakka1667 och invaderade och erövrade Makassar vilket medförde att stadens ställning som handelscentrum kraftigt försvagades.
Staden är södra Sulawesis huvudhamn med regelbundna inhemska och internationella fartyg. Den är känd i landet som en viktig hamn som drar till sigpinisibåtar, vilket är segelbåtar som är bland de sista som används för långväga handelstransporter.
Under kolonialtiden var staden känd för att ha gett namnet åtmakassaroljan som exporterades i stora kvantiteter. Makassar är även ett stort fiskecentrum påSulawesi och en av de största näringarna ärtrepangindustrin.
